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08406224

新虫 (小有名气)

[交流] 关于引物设计的问题 已有4人参与

我在网上搜了下,都是讲软件的使用和引物设计的原则的,现在我有些基本的问题搞不清楚,想请教下大家。如果知道想扩增的序列,还需要找到这段学列两边的序列才能设计出引物吗?如果设计未知序列的引物又该怎么办?我的目的是要设计一个基因的通用引物,具体做法是把这个基因的所有序列都下载下来,然后做比对,拿保守区域直接作为引物来用吗?本人刚开始做的菜鸟,希望亲们能详细一些,不胜感激!
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liu2883508

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-11-14 23:15:12
楼主如果是用未知序列没法设计引物的,如果你做的材料不知道序列,可以用它的近缘的物种,如单子叶参考水稻,双子叶参考拟南芥,或者参考模式植物的序列,如水稻,拟南芥,玉米,烟草等,不知道你的通用引物的目的是什么,如果只是扩增全长,就不在保守区域,如果是做表达,那就应该也不在保守区域~应该是该基因区别于其他所有基因的特异序列部分~
人生就是要不断的前进,忘掉不好的,记住好的向前行
3楼2013-11-12 11:14:05
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普通回帖

simian1992

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
应该就是用保守区的基因序列来设计引物吧。
2楼2013-11-12 09:48:22
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08406224

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by liu2883508 at 2013-11-12 11:14:05
楼主如果是用未知序列没法设计引物的,如果你做的材料不知道序列,可以用它的近缘的物种,如单子叶参考水稻,双子叶参考拟南芥,或者参考模式植物的序列,如水稻,拟南芥,玉米,烟草等,不知道你的通用引物的目的是 ...

是想把不同物种的同一基因一次扩增出来,用来做条形码的
4楼2013-11-12 14:43:15
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08406224

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by simian1992 at 2013-11-12 09:48:22
应该就是用保守区的基因序列来设计引物吧。

能详细一些么,3个问题都不清楚
5楼2013-11-12 14:45:23
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yuren2009

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-11-14 23:15:26
有时候要看你的保守区多长。你从基因库下载序列也要看物种那些部分的,比如说线粒体基因等。拿保守区直接做引物,这个不太现实吧。
学习使你立于不败之地
6楼2013-11-12 16:24:42
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08406224

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by yuren2009 at 2013-11-12 16:24:42
有时候要看你的保守区多长。你从基因库下载序列也要看物种那些部分的,比如说线粒体基因等。拿保守区直接做引物,这个不太现实吧。

把保守区序列输到软件里,让软件挑一截作为引物?
7楼2013-11-13 13:59:22
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yuren2009

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-11-14 23:15:32
引用回帖:
7楼: Originally posted by 08406224 at 2013-11-13 13:59:22
把保守区序列输到软件里,让软件挑一截作为引物?...

没有试过直接拿序列的一段做引物,按理说可以,既然你能找到保守序列,为什么不用软件设计引物?况且软件给出的引物可以给出评价,减少试验的盲目性。
学习使你立于不败之地
8楼2013-11-13 15:09:19
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08406224

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by yuren2009 at 2013-11-13 15:09:19
没有试过直接拿序列的一段做引物,按理说可以,既然你能找到保守序列,为什么不用软件设计引物?况且软件给出的引物可以给出评价,减少试验的盲目性。...

序列是要用来做条形码的,需要两侧为保守区,中间为变异较大的序列,引物需要在两侧的保守区,用来扩增中间的变异较大的序列
9楼2013-11-14 15:35:01
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liu2883508

新虫 (初入文坛)

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gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-11-14 23:16:25
引用回帖:
4楼: Originally posted by 08406224 at 2013-11-12 14:43:15
是想把不同物种的同一基因一次扩增出来,用来做条形码的...

楼主要做哪些物种的,如果是是同一个基因,你可以先在NCBI网站下载到所有序列,然后用http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/这个在线软件分析保守区域,然后在保守区域设计引物就行
人生就是要不断的前进,忘掉不好的,记住好的向前行
10楼2013-11-14 15:35:37
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