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Echo0508

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何用一直的一小段EST得到基因全长,求高手指教~

最近在找一个新的基因,但是只知道一段4oobp左右的EST,去小麦的数据库搜到了对应的gDNA序列,请教各位应该怎样拿到cDNA全长呢?
求高手指教,不胜感激~
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
红舟流星: 金币+1, 欢迎来到生物功能材料板块应助交流 2012-11-18 07:07:39
Echo0508: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-11-18 08:59:39
小麦的全基因组已测序,既然有gDNA序列,那可以分析出该基因的结构,可以直接设计特异引物扩基因全长;如果找不到基因的全长,可以直接用该EST设计特异引物,用RACE法分别得到该基因cDNA的5‘端和3’端,拼接后得到全长cDNA。
2楼2012-11-18 00:44:24
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麦子山

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


markar: 金币+1, 应助指数+1, 感谢回帖交流! 2012-11-18 21:28:19
多找几个物种的序列,序列比对,如果同源性比较高,设计同源序列简并引物,基因克隆后,测序。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
这样美丽负伤的麦子,吐着芳香,站在山岗上
3楼2012-11-18 08:49:12
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Echo0508

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2012-11-18 00:44:24
小麦的全基因组已测序,既然有gDNA序列,那可以分析出该基因的结构,可以直接设计特异引物扩基因全长;如果找不到基因的全长,可以直接用该EST设计特异引物,用RACE法分别得到该基因cDNA的5‘端和3’端,拼接后得到 ...

多谢指点,我先试试能不能通过gDNA得到基因结构,再扩增全长看看。
4楼2012-11-18 09:00:47
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Echo0508

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 麦子山 at 2012-11-18 08:49:12
多找几个物种的序列,序列比对,如果同源性比较高,设计同源序列简并引物,基因克隆后,测序。

试了,因为我的基因是个酶,氨基酸序列比对后发现羧基端相对保守,但已知的物种核苷酸序列差异还是挺大的呢。
5楼2012-11-18 09:02:16
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yx_sun70

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
红舟流星: 金币+1, 欢迎来到生物功能材料板块应助交流 2012-11-25 00:07:30
Echo0508: 金币+1 2013-01-02 15:48:42
如果你做的是小麦这个物种,在NCBI数据库中应该存在很多小麦的EST数据,用你的EST与小麦的EST进行比对,按照a与b连锁,b与c连锁,则a和c一定连锁的逻辑,进行电子克隆延伸,若幸运的话可找到全长。先尽可能多的通过比对进行延伸,实在没信息了再进行RACE
这些所说的实际就是电子克隆。这个方法很好用!
6楼2012-11-24 23:21:13
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Echo0508

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by yx_sun70 at 2012-11-24 23:21:13
如果你做的是小麦这个物种,在NCBI数据库中应该存在很多小麦的EST数据,用你的EST与小麦的EST进行比对,按照a与b连锁,b与c连锁,则a和c一定连锁的逻辑,进行电子克隆延伸,若幸运的话可找到全长。先尽可能多的通过 ...

谢谢,最近用这个方法试了,不过还是不行,估计得做5'RACE了。
7楼2013-01-02 15:49:16
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nnnnn1

铁虫 (初入文坛)

红舟流星: 欢迎新虫来到生物功能材料板块交流,有问题可以开新帖求助 2013-01-10 18:47:17
2楼的同学请问一下,小麦基因组序列在哪可以找到,或在哪个数据库可以找到小麦的全基因组序列?我现在有一个基因需要和小麦的基因组序列比对一下,分析这个基因的结构和和功能。谢谢。
8楼2013-01-10 17:57:36
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