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onizukacus

金虫 (初入文坛)

[求助] 测序结果的问题

我做了一批PCR的样品进行测序,用的引物是ITS1Pl        (TCCGTAGGTGAACCTGCGGA)ITS1P2(GCTGCGTTCTTCATCGATGC),ITS2P1(GCATCGATGAAGAACGCAGC),ITS2P2(TCCTCCGCTTATTGATATGC),等测序结果出来后,测序方返回给我的是拼接结果,可我怎么都不能在结果中找到我的引物序列,然后我电话咨询后说的是拼接结果无引物序列,求助各位高手啊,那我怎么在一段拼接序列中分辨出哪一段是ITS1Pl和ITS1P2,哪一段是ITS2P1和ITS2P2还有5末端的基因序列啊



求助啊啊啊


这是我的一个拼接结果
TGGTAAGTAAAAATCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAGACCGAAAATATCGAGCGAT
TCGGAGAACCCGTGAATAAGTGGCGGCGGTTGCTGCCGCAGAACAGCCATCCCAGTCGCCGCCTCGTCTCCTTCAGGGGG
GGCGGGGGCACGATGAAGGATGGATGAAAACTCAAACCGGCGCAGCTCCGCGCCAAGGGTATGTAGAGACGCGAGCCCTG
CAACGGGTTCAGTGGCGTGGAGTGCTGTCGCACACCATGTGGATTATAACACGACTCTCGGCAATGGATATCTCGGCTCT
CGCATCGATGAAGAGCGCAGCGAAATGCGATACGTGGTGCGAATTGCAGAATCCCGCGAACCATCGAGTCTTTGAACGCA
AGTTGCGCCCGAGGCCAACCGGCCAAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCAAGCGTTGCGTCGCTCCGTGCCGACTCCGTCCC
ACAAACGCGTGCGCCGGCGTCGGCTCGGACGTGAAGAGTGGCTCGTCGTGCCCATCGGTGCGGCGGGCTCAAGAGCGGGT
TATCGTCTCGTCGGCCGGCAACAACAAGGGGTGGATGAAAGCTGTGAGCAGAAAGCCTGCGTTGTTTCTTGCTCGGCCCG
AGGAAAGATTACATATTTCAAGGTGATCCCAGCCCATGCGCCGATCCACAGGCGGCGGCTTGGAATGCGACCCCAGGATG
GGCGAGGCCACCCGCCGAGTTTAAGCATATCAATA
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沙门小rna

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
直接把你pcr的序列和测序回来的结果放到blast 里面。两两比对。3秒钟解决测序比对~
应助之星就是我~没错。你没有看错~
3楼2013-11-05 12:29:07
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