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onizukacus

金虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1588
帖子: 14
在线: 13.1小时
虫号: 958666
注册: 2010-03-01
性别: GG
专业: 药物分析

[求助] 测序结果的问题

我做了一批PCR的样品进行测序，用的引物是ITS1Pl （TCCGTAGGTGAACCTGCGGA）ITS1P2（GCTGCGTTCTTCATCGATGC），ITS2P1（GCATCGATGAAGAACGCAGC），ITS2P2（TCCTCCGCTTATTGATATGC），等测序结果出来后，测序方返回给我的是拼接结果，可我怎么都不能在结果中找到我的引物序列，然后我电话咨询后说的是拼接结果无引物序列，求助各位高手啊，那我怎么在一段拼接序列中分辨出哪一段是ITS1Pl和ITS1P2，哪一段是ITS2P1和ITS2P2还有5末端的基因序列啊

求助啊啊啊

这是我的一个拼接结果
TGGTAAGTAAAAATCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAGACCGAAAATATCGAGCGAT
TCGGAGAACCCGTGAATAAGTGGCGGCGGTTGCTGCCGCAGAACAGCCATCCCAGTCGCCGCCTCGTCTCCTTCAGGGGG
GGCGGGGGCACGATGAAGGATGGATGAAAACTCAAACCGGCGCAGCTCCGCGCCAAGGGTATGTAGAGACGCGAGCCCTG
CAACGGGTTCAGTGGCGTGGAGTGCTGTCGCACACCATGTGGATTATAACACGACTCTCGGCAATGGATATCTCGGCTCT
CGCATCGATGAAGAGCGCAGCGAAATGCGATACGTGGTGCGAATTGCAGAATCCCGCGAACCATCGAGTCTTTGAACGCA
AGTTGCGCCCGAGGCCAACCGGCCAAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCAAGCGTTGCGTCGCTCCGTGCCGACTCCGTCCC
ACAAACGCGTGCGCCGGCGTCGGCTCGGACGTGAAGAGTGGCTCGTCGTGCCCATCGGTGCGGCGGGCTCAAGAGCGGGT
TATCGTCTCGTCGGCCGGCAACAACAAGGGGTGGATGAAAGCTGTGAGCAGAAAGCCTGCGTTGTTTCTTGCTCGGCCCG
AGGAAAGATTACATATTTCAAGGTGATCCCAGCCCATGCGCCGATCCACAGGCGGCGGCTTGGAATGCGACCCCAGGATG
GGCGAGGCCACCCGCCGAGTTTAAGCATATCAATA

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1楼2013-11-05 09:25:58

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ccp2012

新虫 (初入文坛)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 12
帖子: 2
在线: 28分钟
虫号: 2729588
注册: 2013-10-16

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+10, 鼓励交流！ 2013-11-07 15:54:01
gyesang: 回帖置顶 2013-11-07 15:54:12

PCR测序拼接结果里面是没有引物序列的，用PCR引物作为测序引物进行测序时，所测序列是从引物3’末端后第一个碱基开始的，所以自然就找不到您的引物序列了。有两种方法可以得到您的引物序列。对于较短PC产物（<800bp），可以用另一端的引物进行测序，从另一端测序可以一直测到序列的末端，就可以在序列的末端得到您的引物的反向互补序列。对于较长的序列，一个测序反应测不到头，因此就只能将您的PCR产物片段克隆到适当的载体中，用载体上的通用引物进行测序。由于载体上的通用引物与您的插入序列之间还有一段距离，因此就可以得到您的完整的引物序列。由于在测序的起始端总会有一些碱基无法准确读出，因此您如果想得到您PCR产物的完整序列，最好克隆后进行测序。