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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于引物设计的问题
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08406224

新虫 (小有名气)

[交流] 关于引物设计的问题 已有4人参与

我在网上搜了下，都是讲软件的使用和引物设计的原则的，现在我有些基本的问题搞不清楚，想请教下大家。如果知道想扩增的序列，还需要找到这段学列两边的序列才能设计出引物吗？如果设计未知序列的引物又该怎么办？我的目的是要设计一个基因的通用引物，具体做法是把这个基因的所有序列都下载下来，然后做比对，拿保守区域直接作为引物来用吗？本人刚开始做的菜鸟，希望亲们能详细一些，不胜感激！
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1楼 2013-11-11 18:39:05
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08406224

新虫 (小有名气)
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3楼: Originally posted by liu2883508 at 2013-11-12 11:14:05
楼主如果是用未知序列没法设计引物的，如果你做的材料不知道序列，可以用它的近缘的物种，如单子叶参考水稻，双子叶参考拟南芥，或者参考模式植物的序列，如水稻，拟南芥，玉米，烟草等，不知道你的通用引物的目的是 ...

是想把不同物种的同一基因一次扩增出来，用来做条形码的
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4楼2013-11-12 14:43:15
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08406224

新虫 (小有名气)
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2楼: Originally posted by simian1992 at 2013-11-12 09:48:22
应该就是用保守区的基因序列来设计引物吧。

能详细一些么，3个问题都不清楚
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5楼2013-11-12 14:45:23
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08406224

新虫 (小有名气)
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6楼: Originally posted by yuren2009 at 2013-11-12 16:24:42
有时候要看你的保守区多长。你从基因库下载序列也要看物种那些部分的，比如说线粒体基因等。拿保守区直接做引物，这个不太现实吧。

把保守区序列输到软件里，让软件挑一截作为引物？
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7楼2013-11-13 13:59:22
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08406224

新虫 (小有名气)
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8楼: Originally posted by yuren2009 at 2013-11-13 15:09:19
没有试过直接拿序列的一段做引物，按理说可以，既然你能找到保守序列，为什么不用软件设计引物？况且软件给出的引物可以给出评价，减少试验的盲目性。...

序列是要用来做条形码的，需要两侧为保守区，中间为变异较大的序列，引物需要在两侧的保守区，用来扩增中间的变异较大的序列
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9楼2013-11-14 15:35:01
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08406224

新虫 (小有名气)
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10楼: Originally posted by liu2883508 at 2013-11-14 15:35:37
楼主要做哪些物种的，如果是是同一个基因，你可以先在NCBI网站下载到所有序列，然后用http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/这个在线软件分析保守区域，然后在保守区域设计引物就行...

应该就是这样了，谢谢！
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12楼2013-11-14 19:05:24
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