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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】modeller同源建模结果选择
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tq-liu

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】modeller同源建模结果选择

我利用modeller同源建模，得到了5个结构模型，想请教一下大家，哪个结构更好，还有就是用procheck检验后，是不是还得能量最小化，都用什么软件啊？非常感谢！

>> Summary of successfully produced models:
Filename                          molpdf     DOPE score    GA341 score
----------------------------------------------------------------------
RhaR.B99990001.pdb            2885.53247   -59417.89063        1.00000
RhaR.B99990002.pdb            2908.28467   -59401.68750        1.00000
RhaR.B99990003.pdb            2893.82813   -59618.50000        1.00000
RhaR.B99990004.pdb            2853.86499   -59416.85938        1.00000
RhaR.B99990005.pdb            2910.96411   -59788.21875        1.00000
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1楼 2011-01-07 18:13:26
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2011-01-08 14:36:53
tq-liu(金币+1): 2011-01-08 22:17:36
tq-liu(金币+1): 2011-01-10 16:33:47
[quote]Originally posted by tq-liu at 2011-01-07 18:13:26:
我利用modeller同源建模，得到了5个结构模型，想请教一下大家，哪个结构更好，还有就是用procheck检验后，是不是还得能量最小化，都用什么软件啊？非常感谢！

没有任何一种评分标准时完全可靠的，不过有一些经验上的规则，一个好的模型GA341会接近1，越大越好，DOPE和MOLPDF越小越好，如果GA341小于0.6都是不好的模型。
能量最小化可以尝试分子动力学软件，比如GROMACS,NAMD等等
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2楼2011-01-08 09:23:00
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tq-liu

金虫 (著名写手)
照你这么分析的话，我的这个模型结构还可以，我可以直接进行分子对接吗？我有篇文章前期实验数据都很完全，只是后面想加点结构上的分析，但是又不想再跑md了，直接用对接结果分析，能行不？
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3楼2011-01-08 22:22:47
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-04-13 15:53:22
引用回帖:
Originally posted by tq-liu at 2011-01-08 22:22:47:
照你这么分析的话，我的这个模型结构还可以，我可以直接进行分子对接吗？我有篇文章前期实验数据都很完全，只是后面想加点结构上的分析，但是又不想再跑md了，直接用对接结果分析，能行不？

在不是专门做模拟的期刊中经常不用MD的，你可以用对接的结果定性的说明一些问题，但是，如果你的结构在活性位点附近存在不好的接触，会很影响你对接结果的准确性，慎重
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4楼2011-01-08 22:25:00
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tq-liu

金虫 (著名写手)
非常感谢，楼主好人啊
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5楼2011-01-10 16:34:16
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奋斗1s

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-01-08 09:23:00:
[quote]Originally posted by tq-liu at 2011-01-07 18:13:26:
我利用modeller同源建模，得到了5个结构模型，想请教一下大家，哪个结构更好，还有就是用procheck检验后，是不是还得能量最小化，都用什么软 ...

版主您好，我同源建模出现三种格式：
query.B99990002.pdb
query.BL00010002.pdb
query.IL00000002.pdb
请问这三种分别代表什么？我应该用的是哪一个？
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6楼2011-04-13 09:22:38
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-04-13 15:53:32
引用回帖:
Originally posted by 奋斗1s at 2011-04-13 09:22:38:
版主您好，我同源建模出现三种格式：
query.B99990002.pdb
query.BL00010002.pdb
query.IL00000002.pdb
请问这三种分别代表什么？我应该用的是哪一个？

第一个是没有经过loop优化的
第三个是经过loop优化的~BL那个是中间过程产生的,
你可以用ucla-doe的服务器进行建模质量的比较，看看哪个更合适，需要注意的是，loop优化虽然得分可能更高，但是可能会改变结构中的关键部分，需要你自己仔细查看。
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7楼2011-04-13 09:32:26
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奋斗1s

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-04-13 09:32:26:
第一个是没有经过loop优化的
第三个是经过loop优化的~BL那个是中间过程产生的,
你可以用ucla-doe的服务器进行建模质量的比较，看看哪个更合适，需要注意的是，loop优化虽然得分可能更高，但是可能会改变结构中 ...

恩，好的，谢谢啦
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8楼2011-04-13 09:55:50
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green-tea

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
70134楼: Originally posted by tq-liu at 2011-01-07 18:13:26
我利用modeller同源建模，得到了5个结构模型，想请教一下大家，哪个结构更好，还有就是用procheck检验后，是不是还得能量最小化，都用什么软件啊？非常感谢！

>> Summary of successfully produced models ...

您好，想请教您一个问题。我用modeller建模，按照那个说明书，先关注意的地方我也注意到了，什么路径不要中文，蛋白序列大写什么的都弄好了，但是每次一点建模的时候就出现query,B99990001.pdb'不是内部或外部命令，也不是可运行的程序或批处理文件。这个怎么回事啊？你是怎么弄出来的啊？谢谢楼主
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9楼2012-09-02 18:31:50
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
easymodeller和MODELLER联用，一次建N个模型，然后选择其中靠谱的做分子对接！！
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10楼2012-09-02 20:57:09
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see_uok

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1619018楼: Originally posted by longdlut at 2012-09-02 20:57:09
easymodeller和MODELLER联用，一次建N个模型，然后选择其中靠谱的做分子对接！！

easymodeller从没成功运行过，我当时是用我半吊子英语给作者发了个邮件讨过来的，还是2.0版的，可是没能用了。愿意和用过的交流一下
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11楼2012-09-11 09:48:32
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