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【求助】modeller同源建模结果选择
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我利用modeller同源建模，得到了5个结构模型，想请教一下大家，哪个结构更好，还有就是用procheck检验后，是不是还得能量最小化，都用什么软件啊？非常感谢！ >> Summary of successfully produced models: Filename molpdf DOPE score GA341 score ---------------------------------------------------------------------- RhaR.B99990001.pdb 2885.53247 -59417.89063 1.00000 RhaR.B99990002.pdb 2908.28467 -59401.68750 1.00000 RhaR.B99990003.pdb 2893.82813 -59618.50000 1.00000 RhaR.B99990004.pdb 2853.86499 -59416.85938 1.00000 RhaR.B99990005.pdb 2910.96411 -59788.21875 1.00000 |
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3楼2011-01-08 22:22:47
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ghcacj(金币+3):谢谢 2011-01-08 14:36:53
tq-liu(金币+1): 2011-01-08 22:17:36
tq-liu(金币+1): 2011-01-10 16:33:47
ghcacj(金币+3):谢谢 2011-01-08 14:36:53
tq-liu(金币+1): 2011-01-08 22:17:36
tq-liu(金币+1): 2011-01-10 16:33:47
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[quote]Originally posted by tq-liu at 2011-01-07 18:13:26: 我利用modeller同源建模，得到了5个结构模型，想请教一下大家，哪个结构更好，还有就是用procheck检验后，是不是还得能量最小化，都用什么软件啊？非常感谢！ 没有任何一种评分标准时完全可靠的，不过有一些经验上的规则，一个好的模型GA341会接近1，越大越好，DOPE和MOLPDF越小越好，如果GA341小于0.6都是不好的模型。 能量最小化可以尝试分子动力学软件，比如GROMACS,NAMD等等 |
2楼2011-01-08 09:23:00
4楼2011-01-08 22:25:00
5楼2011-01-10 16:34:16