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yangcaoqing

新虫 (小有名气)

楼主,我想问一下为什么选择琼脂糖电泳而非聚丙烯酰胺电泳来跑胶呢?
11楼2012-05-21 18:58:29
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陈年芬芳

新虫 (小有名气)

引用回帖:
11楼: Originally posted by yangcaoqing at 2012-05-21 18:58:29:
楼主,我想问一下为什么选择琼脂糖电泳而非聚丙烯酰胺电泳来跑胶呢?

琼脂糖的分辨率已经能够讲条带区分开了,所以没必要用聚丙烯酰胺了, 而且看文献 别人做ISSR都是琼脂糖电泳。
12楼2012-05-21 20:28:50
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yangcaoqing

新虫 (小有名气)

引用回帖:
12楼: Originally posted by 陈年芬芳 at 2012-05-21 20:28:50:
琼脂糖的分辨率已经能够讲条带区分开了,所以没必要用聚丙烯酰胺了, 而且看文献 别人做ISSR都是琼脂糖电泳。

哦,O(∩_∩)O谢谢
13楼2012-05-23 21:59:04
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guye1

金虫 (小有名气)

请问楼主是不是凡是出来的条带都要进行统计,如果某一位点只有个别样品扩增出条带,而其他大部分都没有扩展出,那么这个位点还要吗?
水木年华
14楼2012-06-27 17:18:51
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陈年芬芳

新虫 (小有名气)

引用回帖:
14楼: Originally posted by guye1 at 2012-06-27 17:18:51
请问楼主是不是凡是出来的条带都要进行统计,如果某一位点只有个别样品扩增出条带,而其他大部分都没有扩展出,那么这个位点还要吗?

我都统计了,毕竟是实验数据的一部分,但是等软件分析结果的时候,你可以选择性的分析,看哪样结果好,再决定剔除哪些位点或哪些样品。
15楼2012-06-27 20:32:15
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coal@live.cn

新虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by 陈年芬芳 at 2011-12-27 12:46:05
太谢谢你啦,讲的很详细呢。
这个软件我才接触,很方便,也很灵敏,您说的多点几个marker,是指同一种还是不同种啊?比如一个DL2000,一个100bp ladder么?还有构建构建树状图时可以观察标准分子量的相似度是否很高 ...

同一种marker,跑出来后先看marker所在泳道的条带是否一致,不一致就说明胶跑的不行。
16楼2012-06-27 21:55:42
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pyz1979

铜虫 (初入文坛)

我说的marker就是一样的marker,主要是看电泳效果,如果两个marker的条带基本都在一条线上的话,说明效果比较好。至于标准分子量相似度没有做过,我在做0、1时直接将marker删除了。

至于两张不同时期电泳图条带分布不一样的问题,我是这样解决的,仅供参考:
1)对凝胶成像软件进行设置,我的是Image Lab,可以建立一个实验协议,对于成像的位置、大小都规定好,每次放胶的时候都放在那个位置,这样可以稍微保证图片基本一致。

2)使用photoshop软件,对其中一张图片进行图像大小的重新设置,从而使图中Marker条带与另一张基本一致,之后进行拼接,因为Gel-pro只能对一张图片产生excel表,如果分别分析的话,之后的0、1表不太好合并

即便这样,误差也是非常地大,目前准备接触bionumerics软件,这个软件貌似能解决这些问题,功能比较齐全,不过没有盗版,而且非常贵。
17楼2012-06-29 09:19:54
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雨天明茉

新虫 (初入文坛)

各位大侠 我想问一下 不同的引物之间能用上述的分析方法吗 我现在做遗传多样性的分析 也就是说不同引物做出来的胶图能放一块分析 然后一同输入软件进行分析吗
18楼2012-07-28 20:03:03
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陈年芬芳

新虫 (小有名气)

引用回帖:
18楼: Originally posted by 雨天明茉 at 2012-07-28 20:03:03
各位大侠 我想问一下 不同的引物之间能用上述的分析方法吗 我现在做遗传多样性的分析 也就是说不同引物做出来的胶图能放一块分析 然后一同输入软件进行分析吗

可以的。
19楼2012-07-29 09:55:56
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wawayu0916

新虫 (初入文坛)

请问楼主,我每次照的图大小都不一样,也可以用gel-pro analyzer这个软件分析条带吗?这个软件好用不?你还知道什么更好用的软件吗?我的电泳全跑完了,100多张图,现在就准备记带了,想着要用眼睛主观看的话,太累了~工作量太大了~
20楼2012-12-13 21:45:39
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