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将军的石头

新虫 (初入文坛)

[求助] t载体酶切问题

各位好,我的一个基因连到了t载体上,基因大小为1500左右,想用c l a 1和xho1双切,这个基因上没有两个点,但是过夜酶切后跑胶后只有一条带,大小倒是4200左右,酶都没有问题,怎么回事呢,万分感谢
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gyesang

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将军的石头(myprayer代发): 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,鼓励应助,分子生物版块期待你的更多精彩。同样期待你更详细的应助指导。 2013-04-29 15:35:12
ClaI的酶切识别序列是AT^CGAT,对dam甲基化敏感,dam甲基化序列是GATC,看看你加的ClaI酶切位点前的碱基是不是G,如果是G的话,这个酶切位点就被甲基化了,从普通大肠杆菌菌株中提取的质粒,用ClaI是切不开的,我觉得你切不开的原因在此,希望反馈的信息

[ Last edited by gyesang on 2013-4-27 at 13:51 ]
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2楼2013-04-27 13:45:23
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6楼: Originally posted by 将军的石头 at 2013-04-28 23:58:53
我问师姐也有这么说的,我回头查一查,谢谢,这个建议很重要,但是有解决的办法吗...

有,需要用到Dam-的菌株,比如JM110,把质粒转到这个菌里面,再抽质粒,就可以酶切开了
或者你重新设计引物啊,重新扩啊,很简单的事
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9楼2013-04-29 00:02:10
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gyesang

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12楼: Originally posted by 将军的石头 at 2013-04-29 00:10:03
jm109行吗,我们实验室没有jm110...

jm109是不行的,你可以去查查大肠杆菌的基因型,找dam-的菌株都可以,你可以重新设计引物,重新扩啊
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14楼2013-04-29 14:00:06
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dshlove

木虫 (正式写手)

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myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,鼓励应助,分子生物版块期待你的更多精彩。同样期待你更详细的应助指导。 2013-04-29 15:35:42
酶切质粒的浓度是不是不够高?
如果你的目的片段和载体片段相差太大,加上质粒浓度不高的话,酶切后目的片段亮度不够,就很可能就只有一条带的。
3楼2013-04-27 13:49:09
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cicelyzh

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myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香。期待你的慷慨解囊。快乐每一天鼓励虫子来到生物版块交流,期待你的精彩1 2013-04-29 15:35:52
你的结果是说明只有一个酶切开了。双酶切的同时最好做单酶切对照,可以看出是哪个酶没有切动。
4楼2013-04-27 14:37:11
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将军的石头

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-04-27 14:37:11
你的结果是说明只有一个酶切开了。双酶切的同时最好做单酶切对照,可以看出是哪个酶没有切动。

我今天试了试分开切的,cla1切不开,不知道为什么
5楼2013-04-28 23:57:56
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将军的石头

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gyesang at 2013-04-27 13:45:23
ClaI的酶切识别序列是AT^CGAT,对dam甲基化敏感,dam甲基化序列是GATC,看看你加的ClaI酶切位点前的碱基是不是G,如果是G的话,这个酶切位点就被甲基化了,从普通大肠杆菌菌株中提取的质粒,用ClaI是切不开的,我觉得 ...

我问师姐也有这么说的,我回头查一查,谢谢,这个建议很重要,但是有解决的办法吗
6楼2013-04-28 23:58:53
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gyesang

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5楼: Originally posted by 将军的石头 at 2013-04-28 23:57:56
我今天试了试分开切的,cla1切不开,不知道为什么...

我给你回了,让你看看ClaI是不是处在甲基化位点内,ClaI是不是被甲基化了,能把那一段序列发上来看看吗?

[ Last edited by gyesang on 2013-4-29 at 00:02 ]
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7楼2013-04-29 00:00:12
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将军的石头

新虫 (初入文坛)

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3楼: Originally posted by dshlove at 2013-04-27 13:49:09
酶切质粒的浓度是不是不够高?
如果你的目的片段和载体片段相差太大,加上质粒浓度不高的话,酶切后目的片段亮度不够,就很可能就只有一条带的。

质粒浓度是很大的,跑胶很亮
8楼2013-04-29 00:01:46
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将军的石头

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by gyesang at 2013-04-29 00:00:12
我给你回了,让你看看ClaI是不是处在甲基化位点内,ClaI是不是被甲基化了,能把那一段序列发上来看看吗?
...

atgctgctccaaggtctggtcgtggctggaggagccagctacgtccttcaaaagaaagcaccacactactcactcggcttttggacaactgcattcgctttcctcttcatttacttcaccatcgcccagacatggcgcatcattgtctacccacgcttcttcagtcctcttcggcacttgccgcgccctggcggtggacactggctctgggaccaaaccatgaggatcctcaaggagcctacaggcagtcccttgcgtgattggattgacaatgtgccaaacactgggttaatcacatactctacctggttcgagccgcgagtactcgtgaccaatcccaaaggcctcgccgaggttcttgtgaccaaaaactacgactttgagaagccgaagcagtttagccaatctctaggaagatttctaggcatgggcatattgtttgccgagggcgacgaacacaagcgacaacggaaaaacctgatgcctgcctttgctttccgccacatcaaggacctgtacccaaccttttggagcaagtcgcgggagatggctcaggttctgtctgctaccatcaaggcaaagcccgacgccggcctagcggcagaggagaagatcaatgccgatgccgatgccgttcaacatgcgcctggggccattgaggtgtacgactggagctctcgtgccacgctcgacatcatcggcgtgtcaggcatggaccgcgacttcaactccctcaacgaccctgcaaataagctcaaccaaacctacaagaccatcttcaacacaggcagagtgggaaggttcatcagacttctggcaatattcgttcccatccgactcctgcgcctcctgccgttgaagcgcaatgctgacatgactgcagccagctcttacatcaagcaagtttgccgggatctcattgcgggaaaacgagagagactccatgttgagaagcagcgctccaaggcagacattgatattctttctgttgcactcgaatccggcggctttagtgacgaagatctcgttaaccaaatgatgacttttctcctcgcgggacacgaaacgactgccacggcaatggcctgggccgtgtacgagctctgcaaacgccccgaaacccaacagaaattacgcgaccaagttcgctccaaactcccttcgcttgaaggcgacatcactgccgcggaaatcgacaactgttcttacttgcaagccttctgcaacgaagttctccgagtgtggtctcccgttcccctgaccctgcgtgtcgccgcaagggacaccagcattctgggccaattcatcccaaagggcactcctgtgattctttgtccatgggccgtgaacttatccgagcagctctggggcgcagatgccaaagaattcaagccagagcgctggctcgacgccaacggccacacgaacaatcgcggatccgcagactccaactactctttcatgacatttttacacggtccgcgaagctgtattggccagaagtttgcacaggctgagtttgcgtgcctggttgcggcttgggtgagcagatttgagacgagattcgaggatggaggaccgctggctaggggagaagagccggactttgccacggaaatcacgacgaagccaaaggggggattgtgggtgcagttgaaggagattgagggacgtcgtcaagaggcttga
10楼2013-04-29 00:05:23
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