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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 全长PCR凝胶电泳后全是二聚体，求大神指点
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a406331686

银虫 (小有名气)

[求助] 全长PCR凝胶电泳后全是二聚体，求大神指点 已有7人参与

我想扩增一个基因，全长CDS序列已有，根据全长序列设计的引物F  GGAAGAGCATCCAAAACCG R： AGTGTCTTGCCAACGTCGAT  结果全是引物二聚体，但是想要扩增全长的CDS的话，就这一对引物符合要求，求大神指点咋办，快被逼疯了·····

全长PCR凝胶电泳后全是二聚体，求大神指点
pcr 3.20_副本.jpg
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1楼 2014-04-10 15:11:12
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d00614028

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by a406331686 at 2014-04-10 16:22:34
这个基因的全长CDS才就1089bp，而且它的上游非编码区各种AAA连着，下游也是各种TTT连着，这样的序列到底要怎么弄全长引物啊...

再往外周找，跳出poly区找引物，找长点，看能不能P出来，要是可以的话从P出来的产物里再来P CDs
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6楼2014-04-10 16:37:51
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double可

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-04-10 17:02:03
你的c'DNA是什么啊，可以在CDS区外扩设计引物，感觉你的cDNA有问题
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早已不承认还有什么神
2楼2014-04-10 15:21:03
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a406331686

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by double可 at 2014-04-10 15:21:03
你的c'DNA是什么啊，可以在CDS区外扩设计引物，感觉你的cDNA有问题

杨树的cDNA啊，这对引物就是在CDS区外设计的，就这一对在Primer5中的评分还行·····
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3楼2014-04-10 15:42:37
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d00614028

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
a406331686: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-04-10 16:44:52
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-04-14 17:36:57
a406331686: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-06-15 08:09:26
虽然只有这对引物评分还可以，但还是可以选其他对引物来试试的，PCR有的时候说不清的，哈哈。
实在不行将CDs分成几段，先把每段P出来然后做Overlap。
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4楼2014-04-10 16:04:13
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a406331686

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by d00614028 at 2014-04-10 16:04:13
虽然只有这对引物评分还可以，但还是可以选其他对引物来试试的，PCR有的时候说不清的，哈哈。
实在不行将CDs分成几段，先把每段P出来然后做Overlap。

这个基因的全长CDS才就1089bp，而且它的上游非编码区各种AAA连着，下游也是各种TTT连着，这样的序列到底要怎么弄全长引物啊
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5楼2014-04-10 16:22:34
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a406331686

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by d00614028 at 2014-04-10 16:37:51
再往外周找，跳出poly区找引物，找长点，看能不能P出来，要是可以的话从P出来的产物里再来P CDs...

NCBI上杨树基因组序列里这个基因的全长也就1300多bp，你说的跳出poly区是指哪个区域啊
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7楼2014-04-10 16:43:34
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d00614028

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by a406331686 at 2014-04-10 16:43:34
NCBI上杨树基因组序列里这个基因的全长也就1300多bp，你说的跳出poly区是指哪个区域啊...

往它的上下游找试试。
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8楼2014-04-10 16:48:13
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a406331686

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by d00614028 at 2014-04-10 16:48:13
往它的上下游找试试。...

他的上下游没了啊·······
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9楼2014-04-10 16:51:35
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double可

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by a406331686 at 2014-04-10 15:42:37
杨树的cDNA啊，这对引物就是在CDS区外设计的，就这一对在Primer5中的评分还行·····...

可能你的cDNA提取有问题所以才没有p出条带，条带成弥散有的还在空中有可能有基因组污染
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早已不承认还有什么神
10楼2014-04-10 18:01:14
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