24小时热门版块排行榜    

查看: 2513  |  回复: 11

08406224

新虫 (小有名气)

[交流] 关于引物设计的问题 已有4人参与

我在网上搜了下,都是讲软件的使用和引物设计的原则的,现在我有些基本的问题搞不清楚,想请教下大家。如果知道想扩增的序列,还需要找到这段学列两边的序列才能设计出引物吗?如果设计未知序列的引物又该怎么办?我的目的是要设计一个基因的通用引物,具体做法是把这个基因的所有序列都下载下来,然后做比对,拿保守区域直接作为引物来用吗?本人刚开始做的菜鸟,希望亲们能详细一些,不胜感激!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

liu2883508

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-11-14 23:15:12
楼主如果是用未知序列没法设计引物的,如果你做的材料不知道序列,可以用它的近缘的物种,如单子叶参考水稻,双子叶参考拟南芥,或者参考模式植物的序列,如水稻,拟南芥,玉米,烟草等,不知道你的通用引物的目的是什么,如果只是扩增全长,就不在保守区域,如果是做表达,那就应该也不在保守区域~应该是该基因区别于其他所有基因的特异序列部分~
人生就是要不断的前进,忘掉不好的,记住好的向前行
3楼2013-11-12 11:14:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

simian1992

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
应该就是用保守区的基因序列来设计引物吧。
2楼2013-11-12 09:48:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

08406224

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by liu2883508 at 2013-11-12 11:14:05
楼主如果是用未知序列没法设计引物的,如果你做的材料不知道序列,可以用它的近缘的物种,如单子叶参考水稻,双子叶参考拟南芥,或者参考模式植物的序列,如水稻,拟南芥,玉米,烟草等,不知道你的通用引物的目的是 ...

是想把不同物种的同一基因一次扩增出来,用来做条形码的
4楼2013-11-12 14:43:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

08406224

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by simian1992 at 2013-11-12 09:48:22
应该就是用保守区的基因序列来设计引物吧。

能详细一些么,3个问题都不清楚
5楼2013-11-12 14:45:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuren2009

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-11-14 23:15:26
有时候要看你的保守区多长。你从基因库下载序列也要看物种那些部分的,比如说线粒体基因等。拿保守区直接做引物,这个不太现实吧。
学习使你立于不败之地
6楼2013-11-12 16:24:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

08406224

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by yuren2009 at 2013-11-12 16:24:42
有时候要看你的保守区多长。你从基因库下载序列也要看物种那些部分的,比如说线粒体基因等。拿保守区直接做引物,这个不太现实吧。

把保守区序列输到软件里,让软件挑一截作为引物?
7楼2013-11-13 13:59:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuren2009

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-11-14 23:15:32
引用回帖:
7楼: Originally posted by 08406224 at 2013-11-13 13:59:22
把保守区序列输到软件里,让软件挑一截作为引物?...

没有试过直接拿序列的一段做引物,按理说可以,既然你能找到保守序列,为什么不用软件设计引物?况且软件给出的引物可以给出评价,减少试验的盲目性。
学习使你立于不败之地
8楼2013-11-13 15:09:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

08406224

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by yuren2009 at 2013-11-13 15:09:19
没有试过直接拿序列的一段做引物,按理说可以,既然你能找到保守序列,为什么不用软件设计引物?况且软件给出的引物可以给出评价,减少试验的盲目性。...

序列是要用来做条形码的,需要两侧为保守区,中间为变异较大的序列,引物需要在两侧的保守区,用来扩增中间的变异较大的序列
9楼2013-11-14 15:35:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liu2883508

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-11-14 23:16:25
引用回帖:
4楼: Originally posted by 08406224 at 2013-11-12 14:43:15
是想把不同物种的同一基因一次扩增出来,用来做条形码的...

楼主要做哪些物种的,如果是是同一个基因,你可以先在NCBI网站下载到所有序列,然后用http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/这个在线软件分析保守区域,然后在保守区域设计引物就行
人生就是要不断的前进,忘掉不好的,记住好的向前行
10楼2013-11-14 15:35:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 08406224 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +4 Tide man 2026-08-10 4/200 2026-08-11 07:45 by emeraldine
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +10 yufeiwaner 2026-08-09 11/550 2026-08-10 18:47 by yufeiwaner
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 静等基金结果 +5 gjjjzhong 2026-08-10 16/800 2026-08-10 17:19 by Tide man
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +14 Lanmanbaby 2026-08-09 22/1100 2026-08-10 14:57 by wwncly
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +4 布布和一二 2026-08-10 4/200 2026-08-10 14:50 by 医学老男孩
[基金申请] 8月时间戳变的,举个手。玩一下,释放压力 +11 archvillain 2026-08-04 13/650 2026-08-10 14:41 by seekfind
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 大家散了吧,后缀研究没有意义,别浪费时间了,过好目前的每一天,不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 好消息?这个有何含义??? +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[基金申请] 有没有H口的?有收到消息的吗? +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
信息提示
请填处理意见