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再见萤火虫89

银虫 (小有名气)

[求助] 反转录的cDNA没问题,但是实时定量PCR却不行。内参扩不出来啊。 已有4人参与

反转录RNA,用得到的cDNA做了实时定量。cDNA的浓度结果都可以,260/280约为1.8,260/230约为2.2~2.38,浓度为1300~1500ng/ul.测浓度时的峰值也正常,只有260nm处有峰。但是,问题是,有的cDNA能正常扩增出内参基因,有的扩不出来。补充一下,内参没问题。这是什么原因啊?怎么解决啊?前辈们,请教。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

[ Last edited by 再见萤火虫89 on 2013-12-26 at 14:46 ]
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再见萤火虫89

银虫 (小有名气)

有没有大牛帮帮忙啊,很急啊。
天助自助者。最喜欢的动画片之一《再见萤火虫》,又名《萤火虫之墓》
2楼2013-12-26 14:47:54
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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再见萤火虫89: 金币+5, 有帮助 2013-12-26 15:43:12
"cDNA的浓度结果都可以,260/280约为1.8~1.9,260/230约为2.2~2.3,浓度为1300~1500ng/ul.测浓度时的峰值也正常,只有260nm处有峰。"
一般是不测定cDNA浓度的,即使你测出值来也是不准确的,没有参考意义
cDNA的好坏取决于你做逆转录时的模板的质量和逆转录的过程,一般我们控制RNA的质量,判定RNA的浓度,纯度和完整度后不同样本取同量RNA做逆转录得到cDNA,然后再去等量cDNA去做realtime

现在你的问题是,有的cDNA能正常扩增出内参基因,有的扩不出来,我觉得可能还是你的扩不出来的那些样品的RNA提取的有问题,你可以check一下RNA,后再做判断
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
3楼2013-12-26 14:50:24
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再见萤火虫89

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by gyesang at 2013-12-26 14:50:24
"cDNA的浓度结果都可以,260/280约为1.8~1.9,260/230约为2.2~2.3,浓度为1300~1500ng/ul.测浓度时的峰值也正常,只有260nm处有峰。"
一般是不测定cDNA浓度的,即使你测出值来也是不准确的,没有参考意义 ...

但是,部分能扩出内参的RNA的质量比扩不出内参的RNA 质量还差啊。评判RNA质量主要是看电泳结果是吧,不是看260/280神马的吧。
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4楼2013-12-26 15:43:00
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-12-26 15:46:25
通常的反转录试剂盒合成第一条cDNA,模板RNA及dNTP未除去,定cDNA浓度是不可行的。如果cDNA连内参都P不出来,说明cDNA的质量不行,很可能是RNA模板就有问题。如果RNA模板浓度和量还可以,可以跑一下电泳鉴定RNA的完整性。
5楼2013-12-26 15:43:52
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

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引用回帖:
4楼: Originally posted by 再见萤火虫89 at 2013-12-26 15:43:00
但是,部分能扩出内参的RNA的质量比扩不出内参的RNA 质量还差啊。评判RNA质量主要是看电泳结果是吧,不是看260/280神马的吧。...

是的
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
6楼2013-12-26 15:47:00
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再见萤火虫89

银虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by gyesang at 2013-12-26 15:47:00
是的...

是不是我反转录有问题了,我再转一次试试吧
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7楼2013-12-26 16:01:43
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

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以什么为内参?目的基因能扩增出来吗?
扩增出来的说不定是基因组DNA污染的样品
8楼2013-12-28 12:24:44
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-12-28 21:00:24
我也碰到过类似情况,又重新反转合成cDNA。建议为了保证实验的可靠性再重新反转一下。
hehe
9楼2013-12-28 16:15:47
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