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zhang2772

银虫 (初入文坛)

[求助] qPC目的基因的长度问题

最近在做qPCR,根据文献合成引物\\\\\\\\\\\\\\\',而且根据所给的条件进行普通PCR,但是最后发现目的基因长度在600bp左右,理论长度为470bp,做了还几次都这样,这是什么原因呀,还有qPCR目的基因长度有没有要求,在什么范围比较好。请各位赐教

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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gyesang

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【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-04-13 21:00:59
qPCR产物 长度最好控制在80-150bp,这样可以缩短扩增时间,如果引物跨内含子设计,可以规避基因组DNA的污染,

“但是最后发现目的基因长度在600bp左右,理论长度为470bp”,你扩出600bp的序列,是不是基因组序列呢?
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
2楼2013-04-13 15:59:05
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zhang2772

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gyesang at 2013-04-13 15:59:05
qPCR产物 长度最好控制在80-150bp,这样可以缩短扩增时间,如果引物跨内含子设计,可以规避基因组DNA的污染,

“但是最后发现目的基因长度在600bp左右,理论长度为470bp”,你扩出600bp的序列,是不是基因组序列 ...

我的基因组全序列有1200bp呢,应该不是的。那我这段600bp的片段有必要进行克隆测序么,是不是非特异性扩增呀,谢谢答复。
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3楼2013-04-13 20:34:00
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zhang2772

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gyesang at 2013-04-13 15:59:05
qPCR产物 长度最好控制在80-150bp,这样可以缩短扩增时间,如果引物跨内含子设计,可以规避基因组DNA的污染,

“但是最后发现目的基因长度在600bp左右,理论长度为470bp”,你扩出600bp的序列,是不是基因组序列 ...

我是直接进行DNA的PCR,没有使用RNA反转录这步骤的,应该和“基因组序列”没关系吧。
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4楼2013-04-13 20:40:23
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gyesang

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【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by zhang2772 at 2013-04-13 20:40:23
我是直接进行DNA的PCR,没有使用RNA反转录这步骤的,应该和“基因组序列”没关系吧。...

没有使用RNA反转录这步骤,那跟基因组没有关系,但扩400多bp还是太长了,可以考虑换引物
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
5楼2013-04-14 00:54:40
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