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多态性条带怎么统计？有图，大家帮帮忙。谢谢
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我做ISSR的，这张图，是9个个体，一对引物得到的结果。很多说法是计0和1，但是如果是不同的电泳图，产物的位置可能会有差异，这个多态位点还可靠吗？有没有介绍统计这些图的资料啊？文献说的也不全，搞不懂啊。急死人了 ，谢谢各位高手帮忙！ [ Last edited by 1949stone on 2011-12-27 at 12:59 ] |
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 【分子生物】EPI帖 |
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Sarah_Shy
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【答案】应助回帖
陈年芬芳: 回帖置顶 2011-12-09 20:03:40
1949stone(MolEPI+1): very good 2011-12-27 12:59:23
1949stone(MolEPI+1): very good 2011-12-27 12:59:23
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这个条带统计是蛮烦的，你们实验室没人做吗？可以请教下。我毕业论文就是做的就是这个，在这里我怕说了你也很难理解。我将就说一下看你自己理解吧。 统计条带你是先看同一个引物所有样品总共得到多少个位点，然后再分别看每一个样品哪个位点没条带就记为0，哪个位点有条带记为1. 就比如你这张图，9个样，总共有5个位点，为了方便我这里从上往下标注为1,2,3,4,5。第一个样3和5的位点上有条带，记为00101。第二个样和第三个样时一样的都是3位点上有，记为00100.第四个1,5位点有，记为10001.第五个样1,2,5位点有，记为11001.第六个样1.2.4位点有，记为11010.第七个样3.5位点有，记为00101.。。。下面你自己看吧，应该能理解了吧。 至于统计软件一般文献上都是有的，你自己好好查查看吧，不同的软件用于不同的分析。 |
4楼2011-12-09 15:54:03
Sarah_Shy
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【答案】应助回帖
陈年芬芳: 回帖置顶 2011-12-12 12:13:55
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基本上，一个引物对不同样本的扩增得到的条带都差不多，你可以对比maker看条带大致的位置，纵观一个引物所有样本的扩增条带，大致确定有多少条带，条带大小为多少，然后再分别看每个样本的带型进行统计。分子标记最后的条带本来就是靠人为的统计，只能靠自己的感觉去判定。这个0，1矩阵的输入真的是很累人的一件事情，胶图一定要跑的好将来会方便很多。 有什么问题你再问吧，我可能不能及时回答你，但一有空就会上来看的。你现在先把条件优化的好一点，争取把胶图跑好，统计条带要等所有样本都跑完了才能统计，所以也不及。做PCR跑胶也是一个很耗时间的事情。 |
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陈年芬芳7楼2011-12-11 21:17:27
8楼2011-12-12 12:13:29
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
陈年芬芳(金币+2): ★★★很有帮助 谢谢啦！很有帮助！ 2011-12-27 12:40:54
wanhscn(金币+6): 鼓励应助！很好！先记下 whs！ 2011-12-27 14:39:16
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wanhscn(金币+6): 鼓励应助！很好！先记下 whs！ 2011-12-27 14:39:16
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补充一些内容： 将所有样品跑出图后，可以用gel-pro analyzer进行定量分析，因为这个软件可以根据不同分子量在容许范围内列出不同行，例如： 3886 3857 2182 2200 1985 1985 1776 1788 1776 1600 1624 1612 1400 1400 1330 1390 1192 1136 1192 994 994 这样可以手动将有数字的改成“1”，没数字的改成“0“，然后用NTSYS软件进行聚类分析，构建树状图。 提示：电泳尽量要跑好跑齐，最好有两个或多个标准分子量，这样在构建树状图时可以观察标准分子量的相似度是否很高，如果不高，说明电泳效果很差。 |
9楼2011-12-27 10:57:33
liuqinggc065
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23楼2015-01-08 13:22:05
min930
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