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崔永霞

铁虫 (小有名气)

[求助] 引物设计 基因全长的获得

各位高手想向大家请教一下,我想扩一个基因的全长,包括这个基因的内含子,我现在有这个基因的编码cDNA序列,我该如何设计引物才能扩出这个基因的包含内含子的全长呢?我是不是可以在编码框外设计引物呢?我前一段时间跨起始密码子和终止密码子设计了一对引物,特异性不是很好!郁闷的!
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每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
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duoyidian

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 崔永霞 at 2013-08-09 10:41:32
取高度保守的序列设计兼并引物又可能扩出来的是片段吧,我是想以基因组DNA为模板扩增全长,直接在cDNA序列上设计不可以吗?还有就是我做的这个植物的全基因组序列现在还不知道。我现在只有这个酶的cDNA序列。...

具体是什么植物啊,NCBI上能够blast出来的,我师兄就是这么做的他还说接着做了一个WALKING
9楼2013-08-09 11:50:57
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duoyidian

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
崔永霞: 金币+1, 有帮助, 非常感谢! 2013-08-09 10:44:46
我觉得这个你想从cDNA通过Pcr获得包含内含子的全长是不现实的,你的模板是C dna不是原来的dna,你可以通过生物信息学的方法,找数据库查看,输入你所知道的的cDNA,找到你要的蛋白以及原来的DNA。你得查查相关信息学的数据库了。。。具体操作你得自己摸索
2楼2013-08-08 18:52:09
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by duoyidian at 2013-08-08 18:52:09
我觉得这个你想从cDNA通过Pcr获得包含内含子的全长是不现实的,你的模板是C dna不是原来的dna,你可以通过生物信息学的方法,找数据库查看,输入你所知道的的cDNA,找到你要的蛋白以及原来的DNA。你得查查相关信息学 ...

我是以DNA为模板的,难道也不可能扩出全长吗?
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
3楼2013-08-08 19:20:52
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duoyidian

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
崔永霞: 金币+19, 有帮助, 非常感谢! 2013-08-09 10:46:25
引用回帖:
3楼: Originally posted by 崔永霞 at 2013-08-08 19:20:52
我是以DNA为模板的,难道也不可能扩出全长吗?...

你可以找到这个蛋白的CDS序列(如果其CDS序列是标出来的),去Blast,然后取其高度保守的部分,设计兼并引物来进行PCR,这样就可以了。不过还是要通过数据库的比对。。找出高度保守区的部分,设计兼并引物,这个很费事的
4楼2013-08-08 21:59:39
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