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childchou

银虫 (小有名气)

[求助] 求助帮忙设计下引物 已有5人参与

是一段莱茵衣藻Chlamydomonas reinhardtii的基因 这是CDS序列
ATGTCGGCGCTCGTGCTGAAGCCCTGCGCGGCCGTGTCTATTCGCGGCAGCTCCTGCAGGGCGCGGCAGGTCGCCCCCCGCGCTCCGCTCGCAGCCAGCACCGTGCGTGTAGCCCTTGCAACACTTGAGGCGCCCGCACGCCGCCTAGGCAACGTCGCTTGCGCGGCTGCCGCACCCGCTGCGGAGGCGCCTTTGAGTCATGTCCAGCAGGCGCTCGCCGAGCTTGCCAAGCCCAAGGACGACCCCACGCGCAAGCACGTCTGCGTGCAGGTGGCTCCGGCCGTTCGTGTCGCTATTGCCGAGACCCTGGGCCTGGCGCCGGGCGCCACCACCCCCAAGCAGCTGGCCGAGGGCCTCCGCCGCCTCGGCTTTGACGAGGTGTTTGACACGCTGTTTGGCGCCGACCTGACCATCATGGAGGAGGGCAGCGAGCTGCTGCACCGCCTCACCGAGCACCTGGAGGCCCACCCGCACTCCGACGAGCCGCTGCCCATGTTCACCAGCTGCTGCCCCGGCTGGATCGCTATGCTGGAGAAATCTTACCCGGACCTGATCCCCTACGTGAGCAGCTGCAAGAGCCCCCAGATGATGCTGGCGGCCATGGTCAAGTCCTACCTAGCGGAAAAGAAGGGCATCGCGCCAAAGGACATGGTCATGGTGTCCATCATGCCCTGCACGCGCAAGCAGTCGGAGGCTGACCGCGACTGGTTCTGTGTGGACGCCGACCCCACCCTGCGCCAGCTGGACCACGTCATCACCACCGTGGAGCTGGGCAACATCTTCAAGGAGCGCGGCATCAACCTGGCCGAGCTGCCCGAGGGCGAGTGGGACAATCCAATGGGCGTGGGCTCGGGCGCCGGCGTGCTGTTCGGCACCACCGGCGGTGTCATGGAGGCGGCGCTGCGCACGGCCTATGAGCTGTTCACGGGCACGCCGCTGCCGCGCCTGAGCCTGAGCGAGGTGCGCGGCATGGACGGCATCAAGGAGACCAACATCACCATGGTGCCCGCGCCCGGGTCCAAGTTTGAGGAGCTGCTGAAGCACCGCGCCGCCGCGCGCGCCGAGGCCGCCGCGCACGGCACCCCCGGGCCGCTGGCCTGGGACGGCGGCGCGGGCTTCACCAGCGAGGACGGCAGGGGCGGCATCACACTGCGCGTGGCCGTGGCCAACGGGCTGGGCAACGCCAAGAAGCTGATCACCAAGATGCAGGCCGGCGAGGCCAAGTACGACTTTGTGGAGATCATGGCCTGCCCCGCGGGCTGTGTGGGCGGCGGCGGCCAGCCCCGCTCCACCGACAAGGCCATCACGCAGAAGCGGCAGGCGGCGCTGTACAACCTGGACGAGAAGTCCACGCTGCGCCGCAGCCACGAGAACCCGTCCATCCGCGAGCTGTACGACACGTACCTCGGAGAGCCGCTGGGCCACAAGGCGCACGAGCTGCTGCACACCCACTACGTGGCCGGCGGCGTGGAGGAGAAGGACGAGAAGAAGTGA

我之前用primer5设计了这个引物
HydA1-F        ATGTCGGCGCTCGTGCTGAA     tm 67
HydA1-R        TCACTTCTTCTCGTCCTTCTCCTCC    tm 64
扩不出来,求大神帮忙设计下引物。
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boomshakalaka
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marc0705

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-07-06 12:24:03
扩不出来不一定是引物设计的问题吧,也许PCR程序有问题

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2014-07-06 08:38:38
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永远一片天

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-07-08 14:59:52
设计的引物一般都可以扩的出来,首先你需要确定你选择的这段模板DNA序列是否正确,其次你需要确定PCR实验的模板,找PCR的原因~PCR中水很重要的,很容易忽视的问题!祝:成功!
3楼2014-07-06 12:58:44
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childchou

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by marc0705 at 2014-07-06 08:38:38
扩不出来不一定是引物设计的问题吧,也许PCR程序有问题

额...跑过温度梯度的,程序应该不会有很大的问题吧
boomshakalaka
4楼2014-07-08 10:58:56
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393658000

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
朋友,你这个基因一般的单位真心扩增不出来,别怪我打击你。就算你成功PCR出来了我估计缺失的也不会少,首先高GC 其次有重复 再次1500的高GC 重复序列肯定会有麻烦。
5楼2014-07-08 15:19:13
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

F: ATGTCGGCGCTCGTGCTGAAGCC
R: TCACTTCTTCTCGTCCTTCTCCTCCACGCC
引物加长,用GC Buffer
你再看看基因序列,程序有没有问题
6楼2014-07-09 15:01:10
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lma223

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

Using 1-based sequence positions
OLIGO            start  len      tm     gc%  any_th  3'_th hairpin seq
LEFT PRIMER        547   20   58.97   60.00    0.00   0.00    0.00 GACCTGATCCCCTACGTGAG
RIGHT PRIMER       790   20   59.19   55.00    0.00   0.00    0.00 GCTCCTTGAAGATGTTGCCC
知行合一,致良知!
7楼2014-07-09 15:20:39
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childchou

银虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by lma223 at 2014-07-09 15:20:39
Using 1-based sequence positions
OLIGO            start  len      tm     gc%  any_th  3'_th hairpin seq
LEFT PRIMER        547   20   58.97   60.00    0.00   0.00    0.00 GACCTGATCCCCTACGTGAG
RIG ...

额。。。我是要扩这段序列的这是CDS序列了,不是要做定量的引物。。。。。不过还是谢谢了
boomshakalaka
8楼2014-07-10 09:52:08
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