| 查看: 3281 | 回复: 10 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】modeller同源建模结果选择
|
|||
|
我利用modeller同源建模，得到了5个结构模型，想请教一下大家，哪个结构更好，还有就是用procheck检验后，是不是还得能量最小化，都用什么软件啊？非常感谢！ >> Summary of successfully produced models: Filename molpdf DOPE score GA341 score ---------------------------------------------------------------------- RhaR.B99990001.pdb 2885.53247 -59417.89063 1.00000 RhaR.B99990002.pdb 2908.28467 -59401.68750 1.00000 RhaR.B99990003.pdb 2893.82813 -59618.50000 1.00000 RhaR.B99990004.pdb 2853.86499 -59416.85938 1.00000 RhaR.B99990005.pdb 2910.96411 -59788.21875 1.00000 |
回复此楼» 猜你喜欢
建议基金发布提前给出明确的时间点
已经有8人回复
-
看来今天不会放榜了？
已经有11人回复
-
时间戳又变了
已经有19人回复
-
filecode，4个jtjc了
已经有14人回复
-
让我中一个面上吧！
已经有13人回复
-
人气不行了
已经有7人回复
-
今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果
已经有18人回复
-
感觉是下周放榜了
已经有12人回复
-
我面上完蛋了
已经有8人回复
-
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有25人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助！蛋白质同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么办？
已经有12人回复
- Gromacs能量最小化问题
已经有5人回复
- 怎样对一个酶进行同源建模，能分析出合理的突变位点
已经有11人回复
- 蛋白质同源模建求助！
已经有6人回复
- Easy modeller 2.0 No module named modeller
已经有5人回复
- autodock对接时蛋白的处理问题
已经有6人回复
- 如何构建重组蛋白的三级结构图
已经有16人回复
- 同源建模时怎样计算一致性和相似性
已经有4人回复
- sybyl与modeller同源模建的区别？
已经有8人回复
- 同源建模之----分别建模
已经有7人回复
- 同源建模需要准备哪些资料
已经有5人回复
- 求助，已有PDB结构的DS同源建模步骤，谢谢
已经有11人回复
- 同源建模，希望建的蛋白质结构，N端和C端分别使用不同的蛋白模版，请教
已经有11人回复
- 请教大家，跨膜蛋白的同源建模，遇到了困难
已经有3人回复
- 关于同源建模预测蛋白三维结构
已经有4人回复
- 同源建模中Anolea是什么意思
已经有8人回复
- 【求助】在swiss model 同源建模以后得到的结果怎么分析
已经有8人回复
- 【求助】求助Easy Modeller 的使用
已经有11人回复
- 【求助】从同源建模开始，一个完整的分子对接实验需要多久？
已经有7人回复
- 【讨论】分子模拟还是同源建模
已经有16人回复
- 【求助】蛋白质建模没有同源模板怎么解决？
已经有11人回复
- 【求助】modeller 的 lisence key ？
已经有7人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
散金祈福
+5/4105
-
散金祈福
+3/837
-
华西生物制药研究院招聘科研助理
+2/406
-
越临近，反而有点忐忑了
+5/255
-
五大联赛看好哪支球队
+5/230
-
坐标北京诚征男友
+1/116
-
上海交通大学张航课题组招聘博士后（电化学储能）
+1/91
-
焦虑
+1/85
-
哈尔滨工业大学（校本部）电子与信息工程学院2027级博士招生
+1/66
-
强耀生物金秋开学季活动，2026年8月18日-10月31日，肽库筛选低至2W5
+3/58
-
面上基金祈福
+1/45
-
上海交通大学化学化工学院倪伟焱课题组招收2027年申请考核制博士生（电催化+高分子）
+1/13
-
2027环境工程博士申请
+1/8
-
中科院大连化学物理研究所 招聘 催化剂研发方向 科研助理 2名
+1/7
-
南京大学 智能驱动与感知材料实验室 诚招申请考核博士生/科研助理/博士后
+1/6
-
2026年国自然
+1/5
-
北京理工大学-集成电路与电子学院杰青团队-招博士后
+1/3
-
北理工集成电路杰青团队 | 诚招科助理
+1/2
-
北理工集成电路杰青团队 | 诚招科助理
+1/2
-
河海大学海洋环境污染与生态毒理学研究组招收2027级硕士生 及博士研究生
+1/2
4楼2011-01-08 22:25:00
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2011-01-08 14:36:53
tq-liu(金币+1): 2011-01-08 22:17:36
tq-liu(金币+1): 2011-01-10 16:33:47
ghcacj(金币+3):谢谢 2011-01-08 14:36:53
tq-liu(金币+1): 2011-01-08 22:17:36
tq-liu(金币+1): 2011-01-10 16:33:47
|
[quote]Originally posted by tq-liu at 2011-01-07 18:13:26: 我利用modeller同源建模，得到了5个结构模型，想请教一下大家，哪个结构更好，还有就是用procheck检验后，是不是还得能量最小化，都用什么软件啊？非常感谢！ 没有任何一种评分标准时完全可靠的，不过有一些经验上的规则，一个好的模型GA341会接近1，越大越好，DOPE和MOLPDF越小越好，如果GA341小于0.6都是不好的模型。 能量最小化可以尝试分子动力学软件，比如GROMACS,NAMD等等 |
2楼2011-01-08 09:23:00
3楼2011-01-08 22:22:47
5楼2011-01-10 16:34:16
