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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

[求助] 引物设计 基因全长的获得

各位高手想向大家请教一下,我想扩一个基因的全长,包括这个基因的内含子,我现在有这个基因的编码cDNA序列,我该如何设计引物才能扩出这个基因的包含内含子的全长呢?我是不是可以在编码框外设计引物呢?我前一段时间跨起始密码子和终止密码子设计了一对引物,特异性不是很好!郁闷的!
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grape_vine

金虫 (小有名气)

1 所谓的基因的DNA序列,其实是很难确定的.因为你不知道这个基因编码区前面的调控区有多长.
2 一般说得到一个基因的DNA序列,是指包含了编码区和内含子的区域。
3 从你说的来看,你这个物种应该是没有基因组吧。那你就从已有序列的两头设计序列,在基因组上去扩增就是了。
扩不出来就换个位置。只要引物不是刚好就跨在内含子和外显子之间,扩增出来问题不打。
4 你所说的特异性不好不知道是什么情况? 一般来说大家都喜欢扩增出来时单一条带。但是其实有背景也没关系。只要有主带,就可以继续往下做,无非是后面验证小心一点,测序多送两个。
5 另外,你知道大概扩增出来的序列有多长吗? 如果你很不确定,那还是换引物慢慢试的好。
6 以上其实是一种最快的办法。如果一直失败,那可能还要walking。 但是在做walking之前,还是要选一段能在基因组上扩增出来的序列,好用来在上面设计引物。不然还是不能避免引物的问题。染色体步移对引物的要求更高。怎么做walking, 可以参看不同公司的试剂盒说明书,比教科书还清楚。
希望对你有所帮帮助!

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10楼2013-08-09 16:18:31
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sinoer

铜虫 (小有名气)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你需要用基因组DNA来扩增,才能得到基因全长,包括内含子
6楼2013-08-09 00:59:54
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普通回帖

duoyidian

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
崔永霞: 金币+1, 有帮助, 非常感谢! 2013-08-09 10:44:46
我觉得这个你想从cDNA通过Pcr获得包含内含子的全长是不现实的,你的模板是C dna不是原来的dna,你可以通过生物信息学的方法,找数据库查看,输入你所知道的的cDNA,找到你要的蛋白以及原来的DNA。你得查查相关信息学的数据库了。。。具体操作你得自己摸索
2楼2013-08-08 18:52:09
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by duoyidian at 2013-08-08 18:52:09
我觉得这个你想从cDNA通过Pcr获得包含内含子的全长是不现实的,你的模板是C dna不是原来的dna,你可以通过生物信息学的方法,找数据库查看,输入你所知道的的cDNA,找到你要的蛋白以及原来的DNA。你得查查相关信息学 ...

我是以DNA为模板的,难道也不可能扩出全长吗?
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3楼2013-08-08 19:20:52
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duoyidian

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
崔永霞: 金币+19, 有帮助, 非常感谢! 2013-08-09 10:46:25
引用回帖:
3楼: Originally posted by 崔永霞 at 2013-08-08 19:20:52
我是以DNA为模板的,难道也不可能扩出全长吗?...

你可以找到这个蛋白的CDS序列(如果其CDS序列是标出来的),去Blast,然后取其高度保守的部分,设计兼并引物来进行PCR,这样就可以了。不过还是要通过数据库的比对。。找出高度保守区的部分,设计兼并引物,这个很费事的
4楼2013-08-08 21:59:39
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duoyidian

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 崔永霞 at 2013-08-08 19:20:52
我是以DNA为模板的,难道也不可能扩出全长吗?...

你的问题这个这个链接的问题一样,你可以参考一下这个答案的http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4485851&fpage=1
5楼2013-08-08 22:01:55
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by duoyidian at 2013-08-08 21:59:39
你可以找到这个蛋白的CDS序列(如果其CDS序列是标出来的),去Blast,然后取其高度保守的部分,设计兼并引物来进行PCR,这样就可以了。不过还是要通过数据库的比对。。找出高度保守区的部分,设计兼并引物,这个很 ...

取高度保守的序列设计兼并引物又可能扩出来的是片段吧,我是想以基因组DNA为模板扩增全长,直接在cDNA序列上设计不可以吗?还有就是我做的这个植物的全基因组序列现在还不知道。我现在只有这个酶的cDNA序列。
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7楼2013-08-09 10:41:32
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by sinoer at 2013-08-09 00:59:54
你需要用基因组DNA来扩增,才能得到基因全长,包括内含子

我是要以基因组DNA为模板来扩增,可是先前设计的引物不好,请问还有什么方法可以设计扩出基因全长的引物吗?
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
8楼2013-08-09 10:43:46
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duoyidian

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 崔永霞 at 2013-08-09 10:41:32
取高度保守的序列设计兼并引物又可能扩出来的是片段吧,我是想以基因组DNA为模板扩增全长,直接在cDNA序列上设计不可以吗?还有就是我做的这个植物的全基因组序列现在还不知道。我现在只有这个酶的cDNA序列。...

具体是什么植物啊,NCBI上能够blast出来的,我师兄就是这么做的他还说接着做了一个WALKING
9楼2013-08-09 11:50:57
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