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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » PCR引物问题
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yuren2009

木虫 (正式写手)

[交流] PCR引物问题

根据保守序列设计了一对引物,上下游GC含量都是28.6%，tm均为值50.2，长度均为21.请问这样GC含量低的引物适不适合来做PCR?
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1楼 2013-11-10 10:46:26
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三蛰

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
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yuren2009: 金币+2 2013-11-10 21:15:52
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-11-10 23:01:07
GC值太低，导致tm值也较低，对目的dna的解链会有影响。
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2楼2013-11-10 18:40:26
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Lovebirdshs

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
yuren2009: 金币+2 2013-11-10 21:15:58
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-11-10 23:01:14
PCR这种实验有时候很靠感觉的，PRIMER评分很高的引物扩增效果不一定理想，而有些引物分数比较低但扩增的却很好，这相信大家都经历过的，具体还是个最好试一下，反正合引物又用不了几个钱
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4楼2013-11-10 19:57:38
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joan198108

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
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yuren2009: 金币+2 2013-11-11 09:47:50
我经常自己用眼睛瞅，看出后再用软件检测一下。引物各项指标好的不一定能扩增成功，以实际效果为准
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5楼2013-11-11 09:14:45
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笨熊zhou

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
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yuren2009: 金币+2 2013-11-11 16:32:13
一般不能但看GC含量，而要由引物的Tm值来综合判断，一般Tm值在2C以内。而Tm值主要由两个因素控制：GC含量和碱基数目。只要GC含量在40－60%都是可以接受的。12%只要Tm值不超过2C，应该是可以的。但是，您为何要选择相差这么大的引物？可以考虑其它引物啊？除非您要特定区域的，比如要包含起始密码子？
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6楼2013-11-11 14:59:35
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yuren2009

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 笨熊zhou at 2013-11-11 14:59:35
一般不能但看GC含量，而要由引物的Tm值来综合判断，一般Tm值在2C以内。而Tm值主要由两个因素控制：GC含量和碱基数目。只要GC含量在40－60%都是可以接受的。12%只要Tm值不超过2C，应该是可以的。但是，您为何要 ...

真菌保守序列ITS区，序列已知。
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7楼2013-11-11 16:31:56
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风雨飘然3楼
2013-11-10 19:00   回复  
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