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tq-liu

金虫 (著名写手)

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[交流] 【求助】modeller同源建模结果选择

我利用modeller同源建模，得到了5个结构模型，想请教一下大家，哪个结构更好，还有就是用procheck检验后，是不是还得能量最小化，都用什么软件啊？非常感谢！

>> Summary of successfully produced models:
Filename                         molpdf    DOPE score GA341 score
----------------------------------------------------------------------
RhaR.B99990001.pdb          2885.53247 -59417.89063       1.00000
RhaR.B99990002.pdb          2908.28467 -59401.68750       1.00000
RhaR.B99990003.pdb          2893.82813 -59618.50000       1.00000
RhaR.B99990004.pdb          2853.86499 -59416.85938       1.00000
RhaR.B99990005.pdb          2910.96411 -59788.21875       1.00000

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1楼2011-01-07 18:13:26

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zh1987hs

金虫 (著名写手)

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-04-13 15:53:22

引用回帖:

Originally posted by tq-liu at 2011-01-08 22:22:47:
照你这么分析的话，我的这个模型结构还可以，我可以直接进行分子对接吗？我有篇文章前期实验数据都很完全，只是后面想加点结构上的分析，但是又不想再跑md了，直接用对接结果分析，能行不？

在不是专门做模拟的期刊中经常不用MD的，你可以用对接的结果定性的说明一些问题，但是，如果你的结构在活性位点附近存在不好的接触，会很影响你对接结果的准确性，慎重

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4楼2011-01-08 22:25:00

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zh1987hs

金虫 (著名写手)

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2011-01-08 14:36:53
tq-liu(金币+1): 2011-01-08 22:17:36
tq-liu(金币+1): 2011-01-10 16:33:47

[quote]Originally posted by tq-liu at 2011-01-07 18:13:26:
我利用modeller同源建模，得到了5个结构模型，想请教一下大家，哪个结构更好，还有就是用procheck检验后，是不是还得能量最小化，都用什么软件啊？非常感谢！

没有任何一种评分标准时完全可靠的，不过有一些经验上的规则，一个好的模型GA341会接近1，越大越好，DOPE和MOLPDF越小越好，如果GA341小于0.6都是不好的模型。
能量最小化可以尝试分子动力学软件，比如GROMACS,NAMD等等

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2楼2011-01-08 09:23:00

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