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AIfever

木虫 (正式写手)

[求助] 关于引物设计的问题 已有1人参与

请问为什么针对同一种细胞的同一段基因,不同文献上查到的引物序列差别很大呢?自己又不太会设计引物,求大神指点啊

[ Last edited by AIfever on 2013-12-18 at 17:00 ]
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AIfever

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zijinok at 2013-12-28 11:09:00
一般引物就是由三部分组成: 保护碱基+酶切位点+互补序列。
1、酶切位点是根据自己需要设计的,所以你要看看不同文献用的酶切位点序列是不是不一样。同样,对应的保护碱基也会不一样。
2、互补序列是针对基因序列 ...

我是想做一个基因的逆转录,我看了几篇文献针对同一种细胞的同一个基因(比如bcl-xl)的引物,基本找不到共同序列,我随便用了一个,发现溶解曲线很差

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2013-12-28 23:33:31
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zijinok

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gyesang: 金币+3, 鼓励交流! 2013-12-28 21:12:32
一般引物就是由三部分组成: 保护碱基+酶切位点+互补序列。
1、酶切位点是根据自己需要设计的,所以你要看看不同文献用的酶切位点序列是不是不一样。同样,对应的保护碱基也会不一样。
2、互补序列是针对基因序列设计的,长度一般15-25bp左右,只要是同一段基因,互补序列应该大体是一样的,只是长度有所不同。设计引物的时候,会根据引物和模板的错配情况调整互补序列的长度。所以,不同文献,互补序列的长度也可能会不一样。
2楼2013-12-28 11:09:00
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