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s24512453

新虫 (初入文坛)

[求助] 有关T载体以及蓝白筛选的3个问题

将目的片段与T载体连接,之后转化,蓝白筛选
1.长出白斑,说明T载体之间连上了片段,此片段就应该是目的片段了,因为之前的电泳确定目的片段为单一条带,割胶回收后再跑电泳也是单一条带,但是后续的测序要么是片段大小不对,要么是空载。
2平板在4度放了一段时间拿出来确定菌落是白色,第二天再看还是白色,不可能是传说中的没有变蓝,难道空载的也会是蓝色?那蓝白筛选还有什么作用
3菌落pcr有正确条带,对相应的菌提取质粒,送去测序后结果总是不对,这是为何?感受态转化之后的涂布量应该怎么控制,会不会是我涂布了过多的菌泥导致游离的质粒都附着在了菌落上或者周围,导致的结果就是挑取十个白斑,十个白斑pcr都正确,结果测序都不对,这种可能性应该不大吧
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-10-13 02:42:43
gyesang: 回帖置顶 2013-10-13 02:42:45
s24512453: 金币+5 2013-10-13 08:22:02
1. 白斑说明有插入,是不是目的片段就不一定了,所以蓝白斑只是初筛,需要进一步鉴定。
2. 空载体是蓝斑。
3. 菌落PCR会有假阳性的可能。对阳性克隆提质粒做酶切鉴定后再送测序。转化涂布的量一般考经验控制,新手可以多涂几个不同量的板子。菌落PCR一般用的是载体上的引物,如果用片段特异性引物也是一个用片段特异引物,一个用载体上的引物。所以你说的什么游离DNA影响PCR扩增的假设基本不成立。而且你也对阳性克隆提取了质粒,应该先做酶切鉴定,酶切图谱正确后再测序。
4楼2013-10-13 01:40:09
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yang0071

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-10-12 15:40:35
1   你的问题是啥?
2   空载的就是蓝色
3   证明你的产物特异性不高,重新设计引物
2楼2013-10-12 15:31:28
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zgb1982

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-10-13 02:42:36
s24512453: 金币+3 2013-10-13 08:25:57
其实吧,这些筛选手段,抗生素和蓝白斑都是存在假阳性的。只是概率问题,既然最后的测序结果不对,就说明连接的肯定有问题。你说PCR条带单一,不如直接测序看看啊,是不是你要的片段。
3楼2013-10-12 21:20:58
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s24512453

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-10-13 01:40:09
1. 白斑说明有插入,是不是目的片段就不一定了,所以蓝白斑只是初筛,需要进一步鉴定。
2. 空载体是蓝斑。
3. 菌落PCR会有假阳性的可能。对阳性克隆提质粒做酶切鉴定后再送测序。转化涂布的量一般考经验控制,新手 ...

引物可不可以都采用片段上的特异性引物呢?
5楼2013-10-13 08:24:20
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s24512453

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-10-13 01:40:09
1. 白斑说明有插入,是不是目的片段就不一定了,所以蓝白斑只是初筛,需要进一步鉴定。
2. 空载体是蓝斑。
3. 菌落PCR会有假阳性的可能。对阳性克隆提质粒做酶切鉴定后再送测序。转化涂布的量一般考经验控制,新手 ...

空载体有没有可能是白色呢?   因为一些白色菌落测序后结果是空载
6楼2013-10-13 08:25:23
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s24512453

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zgb1982 at 2013-10-12 21:20:58
其实吧,这些筛选手段,抗生素和蓝白斑都是存在假阳性的。只是概率问题,既然最后的测序结果不对,就说明连接的肯定有问题。你说PCR条带单一,不如直接测序看看啊,是不是你要的片段。

我也认为是连接有有问题,单一的pcr条带我没有去测序,直接回收了,再加A,再回收,最后连接,是不是后续的实验(比如紫外割胶,回收)导致片段断裂,连接的时候就连上了大小不一的片段,最后测序结果不对?
7楼2013-10-13 08:31:05
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by s24512453 at 2013-10-13 08:24:20
引物可不可以都采用片段上的特异性引物呢?...

一般用载体通用引物,片段特异引物也可以,要做空载体的负对照。空载体一般不会是白色。有的白斑是插入很短的片段造成的。蓝白斑筛选只是初筛,有假阳性的可能,所以要挑单菌落再做进一步鉴定。
8楼2013-10-13 16:37:33
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小鲸飞扬

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by s24512453 at 2013-10-13 08:24:20
引物可不可以都采用片段上的特异性引物呢?...

可以的,我也遇到假阳性问题。挑了20个白菌落,最好的是有两个正常。两个正常的,不管是通用引物还是目的基因特异引物,都能扩出来正常片段。
9楼2014-06-25 00:07:03
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小鲸飞扬

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by s24512453 at 2013-10-13 08:31:05
我也认为是连接有有问题,单一的pcr条带我没有去测序,直接回收了,再加A,再回收,最后连接,是不是后续的实验(比如紫外割胶,回收)导致片段断裂,连接的时候就连上了大小不一的片段,最后测序结果不对?...

是不是切胶回收的产物不够纯,有引物啥的
10楼2014-06-25 00:08:53
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