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a406331686

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[求助] 全长PCR凝胶电泳后全是二聚体，求大神指点已有7人参与

我想扩增一个基因，全长CDS序列已有，根据全长序列设计的引物F GGAAGAGCATCCAAAACCG R： AGTGTCTTGCCAACGTCGAT 结果全是引物二聚体，但是想要扩增全长的CDS的话，就这一对引物符合要求，求大神指点咋办，快被逼疯了·····

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1楼 2014-04-10 15:11:12

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5楼: Originally posted by a406331686 at 2014-04-10 16:22:34
这个基因的全长CDS才就1089bp，而且它的上游非编码区各种AAA连着，下游也是各种TTT连着，这样的序列到底要怎么弄全长引物啊...

再往外周找，跳出poly区找引物，找长点，看能不能P出来，要是可以的话从P出来的产物里再来P CDs

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6楼2014-04-10 16:37:51

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double可

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【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-04-10 17:02:03

你的c'DNA是什么啊，可以在CDS区外扩设计引物，感觉你的cDNA有问题

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2楼2014-04-10 15:21:03

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2楼: Originally posted by double可 at 2014-04-10 15:21:03
你的c'DNA是什么啊，可以在CDS区外扩设计引物，感觉你的cDNA有问题

杨树的cDNA啊，这对引物就是在CDS区外设计的，就这一对在Primer5中的评分还行·····

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3楼2014-04-10 15:42:37

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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a406331686: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-04-10 16:44:52
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-04-14 17:36:57
a406331686: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-06-15 08:09:26

虽然只有这对引物评分还可以，但还是可以选其他对引物来试试的，PCR有的时候说不清的，哈哈。
实在不行将CDs分成几段，先把每段P出来然后做Overlap。

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4楼2014-04-10 16:04:13

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4楼: Originally posted by d00614028 at 2014-04-10 16:04:13
虽然只有这对引物评分还可以，但还是可以选其他对引物来试试的，PCR有的时候说不清的，哈哈。
实在不行将CDs分成几段，先把每段P出来然后做Overlap。

这个基因的全长CDS才就1089bp，而且它的上游非编码区各种AAA连着，下游也是各种TTT连着，这样的序列到底要怎么弄全长引物啊

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5楼2014-04-10 16:22:34

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6楼: Originally posted by d00614028 at 2014-04-10 16:37:51
再往外周找，跳出poly区找引物，找长点，看能不能P出来，要是可以的话从P出来的产物里再来P CDs...

NCBI上杨树基因组序列里这个基因的全长也就1300多bp，你说的跳出poly区是指哪个区域啊

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7楼2014-04-10 16:43:34

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【答案】应助回帖

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7楼: Originally posted by a406331686 at 2014-04-10 16:43:34
NCBI上杨树基因组序列里这个基因的全长也就1300多bp，你说的跳出poly区是指哪个区域啊...

往它的上下游找试试。

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8楼2014-04-10 16:48:13

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8楼: Originally posted by d00614028 at 2014-04-10 16:48:13
往它的上下游找试试。

...

他的上下游没了啊·······

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9楼2014-04-10 16:51:35

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3楼: Originally posted by a406331686 at 2014-04-10 15:42:37
杨树的cDNA啊，这对引物就是在CDS区外设计的，就这一对在Primer5中的评分还行·····...

可能你的cDNA提取有问题所以才没有p出条带，条带成弥散有的还在空中有可能有基因组污染

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10楼2014-04-10 18:01:14

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