应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 系统发育树的建立
汕头大学海洋科学接受调剂
81/1返回列表
查看: 1298  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看

twisty

木虫 (正式写手)

newer

[求助] 系统发育树的建立

用phylipwx软件包中的neighbor建树,如何产生进化距离（节点处的数字）？

[ 来自科研家族 Natural Products家族 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

【分子生物】EPI帖

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
兼并碱基M=A/CR=A/GW=A/TS=G/CY=C/TK=G/TV=A/G/C&n...
1楼 2012-12-18 05:25:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mirror3895

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用MEGA不是更简单吗？我没有用过phylip，建议你用MEGA试试，网上也有很多教程，比较方便
赞一下 回复此楼
2楼2012-12-19 12:36:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

weiyasong

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
twisty: 金币+20, ★★★很有帮助, 希望能再详细些，让我们这些菜鸟也明白是究竞怎么回事，近乎满意，奖您金币，如能再详细些，必将再谢。 2012-12-20 09:33:24
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 欢迎提供资料，鼓励应助 2012-12-20 11:39:31
这个是MEG的构建进化树的方法，看看有没有帮助！
MEGA软件——系统发育树构建方法.docx(1.45MB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DYHiS4XRUAQA96c?p=130497
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2012-12-19 17:14:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

twisty

木虫 (正式写手)

newer
引用回帖:
3楼: Originally posted by weiyasong at 2012-12-19 17:14:32
这个是MEG的构建进化树的方法，看看有没有帮助！
MEGA软件——系统发育树构建方法.docx(1.45MB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DYHiS4XRUAQA96c?p=130497

我看了你给的文档，应该算是较的详细的了，但里边有个问题我不明白想追问您一下，那就是“比对完成后删除序列两端不能完全对齐的碱基。”这句话，请问这样做对结果没有影响么？这样做有什么依据吗？如果比对后有各别列只有一两个碱基，而其他处都是空的，是否也要删去？还有就是在比对的末尾处有很多参差不齐处，是否也要都删去？期待您的回复，谢谢！
赞一下 回复此楼
兼并碱基M=A/CR=A/GW=A/TS=G/CY=C/TK=G/TV=A/G/C&n...
4楼2012-12-19 21:31:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

weiyasong

木虫 (著名写手)
★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-24 19:11:16
引用回帖:
4楼: Originally posted by twisty at 2012-12-19 21:31:06
我看了你给的文档，应该算是较的详细的了，但里边有个问题我不明白想追问您一下，那就是“比对完成后删除序列两端不能完全对齐的碱基。”这句话，请问这样做对结果没有影响么？这样做有什么依据吗？如果比对后有各 ...

您好，这句话本来我也不明白，但请教了我们这研究分子生物学软件的老师，她说对于碱基数大于1000bp的序列比对完成后不用删除（删除与不删除影响不大），但对于碱基数在100-1000bp之间的，由于碱基数较少，为了保证碱基数的一致，需要做删除操作。不知道这么回答是不是您所想知道的。
赞一下 回复此楼
5楼2012-12-24 10:55:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

twisty

木虫 (正式写手)

newer
引用回帖:
5楼: Originally posted by weiyasong at 2012-12-24 10:55:13
您好，这句话本来我也不明白，但请教了我们这研究分子生物学软件的老师，她说对于碱基数大于1000bp的序列比对完成后不用删除（删除与不删除影响不大），但对于碱基数在100-1000bp之间的，由于碱基数较少，为了保证 ...

我的咸基为567bp，看文献也有人说删除的，但我不太具体的删除原则。是自己的序列保持不变，删除其他物种的序列么？首先感谢您如此认真的回复。
赞一下 回复此楼
兼并碱基M=A/CR=A/GW=A/TS=G/CY=C/TK=G/TV=A/G/C&n...
6楼2012-12-24 17:15:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

weiyasong

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by twisty at 2012-12-24 17:15:54
我的咸基为567bp，看文献也有人说删除的，但我不太具体的删除原则。是自己的序列保持不变，删除其他物种的序列么？首先感谢您如此认真的回复。...

按老师的说法，应该是这个意思。
赞一下 回复此楼
7楼2012-12-24 19:10:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

twisty

木虫 (正式写手)

newer
引用回帖:
7楼: Originally posted by weiyasong at 2012-12-24 19:10:11
按老师的说法，应该是这个意思。...

是否这方面的文献啊，想看看，想知其所以然。。。。
赞一下 回复此楼
兼并碱基M=A/CR=A/GW=A/TS=G/CY=C/TK=G/TV=A/G/C&n...
8楼2012-12-25 16:40:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 twisty 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 各位老师好，求调剂，本科211，一志愿天津大学生物与医药学硕，差两名录取。 +11 路六六jjj 2026-04-13 11/550 2026-04-14 16:01 by zs92450
[教师之家] 转长聘了 +7 简单化xn 2026-04-13 7/350 2026-04-14 14:50 by xindong
[考研] 求调剂 +3 我爱高数高数爱� 2026-04-12 3/150 2026-04-14 01:00 by 王珺璞
[考研] B区0809 ，数一英一，290 求调剂 +3 泠潍1111 2026-04-12 4/200 2026-04-13 20:35 by 学员JpLReM
[考研] 求调剂288 +7 ioodiiij 2026-04-10 9/450 2026-04-13 08:33 by Hayaay
[考研] 。 +10 李多米lee. 2026-04-12 11/550 2026-04-12 22:58 by yuyin1233
[考研] 343求调剂 +9 王国帅 2026-04-10 9/450 2026-04-11 20:31 by dongdian1
[考研] 085501机械专硕 302分 不挑专业求调剂 +7 汪某. 2026-04-09 7/350 2026-04-11 14:37 by luhong1990
[考研] 296求调剂 +6 汪！？！ 2026-04-09 6/300 2026-04-11 11:25 by zhq0425
[考研] 283求调剂，工科！ +12 苏打水7777 2026-04-08 12/600 2026-04-11 10:28 by 逆水乘风
[考研] 288求调剂 +15 代fish 2026-04-09 16/800 2026-04-11 10:26 by wwj2530616
[考研] 工科273调剂 +6 X1999 2026-04-09 7/350 2026-04-11 10:23 by zhq0425
[考研] 284求调剂 +12 archer.. 2026-04-10 13/650 2026-04-11 08:44 by zhq0425
[考研] 368求调剂 +3 17385968172 2026-04-10 3/150 2026-04-10 20:12 by 电子奥德彪
[考研] 吉大计算机技术331分，英语六级，求调剂 +3 峰峰021116 2026-04-09 3/150 2026-04-10 20:01 by chemisry
[考研] 初试分332，一志愿报考西北工业大学， +11 故人?? 2026-04-09 11/550 2026-04-09 21:54 by JineShine
[考研] 调剂 +12 月@163.com 2026-04-08 12/600 2026-04-09 14:27 by rl1980
[考研] 086004 求调剂 309 +7 Yin DY 2026-04-08 7/350 2026-04-09 13:59 by Delta2012
[考研] 283电子信息求调剂 +4 三石WL 2026-04-08 4/200 2026-04-09 10:21 by wp06
[考研] 331求调剂 +5 luoxin0706. 2026-04-08 5/250 2026-04-08 22:15 by zhouyuwinner
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭