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多态性条带怎么统计？有图，大家帮帮忙。谢谢
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我做ISSR的，这张图，是9个个体，一对引物得到的结果。很多说法是计0和1，但是如果是不同的电泳图，产物的位置可能会有差异，这个多态位点还可靠吗？有没有介绍统计这些图的资料啊？文献说的也不全，搞不懂啊。急死人了 ，谢谢各位高手帮忙！ [ Last edited by 1949stone on 2011-12-27 at 12:59 ] |
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 【分子生物】EPI帖 |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
陈年芬芳(金币+2): ★★★很有帮助 谢谢啦！很有帮助！ 2011-12-27 12:40:54
wanhscn(金币+6): 鼓励应助！很好！先记下 whs！ 2011-12-27 14:39:16
感谢参与，应助指数 +1
陈年芬芳(金币+2): ★★★很有帮助 谢谢啦！很有帮助！ 2011-12-27 12:40:54
wanhscn(金币+6): 鼓励应助！很好！先记下 whs！ 2011-12-27 14:39:16
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补充一些内容： 将所有样品跑出图后，可以用gel-pro analyzer进行定量分析，因为这个软件可以根据不同分子量在容许范围内列出不同行，例如： 3886 3857 2182 2200 1985 1985 1776 1788 1776 1600 1624 1612 1400 1400 1330 1390 1192 1136 1192 994 994 这样可以手动将有数字的改成“1”，没数字的改成“0“，然后用NTSYS软件进行聚类分析，构建树状图。 提示：电泳尽量要跑好跑齐，最好有两个或多个标准分子量，这样在构建树状图时可以观察标准分子量的相似度是否很高，如果不高，说明电泳效果很差。 |
9楼2011-12-27 10:57:33
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我说的marker就是一样的marker，主要是看电泳效果，如果两个marker的条带基本都在一条线上的话，说明效果比较好。至于标准分子量相似度没有做过，我在做0、1时直接将marker删除了。 至于两张不同时期电泳图条带分布不一样的问题，我是这样解决的，仅供参考： 1）对凝胶成像软件进行设置，我的是Image Lab，可以建立一个实验协议，对于成像的位置、大小都规定好，每次放胶的时候都放在那个位置，这样可以稍微保证图片基本一致。 2）使用photoshop软件，对其中一张图片进行图像大小的重新设置，从而使图中Marker条带与另一张基本一致，之后进行拼接，因为Gel-pro只能对一张图片产生excel表，如果分别分析的话，之后的0、1表不太好合并 即便这样，误差也是非常地大，目前准备接触bionumerics软件，这个软件貌似能解决这些问题，功能比较齐全，不过没有盗版，而且非常贵。 |
17楼2012-06-29 09:19:54