应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于引物设计的问题
121/2返回列表12下一页
查看: 2622  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

08406224

新虫 (小有名气)

[交流] 关于引物设计的问题 已有4人参与

我在网上搜了下，都是讲软件的使用和引物设计的原则的，现在我有些基本的问题搞不清楚，想请教下大家。如果知道想扩增的序列，还需要找到这段学列两边的序列才能设计出引物吗？如果设计未知序列的引物又该怎么办？我的目的是要设计一个基因的通用引物，具体做法是把这个基因的所有序列都下载下来，然后做比对，拿保守区域直接作为引物来用吗？本人刚开始做的菜鸟，希望亲们能详细一些，不胜感激！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-11-11 18:39:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

liu2883508

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-11-14 23:15:12
楼主如果是用未知序列没法设计引物的，如果你做的材料不知道序列，可以用它的近缘的物种，如单子叶参考水稻，双子叶参考拟南芥，或者参考模式植物的序列，如水稻，拟南芥，玉米，烟草等，不知道你的通用引物的目的是什么，如果只是扩增全长，就不在保守区域，如果是做表达，那就应该也不在保守区域~应该是该基因区别于其他所有基因的特异序列部分~
赞一下(1人) 回复此楼
人生就是要不断的前进，忘掉不好的，记住好的向前行
3楼2013-11-12 11:14:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

simian1992

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
应该就是用保守区的基因序列来设计引物吧。
赞一下 回复此楼
2楼2013-11-12 09:48:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

08406224

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liu2883508 at 2013-11-12 11:14:05
楼主如果是用未知序列没法设计引物的，如果你做的材料不知道序列，可以用它的近缘的物种，如单子叶参考水稻，双子叶参考拟南芥，或者参考模式植物的序列，如水稻，拟南芥，玉米，烟草等，不知道你的通用引物的目的是 ...

是想把不同物种的同一基因一次扩增出来，用来做条形码的
赞一下 回复此楼
4楼2013-11-12 14:43:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

08406224

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by simian1992 at 2013-11-12 09:48:22
应该就是用保守区的基因序列来设计引物吧。

能详细一些么，3个问题都不清楚
赞一下 回复此楼
5楼2013-11-12 14:45:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuren2009

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-11-14 23:15:26
有时候要看你的保守区多长。你从基因库下载序列也要看物种那些部分的，比如说线粒体基因等。拿保守区直接做引物，这个不太现实吧。
赞一下 回复此楼
学习使你立于不败之地
6楼2013-11-12 16:24:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

08406224

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yuren2009 at 2013-11-12 16:24:42
有时候要看你的保守区多长。你从基因库下载序列也要看物种那些部分的，比如说线粒体基因等。拿保守区直接做引物，这个不太现实吧。

把保守区序列输到软件里，让软件挑一截作为引物？
赞一下 回复此楼
7楼2013-11-13 13:59:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuren2009

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-11-14 23:15:32
引用回帖:
7楼: Originally posted by 08406224 at 2013-11-13 13:59:22
把保守区序列输到软件里，让软件挑一截作为引物？...

没有试过直接拿序列的一段做引物，按理说可以，既然你能找到保守序列，为什么不用软件设计引物？况且软件给出的引物可以给出评价，减少试验的盲目性。
赞一下 回复此楼
学习使你立于不败之地
8楼2013-11-13 15:09:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

08406224

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by yuren2009 at 2013-11-13 15:09:19
没有试过直接拿序列的一段做引物，按理说可以，既然你能找到保守序列，为什么不用软件设计引物？况且软件给出的引物可以给出评价，减少试验的盲目性。...

序列是要用来做条形码的，需要两侧为保守区，中间为变异较大的序列，引物需要在两侧的保守区，用来扩增中间的变异较大的序列
赞一下 回复此楼
9楼2013-11-14 15:35:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liu2883508

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-11-14 23:16:25
引用回帖:
4楼: Originally posted by 08406224 at 2013-11-12 14:43:15
是想把不同物种的同一基因一次扩增出来，用来做条形码的...

楼主要做哪些物种的，如果是是同一个基因，你可以先在NCBI网站下载到所有序列，然后用http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/这个在线软件分析保守区域，然后在保守区域设计引物就行
赞一下 回复此楼
人生就是要不断的前进，忘掉不好的，记住好的向前行
10楼2013-11-14 15:35:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 08406224 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-15 10:38 by VMDqgnlKimtZ
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 09:38 by VMDqgnlKimtZ
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:26 by C79jjtjAKjEn
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:14 by C79jjtjAKjEn
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 07:58 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-15 07:46 by C79jjtjAKjEn
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:38 by 5BDX0d0WFp7t
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:38 by 5BDX0d0WFp7t
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 3/150 2026-09-15 05:26 by 5BDX0d0WFp7t
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 8/400 2026-09-15 05:01 by mibUvS8DDCwf
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-15 05:00 by mibUvS8DDCwf
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 01:21 by mibUvS8DDCwf
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-14 23:24 by vZfe6xYu34yj
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:45 by vZfe6xYu34yj
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 6/300 2026-09-14 22:37 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:25 by vZfe6xYu34yj
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-14 17:48 by Aj1rhIDL5ixY
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:13 by Aj1rhIDL5ixY
[基金申请] 求教各位大神：2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀？ +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[教师之家] 浙江师范大学是怎么坑我的 +10 recruit123 2026-09-09 15/750 2026-09-13 10:45 by seaskyy
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭