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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 关于PCR引物设计的求助
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往事F随风

新虫 (小有名气)

[求助] 关于PCR引物设计的求助 已有3人参与

鄙人新手一枚，很多东西都不懂，所以来 求助了。
PCR引物设计有什么技巧啊？之前也看了很多资料，关于PCR引物设计的原则，比如CG含量在40-60%，温度在58-60,℃为宜等等初步判断PCR一对引物的优劣，但是我们一位师姐建议我们，说PCR引物设计时，一点引物二聚体、错误配对都不要有（我用的primer5.0软件），但是我发现熊掌和鱼往往不能兼得，考虑到CG，温度等，一般设计时会出现二聚体，只是能值还是比较低的（δG<9），或者出现错误配对，如果考虑二聚体等，CG含量一般又比较低。在此我想向大神们请教下，这种情况下，我如何选择呢？是不是在做荧光定量引物时，一点二聚体什么的都不能有？
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1楼 2014-06-22 09:23:10
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妳口妳口

新虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-06-23 08:25:46
看rating得分，CG实在低就把引物长度加点

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2楼2014-06-22 09:36:04
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a50044758

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
胆子大点，放心去设计吧，有二聚体什么什么的，对试验结果基本上没有影响。
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3楼2014-06-24 14:40:39
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爱上鱼……

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
其实有时候有二聚和错配，扩增还是可以扩出来，有些真没那么大的讲究。
但是还是选个值好点的扩吧
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懒病又犯了……
4楼2014-06-24 17:13:19
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往事F随风

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 妳口妳口 at 2014-06-22 09:36:04
看rating得分，CG实在低就把引物长度加点

谢谢~
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5楼2014-06-24 19:12:50
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往事F随风

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by a50044758 at 2014-06-24 14:40:39
胆子大点，放心去设计吧，有二聚体什么什么的，对试验结果基本上没有影响。

好的，谢谢~
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6楼2014-06-24 19:13:06
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往事F随风

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 爱上鱼…… at 2014-06-24 17:13:19
其实有时候有二聚和错配，扩增还是可以扩出来，有些真没那么大的讲究。
但是还是选个值好点的扩吧

谢谢指点~
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7楼2014-06-24 19:13:26
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未婚

金虫 (正式写手)

分子小生
★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-20 16:54:03
用NCBI的Primer-Blast设计吧，那个给出有一个引物特异性评分，评分低于5的就可以了，设计的时候主要看3‘端是否有相似3个重复，然后GC含量是否超过10% 就可以了  其他的都比较只管，个人比较喜欢用NCBI的Primer-Blast
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You can't depend on luck, so you had better focus on the others!
8楼2014-07-20 21:14:13
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南开豆子

铁虫 (初入文坛)
一般来说要求没那么严格，还有看你的实验目的了，大胆去尝试吧，分子实验有时候很诡异
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9楼2014-07-22 17:03:55
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人偶骑士

铁杆木虫 (正式写手)
可以结合Oligo进行引物分析，问题不是太严重一般都可以跑出来
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道之所在，虽千万人吾往矣！
10楼2014-08-20 15:21:31
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