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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 生物材料 » 综合其他 » 如何用一直的一小段EST得到基因全长，求高手指教~
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Echo0508

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何用一直的一小段EST得到基因全长，求高手指教~

最近在找一个新的基因，但是只知道一段4oobp左右的EST，去小麦的数据库搜到了对应的gDNA序列，请教各位应该怎样拿到cDNA全长呢？
求高手指教，不胜感激~
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1楼 2012-11-16 22:25:48
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
红舟流星: 金币+1, 欢迎来到生物功能材料板块应助交流 2012-11-18 07:07:39
Echo0508: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-11-18 08:59:39
小麦的全基因组已测序，既然有gDNA序列，那可以分析出该基因的结构，可以直接设计特异引物扩基因全长；如果找不到基因的全长，可以直接用该EST设计特异引物，用RACE法分别得到该基因cDNA的5‘端和3’端，拼接后得到全长cDNA。
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2楼2012-11-18 00:44:24
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麦子山

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
markar: 金币+1, 应助指数+1, 感谢回帖交流！ 2012-11-18 21:28:19
多找几个物种的序列，序列比对，如果同源性比较高，设计同源序列简并引物，基因克隆后，测序。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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这样美丽负伤的麦子，吐着芳香，站在山岗上
3楼2012-11-18 08:49:12
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Echo0508

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2012-11-18 00:44:24
小麦的全基因组已测序，既然有gDNA序列，那可以分析出该基因的结构，可以直接设计特异引物扩基因全长；如果找不到基因的全长，可以直接用该EST设计特异引物，用RACE法分别得到该基因cDNA的5‘端和3’端，拼接后得到 ...

多谢指点，我先试试能不能通过gDNA得到基因结构，再扩增全长看看。
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4楼2012-11-18 09:00:47
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Echo0508

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 麦子山 at 2012-11-18 08:49:12
多找几个物种的序列，序列比对，如果同源性比较高，设计同源序列简并引物，基因克隆后，测序。

试了，因为我的基因是个酶，氨基酸序列比对后发现羧基端相对保守，但已知的物种核苷酸序列差异还是挺大的呢。
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5楼2012-11-18 09:02:16
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yx_sun70

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
红舟流星: 金币+1, 欢迎来到生物功能材料板块应助交流 2012-11-25 00:07:30
Echo0508: 金币+1 2013-01-02 15:48:42
如果你做的是小麦这个物种，在NCBI数据库中应该存在很多小麦的EST数据，用你的EST与小麦的EST进行比对，按照a与b连锁，b与c连锁，则a和c一定连锁的逻辑，进行电子克隆延伸，若幸运的话可找到全长。先尽可能多的通过比对进行延伸，实在没信息了再进行RACE
这些所说的实际就是电子克隆。这个方法很好用！
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6楼2012-11-24 23:21:13
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Echo0508

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yx_sun70 at 2012-11-24 23:21:13
如果你做的是小麦这个物种，在NCBI数据库中应该存在很多小麦的EST数据，用你的EST与小麦的EST进行比对，按照a与b连锁，b与c连锁，则a和c一定连锁的逻辑，进行电子克隆延伸，若幸运的话可找到全长。先尽可能多的通过 ...

谢谢，最近用这个方法试了，不过还是不行，估计得做5'RACE了。
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7楼2013-01-02 15:49:16
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nnnnn1

铁虫 (初入文坛)
红舟流星: 欢迎新虫来到生物功能材料板块交流，有问题可以开新帖求助 2013-01-10 18:47:17
2楼的同学请问一下，小麦基因组序列在哪可以找到，或在哪个数据库可以找到小麦的全基因组序列？我现在有一个基因需要和小麦的基因组序列比对一下，分析这个基因的结构和和功能。谢谢。
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8楼2013-01-10 17:57:36
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