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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 头疼的测序结果
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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)

[求助] 头疼的测序结果 已有1人参与

各位大神：前两天我测了一段LSU的序列，是克隆后送测的，使用的载体是pMD19-T，菌落PCR的条带位置大约是750bp。我要求用M13F正向测序，结果却得到了1133bp的序列，在NCBI里blast，都是        
“Expression vector pECIA-14, complete sequence ”之类的结果。当时我就郁闷了，以为自己没做对，然后用我自己的特异性引物在得到的序列里比对一下，居然找到了上游引物，然后我从引物位置往后选了400多bp序列又在NCBI里blast，得到的是我所做的那个属的序列信息。然后我就混乱了
请问有没有那个大虾也遇到过这种情况的啊？求指点 到底是什么原因
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越努力越幸运
1楼 2013-12-31 16:17:57
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soarrow

铁杆木虫 (正式写手)

酱油歪楼党
★
gyesang: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-31 23:52:52
你得把载体自身序列去了再做一次blast就好了
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2楼2013-12-31 21:11:57
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+4, 鼓励交流 2014-01-02 08:37:49
克隆片段时可能有多种序列在里面，挑克隆时注意一定要单克隆。菌落PCR验证正确后最好提一下质粒做进一步验证后再送测序。
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3楼2014-01-01 06:09:00
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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by cicelyzh at 2014-01-01 06:09:00
克隆片段时可能有多种序列在里面，挑克隆时注意一定要单克隆。菌落PCR验证正确后最好提一下质粒做进一步验证后再送测序。

吼吼  还挺麻烦的呃
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越努力越幸运
4楼2014-01-01 10:56:54
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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by soarrow at 2013-12-31 21:11:57
你得把载体自身序列去了再做一次blast就好了

好的  我试试
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越努力越幸运
5楼2014-01-01 10:57:38
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