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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 多态性条带怎么统计？有图，大家帮帮忙。谢谢
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陈年芬芳

新虫 (小有名气)

[求助] 多态性条带怎么统计？有图，大家帮帮忙。谢谢

我做ISSR的，这张图，是9个个体，一对引物得到的结果。很多说法是计0和1，但是如果是不同的电泳图，产物的位置可能会有差异，这个多态位点还可靠吗？有没有介绍统计这些图的资料啊？文献说的也不全，搞不懂啊。急死人了，谢谢各位高手帮忙！


[ Last edited by 1949stone on 2011-12-27 at 12:59 ]
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1楼 2011-12-08 09:33:24
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陈年芬芳

新虫 (小有名气)
1949stone: 有专业的软件 可以看看文献 2011-12-09 01:03:30
引用回帖:
2楼: Originally posted by min930 at 2011-12-08 11:16:30:
p的条件要优化，如果条件没法再优化了，就看看引物特异性，我放下很多年了，目前只能提这么点意见

条件正在优化中，优化好了就要大批量的做了，但是这些图怎么统计啊，看有很多软件，都云里雾里的。
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3楼2011-12-08 15:03:00
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陈年芬芳

新虫 (小有名气)
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4楼: Originally posted by Sarah_Shy at 2011-12-09 15:54:03:
这个条带统计是蛮烦的，你们实验室没人做吗？可以请教下。我毕业论文就是做的就是这个，在这里我怕说了你也很难理解。我将就说一下看你自己理解吧。
统计条带你是先看同一个引物所有样品总共得到多少个位点，然后 ...

真的太谢谢你啦，这么详细的解释让我终于有些开窍了。
还有一个问题是，同一引物扩增的结果肯定不会在一张图上，不同时间跑的电泳图条带的位置可能也会不一样，这个怎么处理啊？期待你的回复，谢谢！
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5楼2011-12-09 19:59:09
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陈年芬芳

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by Sarah_Shy at 2011-12-09 15:54:03:
这个条带统计是蛮烦的，你们实验室没人做吗？可以请教下。我毕业论文就是做的就是这个，在这里我怕说了你也很难理解。我将就说一下看你自己理解吧。
统计条带你是先看同一个引物所有样品总共得到多少个位点，然后 ...

我们实验室没人做啊，老师也不懂，真是欲哭无泪啊。
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6楼2011-12-09 20:04:24
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陈年芬芳

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
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7楼: Originally posted by Sarah_Shy at 2011-12-11 21:17:27:
基本上，一个引物对不同样本的扩增得到的条带都差不多，你可以对比maker看条带大致的位置，纵观一个引物所有样本的扩增条带，大致确定有多少条带，条带大小为多少，然后再分别看每个样本的带型进行统计。分子标记 ...

太好了，太谢谢你了！
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8楼2011-12-12 12:13:29
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陈年芬芳

新虫 (小有名气)
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9楼: Originally posted by pyz1979 at 2011-12-27 10:57:33:
补充一些内容：
将所有样品跑出图后，可以用gel-pro analyzer进行定量分析，因为这个软件可以根据不同分子量在容许范围内列出不同行，例如：
3886                        3857
2182                        2200
1985                        1985
1776        1788                1776
1600        16 ...

太谢谢你啦，讲的很详细呢。
这个软件我才接触，很方便，也很灵敏，您说的多点几个marker，是指同一种还是不同种啊？比如一个DL2000，一个100bp ladder么?还有构建构建树状图时可以观察标准分子量的相似度是否很高，这个怎么操作啊？是把marker也变成0/1矩阵作为一个种么？
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10楼2011-12-27 12:46:05
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陈年芬芳

新虫 (小有名气)
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11楼: Originally posted by yangcaoqing at 2012-05-21 18:58:29:
楼主，我想问一下为什么选择琼脂糖电泳而非聚丙烯酰胺电泳来跑胶呢？

琼脂糖的分辨率已经能够讲条带区分开了，所以没必要用聚丙烯酰胺了， 而且看文献 别人做ISSR都是琼脂糖电泳。
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12楼2012-05-21 20:28:50
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陈年芬芳

新虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by guye1 at 2012-06-27 17:18:51
请问楼主是不是凡是出来的条带都要进行统计，如果某一位点只有个别样品扩增出条带，而其他大部分都没有扩展出，那么这个位点还要吗？

我都统计了，毕竟是实验数据的一部分，但是等软件分析结果的时候，你可以选择性的分析，看哪样结果好，再决定剔除哪些位点或哪些样品。
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15楼2012-06-27 20:32:15
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陈年芬芳

新虫 (小有名气)
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18楼: Originally posted by 雨天明茉 at 2012-07-28 20:03:03
各位大侠 我想问一下 不同的引物之间能用上述的分析方法吗 我现在做遗传多样性的分析 也就是说不同引物做出来的胶图能放一块分析 然后一同输入软件进行分析吗

可以的。
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19楼2012-07-29 09:55:56
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陈年芬芳

新虫 (小有名气)
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20楼: Originally posted by wawayu0916 at 2012-12-13 21:45:39
请问楼主,我每次照的图大小都不一样,也可以用gel-pro analyzer这个软件分析条带吗?这个软件好用不?你还知道什么更好用的软件吗?我的电泳全跑完了，100多张图,现在就准备记带了,想着要用眼睛主观看的话,太累了~工作量 ...

可以结合软件，标下主带的大致大小，但是条带多的话，主要还是得靠人工统计。这个是很麻烦，慢慢来吧。
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21楼2012-12-14 11:11:05
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