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fayzhao

金虫 (小有名气)

[求助] 双酶切后切胶回收

各位虫友好:
目前,我正在做质粒双酶切,体系40ul:
dd水                       补足40ul
10Xtango buffer     4ul
质粒                       2ug
kpnI                        2ul
bglII                        2ul
37℃反应5h,电泳检测图如下:

目的是为了回收目的条带(300多bp),切胶回收用了takara的和axygen的,都没有回收到,跑胶没有任何条带。接下来我要做的是将目的基因连接到表达载体中,回收不到怎么办哪?求帮助!!!

2013-1-20双酶切_副本.jpg
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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amisking: 金币+2, 鼓励发帖交流问题。 2013-01-23 18:55:12
fayzhao: 金币+1 2013-01-23 18:55:27
你得把marker的条带标出来。和提质粒一样,最后一步洗脱之前的酒精去除比较重要。切胶时不要切太多无用胶进去,影响回收效率。之前我也遇到过这个问题,提高浓度比较重要
我还年轻,我要上路!
2楼2013-01-23 17:55:50
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fayzhao

金虫 (小有名气)

fayzhao: 回帖置顶 2013-01-23 18:54:47
补充:marker条带分别为2000bp、1000bp、750bp、500bp、250bp、100bp
3楼2013-01-23 18:54:39
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fayzhao

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-01-23 17:55:50
你得把marker的条带标出来。和提质粒一样,最后一步洗脱之前的酒精去除比较重要。切胶时不要切太多无用胶进去,影响回收效率。之前我也遇到过这个问题,提高浓度比较重要

我把产物全部进行回收,回收胶在切胶的紫外下都看不到目的条带了……基本都没法切,最后我还是切了,最后检测什么也没有回收到。
那你最后怎么解决的呢?怎么提高浓度?提高质粒的浓度还是什么?谢谢啦
4楼2013-01-23 18:58:07
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raindick1231

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
fayzhao: 金币+1 2013-01-23 19:12:04
其实一般看不见条带 我也会做链接反应的
建议加大酶切的质粒用量 算算嘛 将近300bp的载体上只有1/10是你的片段,切下来当然弱了
也可以多做几管 一起溶胶后,加到同一个柱子中
5楼2013-01-23 19:11:01
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by fayzhao at 2013-01-23 18:58:07
我把产物全部进行回收,回收胶在切胶的紫外下都看不到目的条带了……基本都没法切,最后我还是切了,最后检测什么也没有回收到。
那你最后怎么解决的呢?怎么提高浓度?提高质粒的浓度还是什么?谢谢啦...

和raindick一样,实在不行,你就讲所有切下来的胶上到一根管中,当然是浓度越高越好啦。
我还年轻,我要上路!
6楼2013-01-23 19:35:07
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酶切专家

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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fayzhao: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-01-24 10:20:46
一般克隆时,设计一个连接反应,载体需要100ng左右,根据分子数比例(外源片段是载体的3-10倍),事实上,需要的外源片段的绝对量很少(一般不超过50ng).
但考虑到回收的小片段定量的准确性,一般回收到的小片段浓度需要达到10ng/ul。而且再考虑回收时体积最少20ul,而小片段的回收效率一般很难超过50%,因而,回收时小片段的理论量至少是10ng/ul X 20ul X 2 =400ng。由于你的小片段只占你的载体分子的1/10---1/15,因而,你进行酶切时就需要载体至少4--6ug.否则,你很难回收到足够量的小片段进行随后的连接。

为了保证载体的完全酶切,你可能需要利用double digestion disigner精确计算酶切所需要的酶量。
7楼2013-01-23 22:12:27
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11ychen

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
fayzhao: 金币+1 2013-01-24 10:24:44
我在想,为何不把你需要的约300bp的片段先扩出来,再酶切、纯化,与载体相连。至少这样你需要的片段浓度就很合适啦。
8楼2013-01-24 10:09:01
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匿名

用户注销 (小有名气)


感谢参与,应助指数 +1
fayzhao: 金币+1 2013-01-24 10:38:07
本帖仅楼主可见
9楼2013-01-24 10:14:11
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fayzhao

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 酶切专家 at 2013-01-23 22:12:27
一般克隆时,设计一个连接反应,载体需要100ng左右,根据分子数比例(外源片段是载体的3-10倍),事实上,需要的外源片段的绝对量很少(一般不超过50ng).
但考虑到回收的小片段定量的准确性,一般回收到的小片段浓 ...

O(∩_∩)O谢谢
10楼2013-01-24 10:21:32
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