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tq-liu

金虫 (著名写手)


[交流] 【求助】modeller同源建模结果选择

我利用modeller同源建模,得到了5个结构模型,想请教一下大家,哪个结构更好,还有就是用procheck检验后,是不是还得能量最小化,都用什么软件啊?非常感谢!

>> Summary of successfully produced models:
Filename                          molpdf     DOPE score    GA341 score
----------------------------------------------------------------------
RhaR.B99990001.pdb            2885.53247   -59417.89063        1.00000
RhaR.B99990002.pdb            2908.28467   -59401.68750        1.00000
RhaR.B99990003.pdb            2893.82813   -59618.50000        1.00000
RhaR.B99990004.pdb            2853.86499   -59416.85938        1.00000
RhaR.B99990005.pdb            2910.96411   -59788.21875        1.00000
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tq-liu

金虫 (著名写手)


照你这么分析的话,我的这个模型结构还可以,我可以直接进行分子对接吗?我有篇文章前期实验数据都很完全,只是后面想加点结构上的分析,但是又不想再跑md了,直接用对接结果分析,能行不?
3楼2011-01-08 22:22:47
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查看全部 11 个回答
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2011-01-08 14:36:53
tq-liu(金币+1): 2011-01-08 22:17:36
tq-liu(金币+1): 2011-01-10 16:33:47
[quote]Originally posted by tq-liu at 2011-01-07 18:13:26:
我利用modeller同源建模,得到了5个结构模型,想请教一下大家,哪个结构更好,还有就是用procheck检验后,是不是还得能量最小化,都用什么软件啊?非常感谢!

没有任何一种评分标准时完全可靠的,不过有一些经验上的规则,一个好的模型GA341会接近1,越大越好,DOPE和MOLPDF越小越好,如果GA341小于0.6都是不好的模型。
能量最小化可以尝试分子动力学软件,比如GROMACS,NAMD等等
2楼2011-01-08 09:23:00
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★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-04-13 15:53:22
引用回帖:
Originally posted by tq-liu at 2011-01-08 22:22:47:
照你这么分析的话,我的这个模型结构还可以,我可以直接进行分子对接吗?我有篇文章前期实验数据都很完全,只是后面想加点结构上的分析,但是又不想再跑md了,直接用对接结果分析,能行不?

在不是专门做模拟的期刊中经常不用MD的,你可以用对接的结果定性的说明一些问题,但是,如果你的结构在活性位点附近存在不好的接触,会很影响你对接结果的准确性,慎重
4楼2011-01-08 22:25:00
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tq-liu

金虫 (著名写手)


非常感谢,楼主好人啊
5楼2011-01-10 16:34:16
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