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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 【求助/交流】测序结果整不明白
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lhm_hnyj

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】测序结果整不明白 已有7人参与

分子生物学新手有问题请教哈。
真菌ITS通用引物PCR产物送公司克隆测序，载体为Takara的PMD-18T，序列之一TTCGAaTTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGATTACCGGTGGTAGCCCTGAACCCGGCTACACTGCTCCCACTGCCTGAGGAAGGGCTGCAACACAACTGCCTTGATATCCTGGCCGAAGCCCACGGAACCCGACCCGACCTAGCGGACCAGCCGCTCCCAGACGCCGACCACACCTGGTACACGGATGGAAGCAGTCTCTTGCAAGAGGGACAGCGTAAGGCGGGAGCTGCGGTGACCACCGAGACCGAGGTAATCTGGGCTAAAGCCCTGCCAGCCGGGACATCCGCTCAGCGGGCTGAACTGATAGCACTCACCCAGGCCCTAAGGATGGCAGAAGGTAAGAAGCTAAATGTTTATACTGATAGCCGTTATGCTTTTGCTACTGCCCATATCCATGGAGAAATATACAGAAGGCGTGGGTTGCTCACATCAGAAGGCAAAGAGATCAAAAATAAGGACGAGATCTTGGCCCTACTAAAAGCCCTCTTTCTGCCCAAAAGACTTAGCATAATCCATTGTCCAGGACATCAAAAGGGACACAGCGCCGAGGCTAGAGGCAACCGGATGGCTGACCAAGCGGCCCGAAAGGCAGCCATCACAGAGAATCCAGACACCTCTACCCTCCTCATAGAAAATTCATCGCCCAATTCCCGCTTAATTATTCATCACCATCATCACCATTAATAAGCTTGGCTGTTTTGGCGGATGAGAGAAGATTTTCAGCCTGATACAGATTAAATCAGAACGCAGAAGCGGTCTGATAAAACAGAATTTGCCTGGCGAATCGTCGACCTGCAGGCATGCAAGCTTGGCACTGGCCGTCGTTTTACAACGTCGTGACTGGGAAAACCCTGGCGTTACCCAACTTAATCGCCTTGCAGCACATCCCCCTTTCGCCAGCTGGCGTAATAGCGAAGAGGCCCGCACCGATCGCCCTTCCCAACAGTTGCGCAGCCTGAATGGCGAATGGCGCCTGATGCGGTATTN
直接去NCBI比对没有想要的结果，是该先去掉某段吗？请大家谁帮忙分析下哈。谢谢了。还有，抱歉的是不知道测序图怎么贴上来，所以没法给大家看图
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1楼 2010-08-27 21:55:51
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jukongka

铁杆木虫 (著名写手)

年度最忠心木虫
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+1):鼓励交流~~ 2010-08-28 09:06:45
应该去打掉克隆载体的序列，你的ITS系列为：
ACCGGTGGTAGCCCTGAACCCGGCTACACTGCTCCCACTGCCTGAGGAAGGGCTGCAACACAACTGCCTTGATATCCTGG
CCGAAGCCCACGGAACCCGACCCGACCTAGCGGACCAGCCGCTCCCAGACGCCGACCACACCTGGTACACGGATGGAAGC
AGTCTCTTGCAAGAGGGACAGCGTAAGGCGGGAGCTGCGGTGACCACCGAGACCGAGGTAATCTGGGCTAAAGCCCTGCC
AGCCGGGACATCCGCTCAGCGGGCTGAACTGATAGCACTCACCCAGGCCCTAAGGATGGCAGAAGGTAAGAAGCTAAATG
TTTATACTGATAGCCGTTATGCTTTTGCTACTGCCCATATCCATGGAGAAATATACAGAAGGCGTGGGTTGCTCACATCA
GAAGGCAAAGAGATCAAAAATAAGGACGAGATCTTGGCCCTACTAAAAGCCCTCTTTCTGCCCAAAAGACTTAGCATAAT
CCATTGTCCAGGACATCAAAAGGGACACAGCGCCGAGGCTAGAGGCAACCGGATGGCTGACCAAGCGGCCCGAAAGGCAG
CCATCACAGAGAATCCAGACACCTCTACCCTCCTCATAGAAAATTCATCGCCCAATTCCCGCTTAATTATTCATCACCAT
CATCACCATTAATAAGCTTGGCTGTTTTGGCGGATGAGAGAAGATTTTCAGCCTGATACAGATTAAATCAGAACGCAGAA
GCGGTCTGATAAAACAGAATTTGCCTGGCGAA
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3楼2010-08-28 01:25:06
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xiaoyu1014126

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+2):欢迎多来交流！:tiger06: 2010-08-27 23:49:26
去宝生物网站下载pMD18-T-vector的说明书，测序引物在插入片段的上游多少bp开始就可以看出来了。不过我基本上都是从第70bp开始，因为从测序峰上看第70bp开始比较好了
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2楼2010-08-27 23:14:24
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怎么都行

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
LZ测序前做过菌落PCR鉴定没有，要是不幸测了个阴性菌落那测序结果就是空质粒的，BLAST就比对不出结果来。
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4楼2010-08-28 11:45:49
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月月大可

木虫 (著名写手)
测序有些时候使用的是下游引物，需要你转化为反向互补序列才是你的目的序列真面目。
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5楼2010-08-28 15:29:11
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