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xujingyuanxu

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[求助] 求助：ISSR扩增条带问题解决已有1人参与

各位大神好，本人最近在做ISSR的分子标记，有几个问题想求助：1、扩增不同地区的植物样本如图，扩增产物跑胶后，总是看着有白色的拖尾，且条带之间不如文章上附图那么清晰可辨，不知道是什么原因；2、跑出来的条带会呈现成哑铃型，有时候一排胶跑的还呈现波浪状状，不明白什么原因，请大神指点！

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1楼2014-02-27 22:08:36

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莫夏的亲妈

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同求，我提取的DNA没有问题，但是PCR出来的结果不尽如人意，只有一条带，想问这是怎么一回事

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7楼2014-12-03 12:57:21

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新人小玥

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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xujingyuanxu: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-02-28 21:51:15

哑铃状第一是上样量少了，还有就是胶做好的时间比较长，有点干了。您可以先把胶放在电泳池中泡一下再上样，可能会好一点。
拖尾是由于PCR的问题，有些污染吧。您看您有的梳孔处都有亮点，这很可能是某些污染。

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2楼2014-02-27 23:08:06

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xujingyuanxu

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引用回帖:

2楼: Originally posted by 新人小玥 at 2014-02-27 23:08:06
哑铃状第一是上样量少了，还有就是胶做好的时间比较长，有点干了。您可以先把胶放在电泳池中泡一下再上样，可能会好一点。
拖尾是由于PCR的问题，有些污染吧。您看您有的梳孔处都有亮点，这很可能是某些污染。

谢谢您！我在提取DNA的过程中，除蛋白用的是氯仿—异戊醇，没有加酚，是不是处理蛋白不彻底啊？其次，我没有用RNA酶处理，您觉得有什么影响么？RNA会不会放一段时间就自动降解了啊？第三，我PCR之前模板只是上了电泳，和marker进行对比，没有用吸光度测浓度，另外模板有时会特别亮，梳孔处有亮点，是因为蛋白还是多糖杂质呢？稀释一下可以么？谢谢您的帮忙！

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3楼2014-02-28 21:50:14

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新人小玥

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3楼: Originally posted by xujingyuanxu at 2014-02-28 21:50:14
谢谢您！我在提取DNA的过程中，除蛋白用的是氯仿—异戊醇，没有加酚，是不是处理蛋白不彻底啊？其次，我没有用RNA酶处理，您觉得有什么影响么？RNA会不会放一段时间就自动降解了啊？第三，我PCR之前模板只是上了电 ...

您PCR中加入的DNA模版量已经很低了，再加上反应体系进一步稀释。有杂质什么的也都被稀释了吧。。。。
没有用RNA酶处理没关系，不影响ISSR实验结果。另外您说的RNA降解一般都这么说，应该会被降解了吧，不过不好说
跑DNA时梳孔处的亮点可能蛋白多糖多酚什么的都有可能，如果不影响实验结果，就不用纠结。
我觉得您的关键点是在PCR上，做ISSR时就是DNA提的再烂都能做出来的，别纠结提DNA的方法了。好好看看PCR反应有没有可能引入什么污染。尤其是水！

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4楼2014-03-01 06:28:30

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