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PCR跑不出目的片段
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用beacon designer7.9设计了4对引物，分2次送出合成。就是跑不出片段。片段大分别是：571、699、626、652bp。 我换了DEPC水，重新提了RNA，跑了温度梯度，引物梯度，模板梯度，还用他人用的正常的cDNA跑，都不行，没有目得片段，但有引物二聚体。内参-action能跑出来，很亮，测了提取的RNA OD值，各项正常。 我跑的基因mRNA序列2525bp，有3个外显子，CDS区在第三个外显子里，前两个外显子片段很短，共388bp。我设计的引物上游在前两个外显子里，下游在第三个外显子里。另外，我开始在CDS区（第三个外显子里）设计的引物都跑出来了，很好。 引物稀释没问题，我跟内参一起稀释的，并且我有2管，都稀释了，都泡了PCR。 引物各种参数都正常，软件评分都很高。就是有的个别引物的错配有点高，但3和5端没有错配。 [ Last edited by zsdk on 2011-5-19 at 09:31 ] |
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