24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

tq-liu

金虫 (著名写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1443.2
帖子: 1045
在线: 179.7小时
虫号: 755312

[交流] 【求助】modeller同源建模结果选择

我利用modeller同源建模，得到了5个结构模型，想请教一下大家，哪个结构更好，还有就是用procheck检验后，是不是还得能量最小化，都用什么软件啊？非常感谢！

>> Summary of successfully produced models:
Filename                         molpdf    DOPE score GA341 score
----------------------------------------------------------------------
RhaR.B99990001.pdb          2885.53247 -59417.89063       1.00000
RhaR.B99990002.pdb          2908.28467 -59401.68750       1.00000
RhaR.B99990003.pdb          2893.82813 -59618.50000       1.00000
RhaR.B99990004.pdb          2853.86499 -59416.85938       1.00000
RhaR.B99990005.pdb          2910.96411 -59788.21875       1.00000

回复此楼

» 猜你喜欢

磺酰氟产物，毕不了业了！已经有4人回复
论文终于录用啦！满足毕业条件了已经有16人回复
求个博导看看已经有19人回复
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球已经有8人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

求助！蛋白质同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么办？已经有12人回复
Gromacs能量最小化问题已经有5人回复
怎样对一个酶进行同源建模，能分析出合理的突变位点已经有11人回复
蛋白质同源模建求助！已经有6人回复
Easy modeller 2.0 No module named modeller 已经有5人回复
autodock对接时蛋白的处理问题已经有6人回复
如何构建重组蛋白的三级结构图已经有16人回复
同源建模时怎样计算一致性和相似性已经有4人回复
sybyl与modeller同源模建的区别？已经有8人回复
同源建模之----分别建模已经有7人回复
同源建模需要准备哪些资料已经有5人回复
求助，已有PDB结构的DS同源建模步骤，谢谢已经有11人回复
同源建模，希望建的蛋白质结构，N端和C端分别使用不同的蛋白模版，请教已经有11人回复
请教大家，跨膜蛋白的同源建模，遇到了困难已经有3人回复
关于同源建模预测蛋白三维结构已经有4人回复
同源建模中Anolea是什么意思已经有8人回复
【求助】在swiss model 同源建模以后得到的结果怎么分析已经有8人回复
【求助】求助Easy Modeller 的使用已经有11人回复
【求助】从同源建模开始，一个完整的分子对接实验需要多久？已经有7人回复
【讨论】分子模拟还是同源建模已经有16人回复
【求助】蛋白质建模没有同源模板怎么解决？已经有11人回复
【求助】modeller 的 lisence key ？已经有7人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2011-01-07 18:13:26

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

奋斗1s

金虫 (正式写手)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 883.1
帖子: 416
在线: 107.9小时
虫号: 980571

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

引用回帖:

Originally posted by zh1987hs at 2011-01-08 09:23:00:
[quote]Originally posted by tq-liu at 2011-01-07 18:13:26:
我利用modeller同源建模，得到了5个结构模型，想请教一下大家，哪个结构更好，还有就是用procheck检验后，是不是还得能量最小化，都用什么软 ...

版主您好，我同源建模出现三种格式：
query.B99990002.pdb
query.BL00010002.pdb
query.IL00000002.pdb
请问这三种分别代表什么？我应该用的是哪一个？

赞一下(1人)

回复此楼

6楼2011-04-13 09:22:38

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 11 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2011-01-08 14:36:53
tq-liu(金币+1): 2011-01-08 22:17:36
tq-liu(金币+1): 2011-01-10 16:33:47

[quote]Originally posted by tq-liu at 2011-01-07 18:13:26:
我利用modeller同源建模，得到了5个结构模型，想请教一下大家，哪个结构更好，还有就是用procheck检验后，是不是还得能量最小化，都用什么软件啊？非常感谢！

没有任何一种评分标准时完全可靠的，不过有一些经验上的规则，一个好的模型GA341会接近1，越大越好，DOPE和MOLPDF越小越好，如果GA341小于0.6都是不好的模型。
能量最小化可以尝试分子动力学软件，比如GROMACS,NAMD等等

赞一下(1人)

回复此楼

2楼2011-01-08 09:23:00

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖