| 查看: 6145 | 回复: 25 | |||
| 本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看 | |||
[求助]
多态性条带怎么统计？有图，大家帮帮忙。谢谢
|
|||
我做ISSR的，这张图，是9个个体，一对引物得到的结果。很多说法是计0和1，但是如果是不同的电泳图，产物的位置可能会有差异，这个多态位点还可靠吗？有没有介绍统计这些图的资料啊？文献说的也不全，搞不懂啊。急死人了 ，谢谢各位高手帮忙！ [ Last edited by 1949stone on 2011-12-27 at 12:59 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 【分子生物】EPI帖 |
» 猜你喜欢
为什么蛋白质氨基酸测定大家都测17种?
已经有5人回复
-
《灰分记：我与坩埚的“灰烬”之恋》
已经有3人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有206人回复
-
求助 食品检验工（基础知识），中国劳动社会出版社 电子版
已经有5人回复
-
胶体几丁质的结晶度？
已经有0人回复
-
诚挚招收全日制博士！！！中国农业科学院麻类研究所谭志坚研究员课题组招收博士
已经有2人回复
-
三甲基羟乙基丙二胺的合成路线
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
谁用过Gel-pro analyzer?
已经有5人回复- 请教高手，有知道醋酸水溶液中冰醋酸的回收有什么好办法的么 谢谢
已经有18人回复
- 人才是怎样被埋没掉的--成功必知的三十条铁律【转载】
已经有220人回复
- 这两个期刊到底有没有影响因子，有懂的仁兄帮忙查一下吗，谢谢
已经有20人回复
- 请帮忙提供一个需盐脱硫弧菌的培养基配方，谢谢！~
已经有5人回复
- 求统计学在图像处理的应用书籍
已经有4人回复
- 有在做课题能带人的吗？可酬谢谢
已经有9人回复
- 一条大鱼下面的两条小鱼
已经有16人回复
- 大家帮帮忙啊。谢谢。opus6.5口令是什么？
已经有8人回复
- 下载了opus，不会安装。大家帮帮忙谢谢
已经有5人回复
- 谢谢大家支持生物材料版
已经有337人回复
- 请教形函数的导数在任意四边形的积分，谢谢
已经有6人回复
- 在一个图中做多个带标准差图大家怎么做？
已经有8人回复
- 厦门迈士通、深圳富士康，该选哪个啊？ 大家帮帮忙！
已经有45人回复
- “工程师”在总人数统计中算中级还是初级？
已经有6人回复
- 【求助】用MS计算分子的分子尺寸，请大家帮忙，挺急的！谢谢！
已经有5人回复
- 【求助】这个图中的刻度条是怎么加入的？
已经有10人回复
- 【求助】大家帮帮忙，POSS是在哪里买的？
已经有6人回复
- 【求助】欧洲药典6.0版或者更新的版本在哪可以免费下载，晓得朋友帮帮忙哈！！
已经有3人回复
- 【求助/交流】ISSR引物扩增产物电泳图，求助各位高手~~~
已经有10人回复
- 【求助/交流】Western 条带拖尾，有图，望大家帮忙找原因
已经有16人回复
Sarah_Shy
木虫 (小有名气)
- MolEPI: 2
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 2173.1
- 散金: 20
- 红花: 2
- 帖子: 55
- 在线: 73.5小时
- 虫号: 731594
- 注册: 2009-03-26
- 性别: MM
- 专业: 微生物资源与分类学
【答案】应助回帖
陈年芬芳: 回帖置顶 2011-12-09 20:03:40
1949stone(MolEPI+1): very good 2011-12-27 12:59:23
1949stone(MolEPI+1): very good 2011-12-27 12:59:23
|
这个条带统计是蛮烦的，你们实验室没人做吗？可以请教下。我毕业论文就是做的就是这个，在这里我怕说了你也很难理解。我将就说一下看你自己理解吧。 统计条带你是先看同一个引物所有样品总共得到多少个位点，然后再分别看每一个样品哪个位点没条带就记为0，哪个位点有条带记为1. 就比如你这张图，9个样，总共有5个位点，为了方便我这里从上往下标注为1,2,3,4,5。第一个样3和5的位点上有条带，记为00101。第二个样和第三个样时一样的都是3位点上有，记为00100.第四个1,5位点有，记为10001.第五个样1,2,5位点有，记为11001.第六个样1.2.4位点有，记为11010.第七个样3.5位点有，记为00101.。。。下面你自己看吧，应该能理解了吧。 至于统计软件一般文献上都是有的，你自己好好查查看吧，不同的软件用于不同的分析。 |
4楼2011-12-09 15:54:03
Sarah_Shy
木虫 (小有名气)
- MolEPI: 2
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 2173.1
- 散金: 20
- 红花: 2
- 帖子: 55
- 在线: 73.5小时
- 虫号: 731594
- 注册: 2009-03-26
- 性别: MM
- 专业: 微生物资源与分类学
【答案】应助回帖
陈年芬芳: 回帖置顶 2011-12-12 12:13:55
|
基本上，一个引物对不同样本的扩增得到的条带都差不多，你可以对比maker看条带大致的位置，纵观一个引物所有样本的扩增条带，大致确定有多少条带，条带大小为多少，然后再分别看每个样本的带型进行统计。分子标记最后的条带本来就是靠人为的统计，只能靠自己的感觉去判定。这个0，1矩阵的输入真的是很累人的一件事情，胶图一定要跑的好将来会方便很多。 有什么问题你再问吧，我可能不能及时回答你，但一有空就会上来看的。你现在先把条件优化的好一点，争取把胶图跑好，统计条带要等所有样本都跑完了才能统计，所以也不及。做PCR跑胶也是一个很耗时间的事情。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
陈年芬芳7楼2011-12-11 21:17:27
8楼2011-12-12 12:13:29
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
陈年芬芳(金币+2): ★★★很有帮助 谢谢啦！很有帮助！ 2011-12-27 12:40:54
wanhscn(金币+6): 鼓励应助！很好！先记下 whs！ 2011-12-27 14:39:16
感谢参与，应助指数 +1
陈年芬芳(金币+2): ★★★很有帮助 谢谢啦！很有帮助！ 2011-12-27 12:40:54
wanhscn(金币+6): 鼓励应助！很好！先记下 whs！ 2011-12-27 14:39:16
|
补充一些内容： 将所有样品跑出图后，可以用gel-pro analyzer进行定量分析，因为这个软件可以根据不同分子量在容许范围内列出不同行，例如： 3886 3857 2182 2200 1985 1985 1776 1788 1776 1600 1624 1612 1400 1400 1330 1390 1192 1136 1192 994 994 这样可以手动将有数字的改成“1”，没数字的改成“0“，然后用NTSYS软件进行聚类分析，构建树状图。 提示：电泳尽量要跑好跑齐，最好有两个或多个标准分子量，这样在构建树状图时可以观察标准分子量的相似度是否很高，如果不高，说明电泳效果很差。 |
9楼2011-12-27 10:57:33
liuqinggc065
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 401
- 散金: 80
- 帖子: 25
- 在线: 8.4小时
- 虫号: 1030562
- 注册: 2010-05-28
- 性别: GG
- 专业: 农业昆虫学
23楼2015-01-08 13:22:05
min930
木虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 4131.1
- 帖子: 232
- 在线: 64.9小时
- 虫号: 376564
- 注册: 2007-05-19
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
2楼2011-12-08 11:16:30
3楼2011-12-08 15:03:00
5楼2011-12-09 19:59:09
6楼2011-12-09 20:04:24
10楼2011-12-27 12:46:05