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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 引物设计跨内含子
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061719

新虫 (小有名气)

[求助] 引物设计跨内含子已有2人参与

请问各位，所谓的引物设计跨内含子，指的是上游或者下游引物设计在两个外显子上，还是上游引物在一个外显子上，下游引物在另一个外显子上？
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1楼2014-05-15 20:33:18
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DAX1

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-05-15 21:04:07
061719: 金币+2 2014-05-21 21:43:40
上游引物在一个外显子上，下游引物在另一个外显子上。这样可以通过你的pcr产物大小来坚定你的cdna里面是否有gdna污染，通常用于rrt-pcr中
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2楼2014-05-15 20:41:01
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
061719: 金币+3 2014-05-21 21:43:44
都可以，最好一条引物跨2个外显子；如果内含子很大，引物分别在2个外显子上，效果也很好
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3楼2014-05-16 10:15:10
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grase
引用回帖:
3楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2014-05-16 10:15:10
都可以，最好一条引物跨2个外显子；如果内含子很大，引物分别在2个外显子上，效果也很好

4楼2014-05-23 09:46:37
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Renjingyu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by DAX1 at 2014-05-15 20:41:01
上游引物在一个外显子上，下游引物在另一个外显子上。这样可以通过你的pcr产物大小来坚定你的cdna里面是否有gdna污染，通常用于rrt-pcr中

如果有gdna的污染会出现什么情况？
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即将加入研究生的大军，迷茫！
5楼2014-05-23 11:12:43
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DAX1

新虫 (小有名气)
★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-05-23 17:16:57
引用回帖:
5楼: Originally posted by Renjingyu at 2014-05-23 11:12:43
如果有gdna的污染会出现什么情况？...

假如你的PCR理论产物长度是200BP(从cDNA中扩增出来的）， 在没有gDNA污染的情况下。
如果你的两个exon之间的intron大小是1000bp（在基因组中，非mRNA)，然后你又gdna污染的话，你的rtpcr产物长度就会变成1200bp和200bp了，那个1200bp就是证明你的cdna里面有gdna污染，说明你提取的mrna就有问题了
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6楼2014-05-23 15:54:57
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Renjingyu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by DAX1 at 2014-05-23 15:54:57
假如你的PCR理论产物长度是200BP(从cDNA中扩增出来的）， 在没有gDNA污染的情况下。
如果你的两个exon之间的intron大小是1000bp（在基因组中，非mRNA)，然后你又gdna污染的话，你的rtpcr产物长度就会变成1200bp和 ...

现在我的结果是220，p出来内含子的一部分

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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即将加入研究生的大军，迷茫！
7楼2014-05-24 23:39:51
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