24小时热门版块排行榜    

查看: 1640  |  回复: 8

nufang19a

金虫 (正式写手)


[求助] sybyl与modeller同源模建的区别?

sybyl同源模建和modeller同源模建的区别大不大?
假如有30个氨基酸的序列,其中前20个氨基酸能有60%的一致性,后面10个氨基酸没有同源序列:
1.sybyl是否是对前面的20个氨基酸同源模建的同时并对后面的10个氨基酸根据氨基酸的性质进行从头模建?
2. modeller是不是也这样?
3. 期待您的回复,谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-23 10:27:15
1.如果你的氨基酸真的这么短的话,直接重头模建就好了~用ROSETTA
2.sybyl我没用过,modeller的本质还是同源模建,如果你后续的序列没有模板,得到的都是一段loop
2楼2012-07-22 11:56:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)


我只是举个例子,因为我在做蛋白质突变,我插入的这部分大约有30个氨基酸,只有前20个氨基酸有同源序列,后10个根本找不到同源序列
3楼2012-07-22 12:49:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)


我是想知道,我插入的这段序列再一次做同源模建时,sybyl和modeller对后10个氨基酸是怎么处理的
4楼2012-07-22 12:50:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by nufang19a at 2012-07-22 12:49:06
我只是举个例子,因为我在做蛋白质突变,我插入的这部分大约有30个氨基酸,只有前20个氨基酸有同源序列,后10个根本找不到同源序列

那是否只能先建成loop然后用长时间的MD优化这部分结构?
5楼2012-07-22 12:50:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)


也就是再插入后,整体再做同源模建时,sybyl和modeller对于新插入而没有模板的那10个氨基酸是怎么处理的?有什么不同之处吗?sybyl对那一段采用的是从头模建,而modeller我不清楚。所以问问大家
6楼2012-07-22 12:53:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)


我没这样做过,敬请指导
7楼2012-07-22 12:54:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)


引用回帖:
5楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-22 12:50:48
那是否只能先建成loop然后用长时间的MD优化这部分结构?...

版主哥哥,您就只说modeller的就行了。先谢谢了
8楼2012-07-22 12:58:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
nufang19a: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2012-07-23 00:40:20
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-23 10:27:47
引用回帖:
8楼: Originally posted by nufang19a at 2012-07-22 12:58:09
版主哥哥,您就只说modeller的就行了。先谢谢了...

我的想法是你直接对整段序列利用modeller建模,然后通过长时间的MD考察这段插入序列的变化情况,具体做法也就是正常的MD啊~
9楼2012-07-22 13:02:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 nufang19a 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 环境工程调剂 +8 大可digkids 2026-03-16 8/400 2026-03-18 09:36 by zhukairuo
[考研] 311求调剂 +10 冬十三 2026-03-15 11/550 2026-03-18 09:04 by zhukairuo
[考研] 278求调剂 +5 烟火先于春 2026-03-17 5/250 2026-03-18 08:43 by 星空星月
[考博] 26博士申请 +3 1042136743 2026-03-17 3/150 2026-03-17 23:30 by 轻松不少随
[考研] 296求调剂 +5 大口吃饭 身体健 2026-03-13 5/250 2026-03-17 21:05 by 不惑可乐
[考研] 277调剂 +5 自由煎饼果子 2026-03-16 6/300 2026-03-17 19:26 by 李leezz
[考研] 326求调剂 +5 上岸的小葡 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:26 by ruiyingmiao
[考研] 274求调剂0856材料化工 +13 z2839474511 2026-03-11 14/700 2026-03-17 16:51 by share_joy
[考研] 梁成伟老师课题组欢迎你的加入 +8 一鸭鸭哟 2026-03-14 10/500 2026-03-17 15:07 by 一鸭鸭哟
[考研] 一志愿南京大学,080500材料科学与工程,调剂 +4 Jy? 2026-03-16 4/200 2026-03-17 11:02 by gaoqiong
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
[考研] 304求调剂 +3 曼殊2266 2026-03-14 3/150 2026-03-16 16:39 by houyaoxu
[考研] 085600调剂 +5 漾漾123sun 2026-03-12 6/300 2026-03-16 15:58 by 漾漾123sun
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历,论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy! 2026-03-13 6/300 2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[考研] 工科,求调剂 +3 我887 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:39 by JourneyLucky
[考研] 【考研调剂求收留】 +3 Ceciilia 2026-03-11 3/150 2026-03-13 20:18 by JourneyLucky
[考研] 290求调剂 +7 ADT 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:17 by JourneyLucky
[考研] 工科调剂 +4 Jiang191123! 2026-03-11 4/200 2026-03-13 15:15 by Miko19
[考研] 土木第一志愿276求调剂,科研和技能十分丰富,求新兴方向的导师收留 +3 土木小天才 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:01 by JourneyLucky
信息提示
请填处理意见