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带刀猎人

新虫 (小有名气)

[求助] 重叠延伸PCR(overlap extension PCR)的问题,头疼啊 已有2人参与

各位大侠,本人最近在做重叠延伸PCR,想把三个基因连接起来,分别是1000bp, 930bp, 1000bp。三个片段通过PCR已经扩增出来了,条带很亮,并且做了胶回收,回收后的浓度分别是192ng/ul, 307ng/ul, 113ng/ul。分别取600ng进行SOE PCR,采用两步法进行的。就是先不加引物50度退火,循环10次,再加上上下游引物55度退火,循环30次,可就是P不出来2930bp的条带。我用于SOE-PCR的引物有40bp的重叠区,退火温度分别是64度和68度。

实在是不知道什么原因了,100ng的模板和50ng的模板都试过了,两两连接也试过了,可都是不行,做了十多次了。头疼啊,有做过的给我指导一下吧!谢谢!

我想问一下:
1.胶回收后的产物加多大的量作为SOE-PCR合适?
2.三个基因连接难度大还是两两连接的难度大?
3.我用两步法进行SOE-PCR合适吗?
4.我的引物重叠区有40bp是不是太多了,我看论坛里很多都是20bp左右。我的重叠区是包括第一次扩增回收产物的区域的。
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初出茅庐1991

新虫 (初入文坛)

★ ★
带刀猎人(kx444555代发): 金币+2, 鼓励交流 2014-04-29 08:37:15
我跟你情况差不多,就是重叠区只有15bp,请问楼主现在解决了吗?求指教。。。
2楼2014-04-28 15:00:00
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-04-29 08:37:19
引用回帖:
2楼: Originally posted by 初出茅庐1991 at 2014-04-28 15:00:00
我跟你情况差不多,就是重叠区只有15bp,请问楼主现在解决了吗?求指教。。。

如果条件允许的话,可以用in-fusion技术,或者酵母体内同源重组

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-04-28 19:02:06
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meng_xu

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-04-29 08:37:23
有做alignment么?这几个基因有没有什么序列相似,会不会影响overlap的区域?
4楼2014-04-29 08:10:23
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Gooder321

新虫 (初入文坛)

我也是这种情况,但是上游和中间连接后再和下游连,100ng,引物0.5微升,做出来了,就是条带不亮,无法回收!
5楼2014-11-17 17:01:50
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