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twisty

木虫 (正式写手)

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[求助] 系统发育树的建立

用phylipwx软件包中的neighbor建树,如何产生进化距离(节点处的数字)?

[ 来自科研家族 Natural Products家族 ]
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兼并碱基M=A/CR=A/GW=A/TS=G/CY=C/TK=G/TV=A/G/C&n...
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回帖置顶 ( 共有1个 )

weiyasong

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
twisty: 金币+20, ★★★很有帮助, 希望能再详细些,让我们这些菜鸟也明白是究竞怎么回事,近乎满意,奖您金币,如能再详细些,必将再谢。 2012-12-20 09:33:24
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 欢迎提供资料,鼓励应助 2012-12-20 11:39:31
这个是MEG的构建进化树的方法,看看有没有帮助!
MEGA软件——系统发育树构建方法.docx(1.45MB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DYHiS4XRUAQA96c?p=130497
3楼2012-12-19 17:14:32
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普通回帖

mirror3895

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
用MEGA不是更简单吗?我没有用过phylip,建议你用MEGA试试,网上也有很多教程,比较方便
2楼2012-12-19 12:36:46
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twisty

木虫 (正式写手)

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引用回帖:
3楼: Originally posted by weiyasong at 2012-12-19 17:14:32
这个是MEG的构建进化树的方法,看看有没有帮助!
MEGA软件——系统发育树构建方法.docx(1.45MB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DYHiS4XRUAQA96c?p=130497

我看了你给的文档,应该算是较的详细的了,但里边有个问题我不明白想追问您一下,那就是“比对完成后删除序列两端不能完全对齐的碱基。”这句话,请问这样做对结果没有影响么?这样做有什么依据吗?如果比对后有各别列只有一两个碱基,而其他处都是空的,是否也要删去?还有就是在比对的末尾处有很多参差不齐处,是否也要都删去?期待您的回复,谢谢!
兼并碱基M=A/CR=A/GW=A/TS=G/CY=C/TK=G/TV=A/G/C&n...
4楼2012-12-19 21:31:06
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weiyasong

木虫 (著名写手)

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-24 19:11:16
引用回帖:
4楼: Originally posted by twisty at 2012-12-19 21:31:06
我看了你给的文档,应该算是较的详细的了,但里边有个问题我不明白想追问您一下,那就是“比对完成后删除序列两端不能完全对齐的碱基。”这句话,请问这样做对结果没有影响么?这样做有什么依据吗?如果比对后有各 ...

您好,这句话本来我也不明白,但请教了我们这研究分子生物学软件的老师,她说对于碱基数大于1000bp的序列比对完成后不用删除(删除与不删除影响不大),但对于碱基数在100-1000bp之间的,由于碱基数较少,为了保证碱基数的一致,需要做删除操作。不知道这么回答是不是您所想知道的。
5楼2012-12-24 10:55:13
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twisty

木虫 (正式写手)

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引用回帖:
5楼: Originally posted by weiyasong at 2012-12-24 10:55:13
您好,这句话本来我也不明白,但请教了我们这研究分子生物学软件的老师,她说对于碱基数大于1000bp的序列比对完成后不用删除(删除与不删除影响不大),但对于碱基数在100-1000bp之间的,由于碱基数较少,为了保证 ...

我的咸基为567bp,看文献也有人说删除的,但我不太具体的删除原则。是自己的序列保持不变,删除其他物种的序列么?首先感谢您如此认真的回复。
兼并碱基M=A/CR=A/GW=A/TS=G/CY=C/TK=G/TV=A/G/C&n...
6楼2012-12-24 17:15:54
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weiyasong

木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by twisty at 2012-12-24 17:15:54
我的咸基为567bp,看文献也有人说删除的,但我不太具体的删除原则。是自己的序列保持不变,删除其他物种的序列么?首先感谢您如此认真的回复。...

按老师的说法,应该是这个意思。
7楼2012-12-24 19:10:11
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twisty

木虫 (正式写手)

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引用回帖:
7楼: Originally posted by weiyasong at 2012-12-24 19:10:11
按老师的说法,应该是这个意思。...

是否这方面的文献啊,想看看,想知其所以然。。。。
兼并碱基M=A/CR=A/GW=A/TS=G/CY=C/TK=G/TV=A/G/C&n...
8楼2012-12-25 16:40:59
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