应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » sybyl与modeller同源模建的区别？
41/1返回列表
查看: 1581  |  回复: 8
查看全部回帖 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)

[求助] sybyl与modeller同源模建的区别？

sybyl同源模建和modeller同源模建的区别大不大？
假如有30个氨基酸的序列，其中前20个氨基酸能有60%的一致性，后面10个氨基酸没有同源序列：
1.sybyl是否是对前面的20个氨基酸同源模建的同时并对后面的10个氨基酸根据氨基酸的性质进行从头模建？
2. modeller是不是也这样？
3. 期待您的回复，谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2012-07-22 11:27:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-23 10:27:15
1.如果你的氨基酸真的这么短的话，直接重头模建就好了~用ROSETTA
2.sybyl我没用过，modeller的本质还是同源模建，如果你后续的序列没有模板，得到的都是一段loop
赞一下 回复此楼
2楼2012-07-22 11:56:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by nufang19a at 2012-07-22 12:49:06
我只是举个例子，因为我在做蛋白质突变，我插入的这部分大约有30个氨基酸，只有前20个氨基酸有同源序列，后10个根本找不到同源序列

那是否只能先建成loop然后用长时间的MD优化这部分结构？
赞一下 回复此楼
5楼2012-07-22 12:50:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
nufang19a: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2012-07-23 00:40:20
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-23 10:27:47
引用回帖:
8楼: Originally posted by nufang19a at 2012-07-22 12:58:09
版主哥哥，您就只说modeller的就行了。先谢谢了...

我的想法是你直接对整段序列利用modeller建模，然后通过长时间的MD考察这段插入序列的变化情况，具体做法也就是正常的MD啊~
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2012-07-22 13:02:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 nufang19a 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭