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韩元富豪

金虫 (小有名气)

[求助] 各位学长、学姐帮帮忙,PCR只有引物二聚体已有11人参与

设计的一对引物,Tm值分别是72℃、67.2℃,尝试的温度有66℃、65℃、64℃、63℃、62℃,但都只有引物二聚体,怎么办,(先前提模板DNA时有条带,但PCR的时候就只有引物二聚体了),已经做了好长时间了,怎么办,求指点
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fuchange918

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
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韩元富豪(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励热心回帖交流 2014-05-06 18:07:31
韩元富豪: 金币+3, 有帮助, 谢谢啦,我再试试 2014-05-09 13:06:13
如果是引物合成单上的退火温度的话,根据它给的退火温度减5度左右是很难P出来的,我一般用英俊合成引物,合成单上有两个Tm值,一个大的一个小的,我的一般都是大的那个Tm值减去10度多才能跑出目的片段,不知道你的这个Tm值是怎么确定的,我估计是你P的那几个退火温度是太高了。建议以55度为中心,上下加减5度,共10个梯度,应该就能出来了
10楼2014-05-06 15:58:56
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普通回帖

zep616745243

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-05-05 15:55:49
确保模板没有问题的前提下,可以试试降低退火温度吧,真不行就换引物吧
只有不断地失败才会成功
2楼2014-05-05 12:26:24
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BioChen

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-05-05 15:55:56
你的模版是什么?基因组?
基因组DNA变性有点困难,可以考虑加DMSO。
把退火温度降到50度,看看有没有条带。如果没有条带果断换模版与引物。如果有带,继续优化PCR条件。
3楼2014-05-05 12:34:25
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韩元富豪

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by BioChen at 2014-05-05 12:34:25
你的模版是什么?基因组?
基因组DNA变性有点困难,可以考虑加DMSO。
把退火温度降到50度,看看有没有条带。如果没有条带果断换模版与引物。如果有带,继续优化PCR条件。

模板是解淀粉芽孢杆菌中的pyrr基因,设计了两组引物:上游同源臂和下游同源臂,PCR的时候都只是引物二聚体,查看了这 个种的所有pyrr基因,在设计引物的那个片段,只有一个碱基不一样,其他都一样,下游同源臂引物未加被保护碱基和酶切位点的时候Tm是65.6和64.3,加了之后变成了72,67.2 。那Tm值多少合适呢
4楼2014-05-05 14:28:12
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BioChen

银虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 韩元富豪 at 2014-05-05 14:28:12
模板是解淀粉芽孢杆菌中的pyrr基因,设计了两组引物:上游同源臂和下游同源臂,PCR的时候都只是引物二聚体,查看了这 个种的所有pyrr基因,在设计引物的那个片段,只有一个碱基不一样,其他都一样,下游同源臂引物 ...

Tm值只是一个参考,我设计引物的时候基本上不太关注Tm值。无论Tm值是多少,我拿到引物之后,都会做一个梯度PCR,确定最佳退火温度。
你现在的问题是PCR出不来,所以尽可能的降低退火温度,加DMSO是促进基因组DNA的变性。
我问的模版是什么不是问你克隆什么基因,问的是你的模版是基因组、cDNA还是质粒?
5楼2014-05-06 10:35:25
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韩元富豪

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by BioChen at 2014-05-06 10:35:25
Tm值只是一个参考,我设计引物的时候基本上不太关注Tm值。无论Tm值是多少,我拿到引物之后,都会做一个梯度PCR,确定最佳退火温度。
你现在的问题是PCR出不来,所以尽可能的降低退火温度,加DMSO是促进基因组DNA的 ...

模板是基因组
6楼2014-05-06 12:20:39
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sakor

铁虫 (初入文坛)

退火温度58至60差不多了
7楼2014-05-06 12:36:39
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zhaodahe

木虫 (正式写手)

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★ ★ ★ ★
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韩元富豪: 金币+2, 谢谢啦,我再试试 2014-05-09 13:06:58
韩元富豪: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-05-10 13:12:04
不知道引物多长,但是我觉得退火温度太高了,我一般都用54-56度;60度以上就是很难扩增出来。
8楼2014-05-06 15:13:36
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千年觉哲

金虫 (初入文坛)

金冲冲

【答案】应助回帖

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引物浓度  退火温度  模板浓度 都可调的
顶顶顶
9楼2014-05-06 15:29:59
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