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lhm_hnyj

金虫 (小有名气)

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[交流] 【求助/交流】测序结果整不明白已有7人参与

分子生物学新手有问题请教哈。
真菌ITS通用引物PCR产物送公司克隆测序，载体为Takara的PMD-18T，序列之一TTCGAaTTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGATTACCGGTGGTAGCCCTGAACCCGGCTACACTGCTCCCACTGCCTGAGGAAGGGCTGCAACACAACTGCCTTGATATCCTGGCCGAAGCCCACGGAACCCGACCCGACCTAGCGGACCAGCCGCTCCCAGACGCCGACCACACCTGGTACACGGATGGAAGCAGTCTCTTGCAAGAGGGACAGCGTAAGGCGGGAGCTGCGGTGACCACCGAGACCGAGGTAATCTGGGCTAAAGCCCTGCCAGCCGGGACATCCGCTCAGCGGGCTGAACTGATAGCACTCACCCAGGCCCTAAGGATGGCAGAAGGTAAGAAGCTAAATGTTTATACTGATAGCCGTTATGCTTTTGCTACTGCCCATATCCATGGAGAAATATACAGAAGGCGTGGGTTGCTCACATCAGAAGGCAAAGAGATCAAAAATAAGGACGAGATCTTGGCCCTACTAAAAGCCCTCTTTCTGCCCAAAAGACTTAGCATAATCCATTGTCCAGGACATCAAAAGGGACACAGCGCCGAGGCTAGAGGCAACCGGATGGCTGACCAAGCGGCCCGAAAGGCAGCCATCACAGAGAATCCAGACACCTCTACCCTCCTCATAGAAAATTCATCGCCCAATTCCCGCTTAATTATTCATCACCATCATCACCATTAATAAGCTTGGCTGTTTTGGCGGATGAGAGAAGATTTTCAGCCTGATACAGATTAAATCAGAACGCAGAAGCGGTCTGATAAAACAGAATTTGCCTGGCGAATCGTCGACCTGCAGGCATGCAAGCTTGGCACTGGCCGTCGTTTTACAACGTCGTGACTGGGAAAACCCTGGCGTTACCCAACTTAATCGCCTTGCAGCACATCCCCCTTTCGCCAGCTGGCGTAATAGCGAAGAGGCCCGCACCGATCGCCCTTCCCAACAGTTGCGCAGCCTGAATGGCGAATGGCGCCTGATGCGGTATTN
直接去NCBI比对没有想要的结果，是该先去掉某段吗？请大家谁帮忙分析下哈。谢谢了。还有，抱歉的是不知道测序图怎么贴上来，所以没法给大家看图

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1楼 2010-08-27 21:55:51

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xiaoyu1014126

木虫 (正式写手)

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★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+2):欢迎多来交流！:tiger06: 2010-08-27 23:49:26

去宝生物网站下载pMD18-T-vector的说明书，测序引物在插入片段的上游多少bp开始就可以看出来了。不过我基本上都是从第70bp开始，因为从测序峰上看第70bp开始比较好了

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2楼2010-08-27 23:14:24

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jukongka

铁杆木虫 (著名写手)

年度最忠心木虫

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★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+1):鼓励交流~~ 2010-08-28 09:06:45

应该去打掉克隆载体的序列，你的ITS系列为：
ACCGGTGGTAGCCCTGAACCCGGCTACACTGCTCCCACTGCCTGAGGAAGGGCTGCAACACAACTGCCTTGATATCCTGG
CCGAAGCCCACGGAACCCGACCCGACCTAGCGGACCAGCCGCTCCCAGACGCCGACCACACCTGGTACACGGATGGAAGC
AGTCTCTTGCAAGAGGGACAGCGTAAGGCGGGAGCTGCGGTGACCACCGAGACCGAGGTAATCTGGGCTAAAGCCCTGCC
AGCCGGGACATCCGCTCAGCGGGCTGAACTGATAGCACTCACCCAGGCCCTAAGGATGGCAGAAGGTAAGAAGCTAAATG
TTTATACTGATAGCCGTTATGCTTTTGCTACTGCCCATATCCATGGAGAAATATACAGAAGGCGTGGGTTGCTCACATCA
GAAGGCAAAGAGATCAAAAATAAGGACGAGATCTTGGCCCTACTAAAAGCCCTCTTTCTGCCCAAAAGACTTAGCATAAT
CCATTGTCCAGGACATCAAAAGGGACACAGCGCCGAGGCTAGAGGCAACCGGATGGCTGACCAAGCGGCCCGAAAGGCAG
CCATCACAGAGAATCCAGACACCTCTACCCTCCTCATAGAAAATTCATCGCCCAATTCCCGCTTAATTATTCATCACCAT
CATCACCATTAATAAGCTTGGCTGTTTTGGCGGATGAGAGAAGATTTTCAGCCTGATACAGATTAAATCAGAACGCAGAA
GCGGTCTGATAAAACAGAATTTGCCTGGCGAA

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3楼2010-08-28 01:25:06

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