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Echo0508

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何用一直的一小段EST得到基因全长，求高手指教~

最近在找一个新的基因，但是只知道一段4oobp左右的EST，去小麦的数据库搜到了对应的gDNA序列，请教各位应该怎样拿到cDNA全长呢？
求高手指教，不胜感激~
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1楼 2012-11-16 22:25:48
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麦子山

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
markar: 金币+1, 应助指数+1, 感谢回帖交流！ 2012-11-18 21:28:19
多找几个物种的序列，序列比对，如果同源性比较高，设计同源序列简并引物，基因克隆后，测序。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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这样美丽负伤的麦子，吐着芳香，站在山岗上
3楼2012-11-18 08:49:12
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
红舟流星: 金币+1, 欢迎来到生物功能材料板块应助交流 2012-11-18 07:07:39
Echo0508: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-11-18 08:59:39
小麦的全基因组已测序，既然有gDNA序列，那可以分析出该基因的结构，可以直接设计特异引物扩基因全长；如果找不到基因的全长，可以直接用该EST设计特异引物，用RACE法分别得到该基因cDNA的5‘端和3’端，拼接后得到全长cDNA。
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2楼2012-11-18 00:44:24
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Echo0508

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2012-11-18 00:44:24
小麦的全基因组已测序，既然有gDNA序列，那可以分析出该基因的结构，可以直接设计特异引物扩基因全长；如果找不到基因的全长，可以直接用该EST设计特异引物，用RACE法分别得到该基因cDNA的5‘端和3’端，拼接后得到 ...

多谢指点，我先试试能不能通过gDNA得到基因结构，再扩增全长看看。
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4楼2012-11-18 09:00:47
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Echo0508

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 麦子山 at 2012-11-18 08:49:12
多找几个物种的序列，序列比对，如果同源性比较高，设计同源序列简并引物，基因克隆后，测序。

试了，因为我的基因是个酶，氨基酸序列比对后发现羧基端相对保守，但已知的物种核苷酸序列差异还是挺大的呢。
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5楼2012-11-18 09:02:16
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