应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于引物设计的问题
121/2返回列表12下一页
查看: 2040  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

08406224

新虫 (小有名气)

[交流] 关于引物设计的问题 已有4人参与

我在网上搜了下，都是讲软件的使用和引物设计的原则的，现在我有些基本的问题搞不清楚，想请教下大家。如果知道想扩增的序列，还需要找到这段学列两边的序列才能设计出引物吗？如果设计未知序列的引物又该怎么办？我的目的是要设计一个基因的通用引物，具体做法是把这个基因的所有序列都下载下来，然后做比对，拿保守区域直接作为引物来用吗？本人刚开始做的菜鸟，希望亲们能详细一些，不胜感激！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-11-11 18:39:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

liu2883508

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-11-14 23:15:12
楼主如果是用未知序列没法设计引物的，如果你做的材料不知道序列，可以用它的近缘的物种，如单子叶参考水稻，双子叶参考拟南芥，或者参考模式植物的序列，如水稻，拟南芥，玉米，烟草等，不知道你的通用引物的目的是什么，如果只是扩增全长，就不在保守区域，如果是做表达，那就应该也不在保守区域~应该是该基因区别于其他所有基因的特异序列部分~
赞一下(1人) 回复此楼
人生就是要不断的前进，忘掉不好的，记住好的向前行
3楼2013-11-12 11:14:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

simian1992

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
应该就是用保守区的基因序列来设计引物吧。
赞一下 回复此楼
2楼2013-11-12 09:48:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

08406224

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liu2883508 at 2013-11-12 11:14:05
楼主如果是用未知序列没法设计引物的，如果你做的材料不知道序列，可以用它的近缘的物种，如单子叶参考水稻，双子叶参考拟南芥，或者参考模式植物的序列，如水稻，拟南芥，玉米，烟草等，不知道你的通用引物的目的是 ...

是想把不同物种的同一基因一次扩增出来，用来做条形码的
赞一下 回复此楼
4楼2013-11-12 14:43:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

08406224

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by simian1992 at 2013-11-12 09:48:22
应该就是用保守区的基因序列来设计引物吧。

能详细一些么，3个问题都不清楚
赞一下 回复此楼
5楼2013-11-12 14:45:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuren2009

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-11-14 23:15:26
有时候要看你的保守区多长。你从基因库下载序列也要看物种那些部分的，比如说线粒体基因等。拿保守区直接做引物，这个不太现实吧。
赞一下 回复此楼
学习使你立于不败之地
6楼2013-11-12 16:24:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

08406224

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yuren2009 at 2013-11-12 16:24:42
有时候要看你的保守区多长。你从基因库下载序列也要看物种那些部分的，比如说线粒体基因等。拿保守区直接做引物，这个不太现实吧。

把保守区序列输到软件里，让软件挑一截作为引物？
赞一下 回复此楼
7楼2013-11-13 13:59:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuren2009

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-11-14 23:15:32
引用回帖:
7楼: Originally posted by 08406224 at 2013-11-13 13:59:22
把保守区序列输到软件里，让软件挑一截作为引物？...

没有试过直接拿序列的一段做引物，按理说可以，既然你能找到保守序列，为什么不用软件设计引物？况且软件给出的引物可以给出评价，减少试验的盲目性。
赞一下 回复此楼
学习使你立于不败之地
8楼2013-11-13 15:09:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

08406224

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by yuren2009 at 2013-11-13 15:09:19
没有试过直接拿序列的一段做引物，按理说可以，既然你能找到保守序列，为什么不用软件设计引物？况且软件给出的引物可以给出评价，减少试验的盲目性。...

序列是要用来做条形码的，需要两侧为保守区，中间为变异较大的序列，引物需要在两侧的保守区，用来扩增中间的变异较大的序列
赞一下 回复此楼
9楼2013-11-14 15:35:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liu2883508

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-11-14 23:16:25
引用回帖:
4楼: Originally posted by 08406224 at 2013-11-12 14:43:15
是想把不同物种的同一基因一次扩增出来，用来做条形码的...

楼主要做哪些物种的，如果是是同一个基因，你可以先在NCBI网站下载到所有序列，然后用http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/这个在线软件分析保守区域，然后在保守区域设计引物就行
赞一下 回复此楼
人生就是要不断的前进，忘掉不好的，记住好的向前行
10楼2013-11-14 15:35:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 08406224 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿苏州大学材料工程（085601）专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +5 大火山小火山 2026-03-16 7/350 2026-03-17 10:26 by peike
[考研] 本人考085602 化学工程 专硕 +15 不知道叫什么！ 2026-03-15 17/850 2026-03-17 10:13 by Sammy2
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
[考研] 283求调剂 +3 听风就是雨； 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:41 by 热情沙漠
[考研] 341求调剂 +5 捣蛋猪猪 2026-03-11 5/250 2026-03-17 06:56 by Muziwl
[考研] 286求调剂 +3 lemonzzn 2026-03-16 5/250 2026-03-16 20:43 by lemonzzn
[考研] 328求调剂，英语六级551，有科研经历 +3 生物工程调剂 2026-03-16 4/200 2026-03-16 20:13 by Wangjingyue
[考研] 321求调剂 +5 大米饭！ 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:33 by houyaoxu
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
[考研] 085600材料与化工 求调剂 +13 enenenhui 2026-03-13 14/700 2026-03-16 15:19 by 了了了了。。
[考研] 344求调剂 +3 knight344 2026-03-16 3/150 2026-03-16 09:42 by 无际的草原
[考研] 材料080500调剂求收留 +3 一颗meteor 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:54 by peike
[考研] 266求调剂 +4 学员97LZgn 2026-03-13 4/200 2026-03-14 08:37 by zhukairuo
[考研] 332求调剂 +3 zjy101327 2026-03-11 6/300 2026-03-13 22:48 by JourneyLucky
[考研] 工科，求调剂 +3 我887 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:39 by JourneyLucky
[考研] 考研调剂 +4 芬达46 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:04 by ruiyingmiao
[论文投稿] 投稿问题 5+4 星光灿烂xt 2026-03-12 6/300 2026-03-13 14:17 by god_tian
[考研] 0856化工原理 +6 z2839474511 2026-03-10 6/300 2026-03-13 10:41 by houyaoxu
[考研] 420求调剂 +4 莫向外求11 2026-03-10 6/300 2026-03-12 14:41 by ruiyingmiao
[考博] 26申博求助 +3 跳跃饼干 2026-03-10 4/200 2026-03-10 21:15 by Tntcnn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭