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陈年芬芳

新虫 (小有名气)

[求助] 多态性条带怎么统计？有图，大家帮帮忙。谢谢

我做ISSR的，这张图，是9个个体，一对引物得到的结果。很多说法是计0和1，但是如果是不同的电泳图，产物的位置可能会有差异，这个多态位点还可靠吗？有没有介绍统计这些图的资料啊？文献说的也不全，搞不懂啊。急死人了，谢谢各位高手帮忙！


[ Last edited by 1949stone on 2011-12-27 at 12:59 ]
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1楼 2011-12-08 09:33:24
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陈年芬芳

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by pyz1979 at 2011-12-27 10:57:33:
补充一些内容：
将所有样品跑出图后，可以用gel-pro analyzer进行定量分析，因为这个软件可以根据不同分子量在容许范围内列出不同行，例如：
3886                        3857
2182                        2200
1985                        1985
1776        1788                1776
1600        16 ...

太谢谢你啦，讲的很详细呢。
这个软件我才接触，很方便，也很灵敏，您说的多点几个marker，是指同一种还是不同种啊？比如一个DL2000，一个100bp ladder么?还有构建构建树状图时可以观察标准分子量的相似度是否很高，这个怎么操作啊？是把marker也变成0/1矩阵作为一个种么？
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10楼2011-12-27 12:46:05
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min930

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
西瓜(金币+1): 欢迎交流 2011-12-08 18:56:39
p的条件要优化，如果条件没法再优化了，就看看引物特异性，我放下很多年了，目前只能提这么点意见
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2楼2011-12-08 11:16:30
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陈年芬芳

新虫 (小有名气)
1949stone: 有专业的软件 可以看看文献 2011-12-09 01:03:30
引用回帖:
2楼: Originally posted by min930 at 2011-12-08 11:16:30:
p的条件要优化，如果条件没法再优化了，就看看引物特异性，我放下很多年了，目前只能提这么点意见

条件正在优化中，优化好了就要大批量的做了，但是这些图怎么统计啊，看有很多软件，都云里雾里的。
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3楼2011-12-08 15:03:00
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Sarah_Shy

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

陈年芬芳: 回帖置顶 2011-12-09 20:03:40
1949stone(MolEPI+1): very good 2011-12-27 12:59:23
这个条带统计是蛮烦的，你们实验室没人做吗？可以请教下。我毕业论文就是做的就是这个，在这里我怕说了你也很难理解。我将就说一下看你自己理解吧。
统计条带你是先看同一个引物所有样品总共得到多少个位点，然后再分别看每一个样品哪个位点没条带就记为0，哪个位点有条带记为1.
就比如你这张图，9个样，总共有5个位点，为了方便我这里从上往下标注为1,2,3,4,5。第一个样3和5的位点上有条带，记为00101。第二个样和第三个样时一样的都是3位点上有，记为00100.第四个1,5位点有，记为10001.第五个样1,2,5位点有，记为11001.第六个样1.2.4位点有，记为11010.第七个样3.5位点有，记为00101.。。。下面你自己看吧，应该能理解了吧。
至于统计软件一般文献上都是有的，你自己好好查查看吧，不同的软件用于不同的分析。
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4楼2011-12-09 15:54:03
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