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多态性条带怎么统计？有图，大家帮帮忙。谢谢
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我做ISSR的，这张图，是9个个体，一对引物得到的结果。很多说法是计0和1，但是如果是不同的电泳图，产物的位置可能会有差异，这个多态位点还可靠吗？有没有介绍统计这些图的资料啊？文献说的也不全，搞不懂啊。急死人了 ，谢谢各位高手帮忙！ [ Last edited by 1949stone on 2011-12-27 at 12:59 ] |
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我说的marker就是一样的marker，主要是看电泳效果，如果两个marker的条带基本都在一条线上的话，说明效果比较好。至于标准分子量相似度没有做过，我在做0、1时直接将marker删除了。 至于两张不同时期电泳图条带分布不一样的问题，我是这样解决的，仅供参考： 1）对凝胶成像软件进行设置，我的是Image Lab，可以建立一个实验协议，对于成像的位置、大小都规定好，每次放胶的时候都放在那个位置，这样可以稍微保证图片基本一致。 2）使用photoshop软件，对其中一张图片进行图像大小的重新设置，从而使图中Marker条带与另一张基本一致，之后进行拼接，因为Gel-pro只能对一张图片产生excel表，如果分别分析的话，之后的0、1表不太好合并 即便这样，误差也是非常地大，目前准备接触bionumerics软件，这个软件貌似能解决这些问题，功能比较齐全，不过没有盗版，而且非常贵。 |
17楼2012-06-29 09:19:54
min930
木虫 (小有名气)
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2楼2011-12-08 11:16:30
3楼2011-12-08 15:03:00
Sarah_Shy
木虫 (小有名气)
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【答案】应助回帖
陈年芬芳: 回帖置顶 2011-12-09 20:03:40
1949stone(MolEPI+1): very good 2011-12-27 12:59:23
1949stone(MolEPI+1): very good 2011-12-27 12:59:23
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这个条带统计是蛮烦的，你们实验室没人做吗？可以请教下。我毕业论文就是做的就是这个，在这里我怕说了你也很难理解。我将就说一下看你自己理解吧。 统计条带你是先看同一个引物所有样品总共得到多少个位点，然后再分别看每一个样品哪个位点没条带就记为0，哪个位点有条带记为1. 就比如你这张图，9个样，总共有5个位点，为了方便我这里从上往下标注为1,2,3,4,5。第一个样3和5的位点上有条带，记为00101。第二个样和第三个样时一样的都是3位点上有，记为00100.第四个1,5位点有，记为10001.第五个样1,2,5位点有，记为11001.第六个样1.2.4位点有，记为11010.第七个样3.5位点有，记为00101.。。。下面你自己看吧，应该能理解了吧。 至于统计软件一般文献上都是有的，你自己好好查查看吧，不同的软件用于不同的分析。 |
4楼2011-12-09 15:54:03