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twisty

木虫 (正式写手)

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[求助] 系统发育树的建立

用phylipwx软件包中的neighbor建树,如何产生进化距离（节点处的数字）？

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兼并碱基M=A/CR=A/GW=A/TS=G/CY=C/TK=G/TV=A/G/C&n...
1楼 2012-12-18 05:25:09
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mirror3895

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用MEGA不是更简单吗？我没有用过phylip，建议你用MEGA试试，网上也有很多教程，比较方便
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2楼2012-12-19 12:36:46
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weiyasong

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
twisty: 金币+20, ★★★很有帮助, 希望能再详细些，让我们这些菜鸟也明白是究竞怎么回事，近乎满意，奖您金币，如能再详细些，必将再谢。 2012-12-20 09:33:24
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 欢迎提供资料，鼓励应助 2012-12-20 11:39:31
这个是MEG的构建进化树的方法，看看有没有帮助！
MEGA软件——系统发育树构建方法.docx(1.45MB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DYHiS4XRUAQA96c?p=130497
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3楼2012-12-19 17:14:32
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twisty

木虫 (正式写手)

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引用回帖:
3楼: Originally posted by weiyasong at 2012-12-19 17:14:32
这个是MEG的构建进化树的方法，看看有没有帮助！
MEGA软件——系统发育树构建方法.docx(1.45MB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DYHiS4XRUAQA96c?p=130497

我看了你给的文档，应该算是较的详细的了，但里边有个问题我不明白想追问您一下，那就是“比对完成后删除序列两端不能完全对齐的碱基。”这句话，请问这样做对结果没有影响么？这样做有什么依据吗？如果比对后有各别列只有一两个碱基，而其他处都是空的，是否也要删去？还有就是在比对的末尾处有很多参差不齐处，是否也要都删去？期待您的回复，谢谢！
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兼并碱基M=A/CR=A/GW=A/TS=G/CY=C/TK=G/TV=A/G/C&n...
4楼2012-12-19 21:31:06
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weiyasong

木虫 (著名写手)
★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-24 19:11:16
引用回帖:
4楼: Originally posted by twisty at 2012-12-19 21:31:06
我看了你给的文档，应该算是较的详细的了，但里边有个问题我不明白想追问您一下，那就是“比对完成后删除序列两端不能完全对齐的碱基。”这句话，请问这样做对结果没有影响么？这样做有什么依据吗？如果比对后有各 ...

您好，这句话本来我也不明白，但请教了我们这研究分子生物学软件的老师，她说对于碱基数大于1000bp的序列比对完成后不用删除（删除与不删除影响不大），但对于碱基数在100-1000bp之间的，由于碱基数较少，为了保证碱基数的一致，需要做删除操作。不知道这么回答是不是您所想知道的。
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5楼2012-12-24 10:55:13
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twisty

木虫 (正式写手)

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引用回帖:
5楼: Originally posted by weiyasong at 2012-12-24 10:55:13
您好，这句话本来我也不明白，但请教了我们这研究分子生物学软件的老师，她说对于碱基数大于1000bp的序列比对完成后不用删除（删除与不删除影响不大），但对于碱基数在100-1000bp之间的，由于碱基数较少，为了保证 ...

我的咸基为567bp，看文献也有人说删除的，但我不太具体的删除原则。是自己的序列保持不变，删除其他物种的序列么？首先感谢您如此认真的回复。
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兼并碱基M=A/CR=A/GW=A/TS=G/CY=C/TK=G/TV=A/G/C&n...
6楼2012-12-24 17:15:54
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weiyasong

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by twisty at 2012-12-24 17:15:54
我的咸基为567bp，看文献也有人说删除的，但我不太具体的删除原则。是自己的序列保持不变，删除其他物种的序列么？首先感谢您如此认真的回复。...

按老师的说法，应该是这个意思。
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7楼2012-12-24 19:10:11
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twisty

木虫 (正式写手)

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引用回帖:
7楼: Originally posted by weiyasong at 2012-12-24 19:10:11
按老师的说法，应该是这个意思。...

是否这方面的文献啊，想看看，想知其所以然。。。。
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兼并碱基M=A/CR=A/GW=A/TS=G/CY=C/TK=G/TV=A/G/C&n...
8楼2012-12-25 16:40:59
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