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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 測序結果不理想 求教版主
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sirius8981

木虫 (正式写手)

[求助] 測序結果不理想 求教版主

我這個是COI基因，1460bp

先pcr，得到1460條帶

再用原先二個引物，加中間一個引物，sequence

因為學校只能測1000bp以內

每個結果大概700bp左右，隨後三個拼合。

我的問題是，每個結果的開頭70-80bp部分都會有干擾，有時很嚴重，NNNN，得不到序列。其他部分都很好。

我再測一次，還是同樣的結果，求助



[ Last edited by sirius8981 on 2011-7-9 at 19:38 ]
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1楼 2011-07-09 19:37:00
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天使托

专家顾问 (职业作家)

T.Shen

【答案】应助回帖

★ ★
1949stone(金币+2): 鼓励 2011-07-10 16:16:51
这个应该属于套峰情况，是你的东西不纯。。。
不知道你P出来之后有木有进行纯化呢？
另外楼主是在国外或者台湾吗？肿么都是繁体字？
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Whenever,Wherever,Anyway!MustRemember:Fight!KeepFighting!NeverGiveUp!
2楼2011-07-09 20:03:17
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶
★ ★ ★ ★
1949stone(金币+1): 鼓励 2011-07-10 16:17:02
西瓜(金币+3): 正解 2011-07-10 21:39:00
开始测定的几十个碱基是难测准的，信号差。
赞一下(2人) 回复此楼
流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
3楼2011-07-10 05:02:12
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空谷幽风

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
西瓜(金币+3): Good！ 2011-07-10 21:39:14
sirius8981(金币+8): 2011-07-16 09:49:53
3楼得解释是正确的，每个测序反应的前80bp结果都是不准确的，建议你在载体上找一条引物来测前面这80bp
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a?,c??ae~?a,EURc§?c?μé-,cs,,a‘?é?“i1/4?i1/4?i1/4?i1/4?
4楼2011-07-10 20:01:02
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啮风

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
dhd997(金币+2): 鼓励一下 2011-07-11 07:45:38
sirius8981(金币+10): 2011-07-16 09:49:46
sirius8981(金币+10): 2011-07-16 09:51:07
引用回帖:
Originally posted by sirius8981 at 2011-07-09 19:37:00:
我這個是COI基因，1460bp

先pcr，得到1460條帶

再用原先二個引物，加中間一個引物，sequence

因為學校只能測1000bp以內

每個結果大概700bp左右，隨後三個拼合。

我的問題是，每個結果的開頭70-80b ...

楼主,用测序试剂盒自己测序确实很多时候出现这种苦恼,我建议你将你的目的条带连接到质粒上,用质粒的引物来扩增,目前使用的ABI测序仪,实际上是很难避免开始100BP内碱基的准确,或者可以说,即使你,得到的测序图谱,开始测序峰很单一,信号很强,结果也是不建议采用前50BP的.
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5楼2011-07-10 22:16:17
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

sirius8981(金币+10): 2011-07-16 09:49:33
引用回帖:
Originally posted by sirius8981 at 2011-07-09 19:37:00:
我這個是COI基因，1460bp

先pcr，得到1460條帶

再用原先二個引物，加中間一個引物，sequence

因為學校只能測1000bp以內

每個結果大概700bp左右，隨後三個拼合。

我的問題是，每個結果的開頭70-80b ...

是测序的问题，跟你的样品关系不大，出现NNNN这种情况的主要原因是出现了一个蓝色峰的异常，这个没有关系，你根据实际的测序峰一下修改就可以了。结果还是可以用的。
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6楼2011-07-12 08:53:17
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sirius8981

木虫 (正式写手)
?x?x??λ?????????70-90?@?β????????????????????x?x??
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7楼2011-07-16 09:48:54
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healerly

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
8楼2011-07-16 10:12:56
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