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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 关于引物设计的问题
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AIfever

木虫 (正式写手)

[求助] 关于引物设计的问题已有1人参与

请问为什么针对同一种细胞的同一段基因，不同文献上查到的引物序列差别很大呢？自己又不太会设计引物，求大神指点啊

[ Last edited by AIfever on 2013-12-18 at 17:00 ]
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1楼2013-12-17 22:17:09
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zijinok

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gyesang: 金币+3, 鼓励交流！ 2013-12-28 21:12:32
一般引物就是由三部分组成： 保护碱基+酶切位点+互补序列。
1、酶切位点是根据自己需要设计的，所以你要看看不同文献用的酶切位点序列是不是不一样。同样，对应的保护碱基也会不一样。
2、互补序列是针对基因序列设计的，长度一般15-25bp左右，只要是同一段基因，互补序列应该大体是一样的，只是长度有所不同。设计引物的时候，会根据引物和模板的错配情况调整互补序列的长度。所以，不同文献，互补序列的长度也可能会不一样。
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2楼2013-12-28 11:09:00
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AIfever

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zijinok at 2013-12-28 11:09:00
一般引物就是由三部分组成： 保护碱基+酶切位点+互补序列。
1、酶切位点是根据自己需要设计的，所以你要看看不同文献用的酶切位点序列是不是不一样。同样，对应的保护碱基也会不一样。
2、互补序列是针对基因序列 ...

我是想做一个基因的逆转录，我看了几篇文献针对同一种细胞的同一个基因（比如bcl-xl)的引物，基本找不到共同序列，我随便用了一个，发现溶解曲线很差

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2013-12-28 23:33:31
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