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dajiong

金虫 (正式写手)

[求助] 构建克隆载体时出现的问题

从蓝白筛选过的平板上挑了三个阳性单克隆,摇菌过夜,第二天分别取菌液用PCR鉴定,发现只有一个出来了目的片段(1000bp左右的)。还有一个有片段但是只有500bp,还有一个压根没有目的片段……胶什么的都没问题,想知道是在哪一步出了问题。谢谢!
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哦也
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陈朵朵

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-05-24 13:53:24
dajiong: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-05-24 21:40:12
我们实验室就一直在做这个,蓝白筛选平板上不一定全部都是阳性克隆,存在很多假阳性,所以会出现有的有目的片段,有的有插入片段但不是目的片段,或者有的压根就没有片段插入,你这个情况很正常。我们的做法是先放在4℃冰箱数个小时,假阳性就可以表现出来,但是也不能完全避免这种情况,进一步菌落PCR还是会有没有目的片段的现象。只要有一个克隆出来了就行,留一部分养着,另一部分拿去测序,就能确定克隆序列是否正确了。

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2楼2012-05-24 13:27:42
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hyacinth326

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西瓜: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-24 21:59:50
其实不必纠结于这个问题的,只要有正确的转化子就可以了,因为克隆载体会有自连的存在,还有可能是你回收的片段中混进去比较杂的片段导致的

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3楼2012-05-24 14:00:25
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jasonwyb123

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这个太正常了,我记得以前我筛出来三十几个,全部都p了,结果就对了一个,差点放弃了,最后还是坚持测序了一下,结果对了,所以不要放弃任何可能是结果的结果

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4楼2012-05-24 15:02:12
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慢吞吞1987

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
挺正常的,不过只要有目的片段的转化子,一个就够了

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5楼2012-05-24 16:22:20
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jimmy7633

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
蓝白斑筛选本身阳性率就没有百分之百,菌落PCR也只是初步鉴定,需要酶切鉴定,测序正确才行。

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6楼2012-05-24 18:22:56
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dajiong

金虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 陈朵朵 at 2012-05-24 13:27:42:
我们实验室就一直在做这个,蓝白筛选平板上不一定全部都是阳性克隆,存在很多假阳性,所以会出现有的有目的片段,有的有插入片段但不是目的片段,或者有的压根就没有片段插入,你这个情况很正常。我们的做法是先放在

我第一次做的时候还没用蓝白筛呢    就是普通平板,出来的克隆挑了三个全都出目的片段了。这次用了蓝白,结果做了两次,一共六个克隆就出来俩。也许是运气的问题吧。然后又在怀疑会不会是感受态有问题了。测序已经送了,估计条带正好的序列就不会差。还好有出结果的,心里就安定了。
哦也
7楼2012-05-24 21:35:07
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dajiong

金虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by hyacinth326 at 2012-05-24 14:00:25:
其实不必纠结于这个问题的,只要有正确的转化子就可以了,因为克隆载体会有自连的存在,还有可能是你回收的片段中混进去比较杂的片段导致的

回收的时候片段貌似还比较纯,还好还是出结果了。
哦也
8楼2012-05-24 21:36:20
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dajiong

金虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by jasonwyb123 at 2012-05-24 15:02:12:
这个太正常了,我记得以前我筛出来三十几个,全部都p了,结果就对了一个,差点放弃了,最后还是坚持测序了一下,结果对了,所以不要放弃任何可能是结果的结果

看来我运气比你好多了……同是坑爹生物人啊
哦也
9楼2012-05-24 21:36:55
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dajiong

金虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by 慢吞吞1987 at 2012-05-24 16:22:20:
挺正常的,不过只要有目的片段的转化子,一个就够了

嗯,大家的解答和安慰让我又学了不少。
哦也
10楼2012-05-24 21:37:27
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