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崔永霞

铁虫 (小有名气)

[求助] 引物设计 基因全长的获得

各位高手想向大家请教一下，我想扩一个基因的全长，包括这个基因的内含子，我现在有这个基因的编码cDNA序列，我该如何设计引物才能扩出这个基因的包含内含子的全长呢？我是不是可以在编码框外设计引物呢？我前一段时间跨起始密码子和终止密码子设计了一对引物，特异性不是很好！郁闷的！
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每个人都有心底最柔软的地方，请不要触碰它，因为每个人都有自己的尊严！
1楼 2013-08-08 17:20:17
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崔永霞

铁虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
10楼: Originally posted by grape_vine at 2013-08-09 16:18:31
1 所谓的基因的DNA序列,其实是很难确定的.因为你不知道这个基因编码区前面的调控区有多长.
2 一般说得到一个基因的DNA序列，是指包含了编码区和内含子的区域。
3 从你说的来看，你这个物种应该是没有基因组吧。那 ...

非常感谢！我先前跨起始密码子和终止密码子设计了一对引物，预计扩增长度是1200bp，刚开始的时候能够扩出来，感觉特异性也还好，可是隔了一周就再也扩不出来了，也不知道什么原因，各种方法都试过了，还是没办法。我传两张图片麻烦grape_vine帮我分析分析是怎么回事，拜托啦！
引物设计 基因全长的获得
S2yi一周前做的.jpg


引物设计 基因全长的获得-1
S2一周后做的.jpg


引物设计 基因全长的获得-2
S2 重复一周后做的.jpg
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每个人都有心底最柔软的地方，请不要触碰它，因为每个人都有自己的尊严！
11楼2013-08-09 16:48:33
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duoyidian

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
崔永霞: 金币+1, ★有帮助, 非常感谢！ 2013-08-09 10:44:46
我觉得这个你想从cDNA通过Pcr获得包含内含子的全长是不现实的，你的模板是C dna不是原来的dna，你可以通过生物信息学的方法，找数据库查看，输入你所知道的的cDNA,找到你要的蛋白以及原来的DNA。你得查查相关信息学的数据库了。。。具体操作你得自己摸索
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2楼2013-08-08 18:52:09
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崔永霞

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by duoyidian at 2013-08-08 18:52:09
我觉得这个你想从cDNA通过Pcr获得包含内含子的全长是不现实的，你的模板是C dna不是原来的dna，你可以通过生物信息学的方法，找数据库查看，输入你所知道的的cDNA,找到你要的蛋白以及原来的DNA。你得查查相关信息学 ...

我是以DNA为模板的，难道也不可能扩出全长吗？
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3楼2013-08-08 19:20:52
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duoyidian

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
崔永霞: 金币+19, ★有帮助, 非常感谢！ 2013-08-09 10:46:25
引用回帖:
3楼: Originally posted by 崔永霞 at 2013-08-08 19:20:52
我是以DNA为模板的，难道也不可能扩出全长吗？...

你可以找到这个蛋白的CDS序列（如果其CDS序列是标出来的），去Blast，然后取其高度保守的部分，设计兼并引物来进行PCR，这样就可以了。不过还是要通过数据库的比对。。找出高度保守区的部分，设计兼并引物，这个很费事的
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4楼2013-08-08 21:59:39
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