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zsdk

新虫 (初入文坛)

[求助] PCR跑不出目的片段

用beacon designer7.9设计了4对引物,分2次送出合成。就是跑不出片段。片段大分别是:571、699、626、652bp。 我换了DEPC水,重新提了RNA,跑了温度梯度,引物梯度,模板梯度,还用他人用的正常的cDNA跑,都不行,没有目得片段,但有引物二聚体。内参-action能跑出来,很亮,测了提取的RNA OD值,各项正常。  我跑的基因mRNA序列2525bp,有3个外显子,CDS区在第三个外显子里,前两个外显子片段很短,共388bp。我设计的引物上游在前两个外显子里,下游在第三个外显子里。另外,我开始在CDS区(第三个外显子里)设计的引物都跑出来了,很好。   引物稀释没问题,我跟内参一起稀释的,并且我有2管,都稀释了,都泡了PCR。


引物各种参数都正常,软件评分都很高。就是有的个别引物的错配有点高,但3和5端没有错配。

[ Last edited by zsdk on 2011-5-19 at 09:31 ]
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beautybanana

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

zsdk(金币+4): 谢谢答复 2011-05-19 14:16:58
这种情况大多是引物设计的不够好,甚至是不好。
3楼2011-05-19 13:52:32
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天使托

专家顾问 (职业作家)

T.Shen

【答案】应助回帖

不懂帮顶、、、、
Whenever,Wherever,Anyway!MustRemember:Fight!KeepFighting!NeverGiveUp!
2楼2011-05-19 11:56:45
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xwsooo

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
1949stone(金币+3): 貌似 2011-05-19 18:02:26
我自身体会是引物的特异性比在软件上的评分要重要的多,还是blast下吧,可以减少浪费时间~~~
4楼2011-05-19 14:20:10
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
1949stone(金币+5): 同意 2011-05-19 18:02:38
zsdk(金币+4): 2011-05-21 20:05:02
actin能跑出来,说明cDNA没问题,之前的反转录以及RNA提取也没问题。考虑引物设计的问题吧。

引物设计一般都设计成没有错配的(软件分析结果),你这个是有特殊用处吗?
你PCR是用来做什么的?扩增基因,还是荧光定量PCR或者别的?

[ Last edited by 西瓜 on 2011-5-21 at 22:13 ]
5楼2011-05-19 16:34:38
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