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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » sybyl与modeller同源模建的区别？
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nufang19a

金虫 (正式写手)

[求助] sybyl与modeller同源模建的区别？

sybyl同源模建和modeller同源模建的区别大不大？
假如有30个氨基酸的序列，其中前20个氨基酸能有60%的一致性，后面10个氨基酸没有同源序列：
1.sybyl是否是对前面的20个氨基酸同源模建的同时并对后面的10个氨基酸根据氨基酸的性质进行从头模建？
2. modeller是不是也这样？
3. 期待您的回复，谢谢
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1楼 2012-07-22 11:27:03
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-23 10:27:15
1.如果你的氨基酸真的这么短的话，直接重头模建就好了~用ROSETTA
2.sybyl我没用过，modeller的本质还是同源模建，如果你后续的序列没有模板，得到的都是一段loop
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2楼2012-07-22 11:56:07
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nufang19a

金虫 (正式写手)
我只是举个例子，因为我在做蛋白质突变，我插入的这部分大约有30个氨基酸，只有前20个氨基酸有同源序列，后10个根本找不到同源序列
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3楼2012-07-22 12:49:06
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nufang19a

金虫 (正式写手)
我是想知道，我插入的这段序列再一次做同源模建时，sybyl和modeller对后10个氨基酸是怎么处理的
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4楼2012-07-22 12:50:12
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by nufang19a at 2012-07-22 12:49:06
我只是举个例子，因为我在做蛋白质突变，我插入的这部分大约有30个氨基酸，只有前20个氨基酸有同源序列，后10个根本找不到同源序列

那是否只能先建成loop然后用长时间的MD优化这部分结构？
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5楼2012-07-22 12:50:48
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nufang19a

金虫 (正式写手)
也就是再插入后，整体再做同源模建时，sybyl和modeller对于新插入而没有模板的那10个氨基酸是怎么处理的？有什么不同之处吗？sybyl对那一段采用的是从头模建，而modeller我不清楚。所以问问大家
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6楼2012-07-22 12:53:05
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nufang19a

金虫 (正式写手)
我没这样做过，敬请指导
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7楼2012-07-22 12:54:18
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nufang19a

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-22 12:50:48
那是否只能先建成loop然后用长时间的MD优化这部分结构？...

版主哥哥，您就只说modeller的就行了。先谢谢了
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8楼2012-07-22 12:58:09
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
nufang19a: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2012-07-23 00:40:20
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-23 10:27:47
引用回帖:
8楼: Originally posted by nufang19a at 2012-07-22 12:58:09
版主哥哥，您就只说modeller的就行了。先谢谢了...

我的想法是你直接对整段序列利用modeller建模，然后通过长时间的MD考察这段插入序列的变化情况，具体做法也就是正常的MD啊~
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9楼2012-07-22 13:02:26
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