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lhm_hnyj

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 156.3
散金: 29
帖子: 292
在线: 166.6小时
虫号: 801682
注册: 2009-07-01
性别: MM
专业: 中药检定

[交流] 【求助/交流】测序结果整不明白已有7人参与

分子生物学新手有问题请教哈。
真菌ITS通用引物PCR产物送公司克隆测序，载体为Takara的PMD-18T，序列之一TTCGAaTTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGATTACCGGTGGTAGCCCTGAACCCGGCTACACTGCTCCCACTGCCTGAGGAAGGGCTGCAACACAACTGCCTTGATATCCTGGCCGAAGCCCACGGAACCCGACCCGACCTAGCGGACCAGCCGCTCCCAGACGCCGACCACACCTGGTACACGGATGGAAGCAGTCTCTTGCAAGAGGGACAGCGTAAGGCGGGAGCTGCGGTGACCACCGAGACCGAGGTAATCTGGGCTAAAGCCCTGCCAGCCGGGACATCCGCTCAGCGGGCTGAACTGATAGCACTCACCCAGGCCCTAAGGATGGCAGAAGGTAAGAAGCTAAATGTTTATACTGATAGCCGTTATGCTTTTGCTACTGCCCATATCCATGGAGAAATATACAGAAGGCGTGGGTTGCTCACATCAGAAGGCAAAGAGATCAAAAATAAGGACGAGATCTTGGCCCTACTAAAAGCCCTCTTTCTGCCCAAAAGACTTAGCATAATCCATTGTCCAGGACATCAAAAGGGACACAGCGCCGAGGCTAGAGGCAACCGGATGGCTGACCAAGCGGCCCGAAAGGCAGCCATCACAGAGAATCCAGACACCTCTACCCTCCTCATAGAAAATTCATCGCCCAATTCCCGCTTAATTATTCATCACCATCATCACCATTAATAAGCTTGGCTGTTTTGGCGGATGAGAGAAGATTTTCAGCCTGATACAGATTAAATCAGAACGCAGAAGCGGTCTGATAAAACAGAATTTGCCTGGCGAATCGTCGACCTGCAGGCATGCAAGCTTGGCACTGGCCGTCGTTTTACAACGTCGTGACTGGGAAAACCCTGGCGTTACCCAACTTAATCGCCTTGCAGCACATCCCCCTTTCGCCAGCTGGCGTAATAGCGAAGAGGCCCGCACCGATCGCCCTTCCCAACAGTTGCGCAGCCTGAATGGCGAATGGCGCCTGATGCGGTATTN
直接去NCBI比对没有想要的结果，是该先去掉某段吗？请大家谁帮忙分析下哈。谢谢了。还有，抱歉的是不知道测序图怎么贴上来，所以没法给大家看图

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1楼 2010-08-27 21:55:51

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

jukongka

铁杆木虫 (著名写手)

年度最忠心木虫

应助: 8 (幼儿园)
金币: 6807.7
散金: 8
红花: 14
帖子: 1439
在线: 201.6小时
虫号: 161427
注册: 2006-01-09
性别: GG
专业: 肿瘤生物治疗

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+1):鼓励交流~~ 2010-08-28 09:06:45

应该去打掉克隆载体的序列，你的ITS系列为：
ACCGGTGGTAGCCCTGAACCCGGCTACACTGCTCCCACTGCCTGAGGAAGGGCTGCAACACAACTGCCTTGATATCCTGG
CCGAAGCCCACGGAACCCGACCCGACCTAGCGGACCAGCCGCTCCCAGACGCCGACCACACCTGGTACACGGATGGAAGC
AGTCTCTTGCAAGAGGGACAGCGTAAGGCGGGAGCTGCGGTGACCACCGAGACCGAGGTAATCTGGGCTAAAGCCCTGCC
AGCCGGGACATCCGCTCAGCGGGCTGAACTGATAGCACTCACCCAGGCCCTAAGGATGGCAGAAGGTAAGAAGCTAAATG
TTTATACTGATAGCCGTTATGCTTTTGCTACTGCCCATATCCATGGAGAAATATACAGAAGGCGTGGGTTGCTCACATCA
GAAGGCAAAGAGATCAAAAATAAGGACGAGATCTTGGCCCTACTAAAAGCCCTCTTTCTGCCCAAAAGACTTAGCATAAT
CCATTGTCCAGGACATCAAAAGGGACACAGCGCCGAGGCTAGAGGCAACCGGATGGCTGACCAAGCGGCCCGAAAGGCAG
CCATCACAGAGAATCCAGACACCTCTACCCTCCTCATAGAAAATTCATCGCCCAATTCCCGCTTAATTATTCATCACCAT
CATCACCATTAATAAGCTTGGCTGTTTTGGCGGATGAGAGAAGATTTTCAGCCTGATACAGATTAAATCAGAACGCAGAA
GCGGTCTGATAAAACAGAATTTGCCTGGCGAA