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tq-liu

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】modeller同源建模结果选择

我利用modeller同源建模，得到了5个结构模型，想请教一下大家，哪个结构更好，还有就是用procheck检验后，是不是还得能量最小化，都用什么软件啊？非常感谢！

>> Summary of successfully produced models:
Filename                          molpdf     DOPE score    GA341 score
----------------------------------------------------------------------
RhaR.B99990001.pdb            2885.53247   -59417.89063        1.00000
RhaR.B99990002.pdb            2908.28467   -59401.68750        1.00000
RhaR.B99990003.pdb            2893.82813   -59618.50000        1.00000
RhaR.B99990004.pdb            2853.86499   -59416.85938        1.00000
RhaR.B99990005.pdb            2910.96411   -59788.21875        1.00000
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1楼2011-01-07 18:13:26
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奋斗1s

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-01-08 09:23:00:
[quote]Originally posted by tq-liu at 2011-01-07 18:13:26:
我利用modeller同源建模，得到了5个结构模型，想请教一下大家，哪个结构更好，还有就是用procheck检验后，是不是还得能量最小化，都用什么软 ...

版主您好，我同源建模出现三种格式：
query.B99990002.pdb
query.BL00010002.pdb
query.IL00000002.pdb
请问这三种分别代表什么？我应该用的是哪一个？
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6楼2011-04-13 09:22:38
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奋斗1s

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-04-13 09:32:26:
第一个是没有经过loop优化的
第三个是经过loop优化的~BL那个是中间过程产生的,
你可以用ucla-doe的服务器进行建模质量的比较，看看哪个更合适，需要注意的是，loop优化虽然得分可能更高，但是可能会改变结构中 ...

恩，好的，谢谢啦
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8楼2011-04-13 09:55:50
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