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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 求助帮忙设计下引物
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childchou

银虫 (小有名气)

[求助] 求助帮忙设计下引物 已有5人参与

是一段莱茵衣藻Chlamydomonas reinhardtii的基因 这是CDS序列
ATGTCGGCGCTCGTGCTGAAGCCCTGCGCGGCCGTGTCTATTCGCGGCAGCTCCTGCAGGGCGCGGCAGGTCGCCCCCCGCGCTCCGCTCGCAGCCAGCACCGTGCGTGTAGCCCTTGCAACACTTGAGGCGCCCGCACGCCGCCTAGGCAACGTCGCTTGCGCGGCTGCCGCACCCGCTGCGGAGGCGCCTTTGAGTCATGTCCAGCAGGCGCTCGCCGAGCTTGCCAAGCCCAAGGACGACCCCACGCGCAAGCACGTCTGCGTGCAGGTGGCTCCGGCCGTTCGTGTCGCTATTGCCGAGACCCTGGGCCTGGCGCCGGGCGCCACCACCCCCAAGCAGCTGGCCGAGGGCCTCCGCCGCCTCGGCTTTGACGAGGTGTTTGACACGCTGTTTGGCGCCGACCTGACCATCATGGAGGAGGGCAGCGAGCTGCTGCACCGCCTCACCGAGCACCTGGAGGCCCACCCGCACTCCGACGAGCCGCTGCCCATGTTCACCAGCTGCTGCCCCGGCTGGATCGCTATGCTGGAGAAATCTTACCCGGACCTGATCCCCTACGTGAGCAGCTGCAAGAGCCCCCAGATGATGCTGGCGGCCATGGTCAAGTCCTACCTAGCGGAAAAGAAGGGCATCGCGCCAAAGGACATGGTCATGGTGTCCATCATGCCCTGCACGCGCAAGCAGTCGGAGGCTGACCGCGACTGGTTCTGTGTGGACGCCGACCCCACCCTGCGCCAGCTGGACCACGTCATCACCACCGTGGAGCTGGGCAACATCTTCAAGGAGCGCGGCATCAACCTGGCCGAGCTGCCCGAGGGCGAGTGGGACAATCCAATGGGCGTGGGCTCGGGCGCCGGCGTGCTGTTCGGCACCACCGGCGGTGTCATGGAGGCGGCGCTGCGCACGGCCTATGAGCTGTTCACGGGCACGCCGCTGCCGCGCCTGAGCCTGAGCGAGGTGCGCGGCATGGACGGCATCAAGGAGACCAACATCACCATGGTGCCCGCGCCCGGGTCCAAGTTTGAGGAGCTGCTGAAGCACCGCGCCGCCGCGCGCGCCGAGGCCGCCGCGCACGGCACCCCCGGGCCGCTGGCCTGGGACGGCGGCGCGGGCTTCACCAGCGAGGACGGCAGGGGCGGCATCACACTGCGCGTGGCCGTGGCCAACGGGCTGGGCAACGCCAAGAAGCTGATCACCAAGATGCAGGCCGGCGAGGCCAAGTACGACTTTGTGGAGATCATGGCCTGCCCCGCGGGCTGTGTGGGCGGCGGCGGCCAGCCCCGCTCCACCGACAAGGCCATCACGCAGAAGCGGCAGGCGGCGCTGTACAACCTGGACGAGAAGTCCACGCTGCGCCGCAGCCACGAGAACCCGTCCATCCGCGAGCTGTACGACACGTACCTCGGAGAGCCGCTGGGCCACAAGGCGCACGAGCTGCTGCACACCCACTACGTGGCCGGCGGCGTGGAGGAGAAGGACGAGAAGAAGTGA

我之前用primer5设计了这个引物
HydA1-F        ATGTCGGCGCTCGTGCTGAA     tm 67
HydA1-R        TCACTTCTTCTCGTCCTTCTCCTCC    tm 64
扩不出来，求大神帮忙设计下引物。
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boomshakalaka
1楼 2014-07-06 00:26:20
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marc0705

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-07-06 12:24:03
扩不出来不一定是引物设计的问题吧，也许PCR程序有问题

[ 发自小木虫客户端 ]
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2楼2014-07-06 08:38:38
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永远一片天

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-07-08 14:59:52
设计的引物一般都可以扩的出来，首先你需要确定你选择的这段模板DNA序列是否正确，其次你需要确定PCR实验的模板，找PCR的原因~PCR中水很重要的，很容易忽视的问题！祝:成功！
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2014-07-06 12:58:44
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childchou

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by marc0705 at 2014-07-06 08:38:38
扩不出来不一定是引物设计的问题吧，也许PCR程序有问题

额...跑过温度梯度的，程序应该不会有很大的问题吧
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boomshakalaka
4楼2014-07-08 10:58:56
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393658000

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
朋友，你这个基因一般的单位真心扩增不出来，别怪我打击你。就算你成功PCR出来了我估计缺失的也不会少，首先高GC 其次有重复 再次1500的高GC 重复序列肯定会有麻烦。
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5楼2014-07-08 15:19:13
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

F: ATGTCGGCGCTCGTGCTGAAGCC
R: TCACTTCTTCTCGTCCTTCTCCTCCACGCC
引物加长，用GC Buffer
你再看看基因序列，程序有没有问题
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6楼2014-07-09 15:01:10
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lma223

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

Using 1-based sequence positions
OLIGO            start  len      tm     gc%  any_th  3'_th hairpin seq
LEFT PRIMER        547   20   58.97   60.00    0.00   0.00    0.00 GACCTGATCCCCTACGTGAG
RIGHT PRIMER       790   20   59.19   55.00    0.00   0.00    0.00 GCTCCTTGAAGATGTTGCCC
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知行合一，致良知！
7楼2014-07-09 15:20:39
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childchou

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lma223 at 2014-07-09 15:20:39
Using 1-based sequence positions
OLIGO            start  len      tm     gc%  any_th  3'_th hairpin seq
LEFT PRIMER        547   20   58.97   60.00    0.00   0.00    0.00 GACCTGATCCCCTACGTGAG
RIG ...

额。。。我是要扩这段序列的这是CDS序列了，不是要做定量的引物。。。。。不过还是谢谢了
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boomshakalaka
8楼2014-07-10 09:52:08
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