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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » PCR引物必须与目的基因片段的一小段序列互补吗？急！！！
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pycraze

木虫 (小有名气)

[求助] PCR引物必须与目的基因片段的一小段序列互补吗？急！！！

跑PCR前，设计引物时，引物序列必须是与目的基因片段的一小段序列互补的吗？还是可以在目的基因序列以外设计引物呢?急！！！
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1楼 2013-10-09 22:09:33
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liyongliangx

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香。分子生物期待更详细的解答 2013-10-10 09:56:41
随意啊，只要能扩增到你需要的片段就行了。
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2楼2013-10-09 22:40:18
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香。分子生物期待更详细的解答 2013-10-10 09:56:47
要看你PCR的目的是什么。如果是克隆基因片段，引物的位置是大致固定的，如果是检测样本中是否有目的片段，引物选取的自由度较大，位置比较随意。
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3楼2013-10-10 03:24:59
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pycraze

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-10-10 03:24:59
要看你PCR的目的是什么。如果是克隆基因片段，引物的位置是大致固定的，如果是检测样本中是否有目的片段，引物选取的自由度较大，位置比较随意。

那如果是克隆基因片段，引物的位置大致固定在哪儿？那要是克隆基因全长呢，引物的位置在哪儿比较好？多谢指教~
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4楼2013-10-10 08:20:00
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pycraze

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liyongliangx at 2013-10-09 22:40:18
随意啊，只要能扩增到你需要的片段就行了。

提取目的基因不是有一种叫做“同源序列法”的吗，这个需要先进行序列收集比对，再设计兼并引物，那序列比对的话就只能比对目的基因的序列噻，目的基因以外的序列就没法比对啊，那岂不是设计出的兼并引物只能是与目的基因片段的一小段序列互补呢？就不随意了啊。那在什么情况下随意呢？请指教~
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5楼2013-10-10 08:25:49
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by pycraze at 2013-10-10 08:20:00
那如果是克隆基因片段，引物的位置大致固定在哪儿？那要是克隆基因全长呢，引物的位置在哪儿比较好？多谢指教~...

引物就设计在你要克隆的片段的开头和末尾。开头的位置基本没得选，末尾稍微多几个碱基问题不大。
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6楼2013-10-10 22:16:31
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joan198108

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-10-12 11:33:29
如果是扩增已知序列目的全长基因，肯定是要在基因序列外部设计引物，当然接下来还有克隆表达等操作，最好在引物设计时考虑增加酶切位点以及添加序列标签等。如果是扩增未知序列基因，一般要根据序列比对找到保守序列，设计兼并引物，扩增产物一般是目的基因的部分序列，还要通过3'、5‘race以及染色体步移等操作得到全长序列。
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7楼2013-10-12 10:04:45
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pycraze

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by joan198108 at 2013-10-12 10:04:45
如果是扩增已知序列目的全长基因，肯定是要在基因序列外部设计引物，当然接下来还有克隆表达等操作，最好在引物设计时考虑增加酶切位点以及添加序列标签等。如果是扩增未知序列基因，一般要根据序列比对找到保守序列 ...

为什么扩增已知序列目的全长基因，引物要设计在基因序列外部？？？不可以设置在基因序列的两端吗？（刚好与基因序列两端的十几二十个核苷酸互补。）
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8楼2013-10-12 18:46:44
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joan198108

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by pycraze at 2013-10-12 18:46:44
为什么扩增已知序列目的全长基因，引物要设计在基因序列外部？？？不可以设置在基因序列的两端吗？（刚好与基因序列两端的十几二十个核苷酸互补。）...

也可以，但是通常会在序列两端加上酶切位点、序列标签等额外序列，这些序列都是非目的基因序列，所以我说是外面
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9楼2013-10-13 08:48:18
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pycraze

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by joan198108 at 2013-10-13 08:48:18
也可以，但是通常会在序列两端加上酶切位点、序列标签等额外序列，这些序列都是非目的基因序列，所以我说是外面...

明白，谢谢咯！
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10楼2013-10-13 09:12:53
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